Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
SNHG1:1
Sequence Length
3284 nt
GC Content
0.4339
CUCUACCCACAACUCCCCGGGGUCGCAUGCGGUCAACGUAUGCGCGUGCGCUCGCCGUAGCCCCGCCCCCAAAUCCCGUGGGCCUCUGCGGCAUGGUAUUUAAUCGUCUCCCCGGGGAGAUUCGUUCUCAUUUUUCUACUGCUCGUGGUAAGUGGCUUCGUGGUCUUUAUAGCUGUUACUCUUUUGUACUUUGUCUUUUUCUUUUAUUUUCUUUUGAGCGAUUGUGCGAACAUAGCAUAGCACGCACUAUGCCUUCUGUGUUGUAGCUGCCUGGCCAGGGCGACUGGCGGAUAAGGUCUUGUGCGUGGCCUCGAGGCUUAAAAGUAGCAGUGGGGCUUUGUGAAGGACAAAAUGGCGAUGGCGGGCCGUGUAGGUCCCCCUUCCUAUGAUGAGGACCUUUUCACAGACCUGUACUGAGCUCCGUGAGGAUAAAUAACUCUGAGGAGAUGGGCCCUGCAAGCCUCUUGCUUAGCCGUCUGUUCAGAAAAUAGCGUUUUCGAAAUGCCCUGAGUUGACCUAAUGUCUUAUUGGGCUCCUGUCUGCAGGAUUUACGCGCACGUUGGAACCGAAGAGAGCUCUGUUGUUGCAAUGUUCAGCCCACAAGAGCUUACUGGUGAAGGAAUGGGACAAGACCCAUCUUUAUGCAAAGCCAGCGUUACAGUAAUGUUCCAGGUAGGUGUACAUGGUUUAUGCUCUUACAGAGGAGACCUUGUAGAUAACCACUCCAUGAUGAACACAAAAUGACAAGCAUAUGGCUGAACUUUCAAGUGAUGUCAUCUUACUACUGAGAAGUGAGAGAGAGGUCUUAAGGGGUCUUUGAAUGACUAUUUUUAGGUACAUAAAAUGCUUUCCUCUGUUGUCUACAGCAUCUCAUAAUCUAUCCUGGGGAAUUCAGCUGCCUCCCAGGGUGAAUACAGGUAAUUAUCCAAAUUGGUGUAUGUCAUCUUUGUAAAUGUUCAAGAAAACAAGUGGCCGGCGGAACAAUGUUUUUUGGCGCCUUCCAUCUUGUUCCUCUUGAAAUGAUUUUCUGGGGAGGGAGAUCGCAACCCGGUACUACAGUUCUUGUAAGGGUGUGCUGUUACCCUCAUCCAUAUAUCGAUCACGUUACUGUCAGAUGAUUUGAAUUGAUAAGCUGAUGUUCUGUGAGGUACAAAAGUUAAUAGCAUGUUAGAGUUCUGAUGGCAGUUGUUGUUUAUGAAUAAGCUUCAUUCCAUCCUAAUACCUUAAAAUAACUAAUUUGCUUUCCUUUCCAGGUAUUCCUGAUGACAGUCUGCCUCUAUCUUACAGAGCAGCUUGUUGCUAUAUACCAUUGAAAAGCCUUCAGAGCUGAGAGGUUAGUUGAUAUUUUUUGUUCCUUACAGCUUAUGCCACCAAGUAGGCAGUUUCUAUGAUGAAUCAAACUAGCUCACUAUGACCGACAGUGAAAAUACAUGAACACCUGAGAAACUGGAGAACGCAGGGAGUGGGGGGUAACCAUGUCUGAGGAAUCUUUCACCCACAGCUUUGUUUUUCUCUAGGUACUACUAACCAAUAACCUGCUUGGCUCAAAGGUGAGUAAUUUCACGGUAUUCAAUGCACUCAGUAUAUAGGGUAGGAAAAAGUGCCUUUUUAGGCCUGUGUUUGUGAUGACUUACAUGGAAUCUCGUUCGGCUGAUGACUUGCUGUUGAGACUCUGAAAUCUGAUUUUCUGAGAAUGAUGGGUGGGAACAACAUAAUGCGGGAUAUGAGAAGCACUACUGACUUGGUCUUCCUCCUUUCAGGGCCAGCACCUUCUCUCUAAAGCCCAAGAGGAGUUUGAGGUAAAUGGCUUUGCAAUAGUUACCAUCAAUGGCUGCUAUAUAAAAUUUUCUGUGAUUUUUGUGUGUGAUAGCACUGUGGUCUGGGUGAAUGUACACAGACAUAACUGGCUUAACCCAAAGUCUUUGAUCUCCUGAACCACCAGUGAUGAAUUGCUGCUCACCAGUGAUGAGUUGAAUACCGCCCCAGUCUGAUCAAUGUGUGACUGAAAGGUAUUUUCUGAGCUGUGAGCCUGCCUUCCAGUGACAUGUUCUAAAAAUUGCAAGUUAUUUGAGGAGGCUUUACAGCCAAUAGGAAGUUCUUGGGCUAAGUAGUGUUUCCUAUAAAAUGUGCCCUGAAACUUCUUUCUGCCAAGCAAUAGAUACAAUUGAGAGAUUGUAAAAUGUGACAUAGAAUGAAAGUCUCUCAAGACUACAUUUUUCUUUCUUGAUUUUGCAGGAAAACUAGGUGUCUGUGUUCACUCCAGGCUGAAGUUACAGGUGAGUAAACCUAAAUGUAAGGUGGACUAUGCUAAAAAUUCCCAAUGAAGAAACUUUCACAUGUCUUACUCUCUGUCCUAGUCCCAGAGCCUGUAAAGGUGAACCCACUGGGACUGGCUGGGGGAGAAGAGGAAGAUUUGUUCCAGAAGGAACUGUCUGAGGGAUGAUAAAGAUUUCUAUACAGAGAAAGGGAGUAAUCAUCACUUGUUGAAAACAUUGGUUUUAUUUUUUCCAGGUCUGAGCAAAUAAGGUGUAUAAAAAAUGGAAUCUGUCUUGGAGGACAUCAGAAGGUGAAUUUUCCAAGUUCUUGGACAACCUAGCUGUUGAAAAGCUUUCUGGGUUUGGGGGGUAUUUCAGAUGUACCUUAAAGUGUUAGCAGACACAGAUUAAGACACUGGGAGCCAAUGAAACAGCAGUUGAGGGUUUGCUGUGUAUCACAUUUCUGUAUUUUAUCACCCCCUUCCUGCAACAUUAUUUAUCUGGAAUCUACCUGCCCUUUUGUUUUUUAGAUACAAGGGCUUGGUUUUGUUACCCAGGCUGGUUUCAAGGCCAUAGCUUUAAGAGAUCCUCUCACCACAGAUUUCCAAAGUGCUGGGAUUGCAGGUGUGAUUCAUGGCACCCAGACUUUGCUGCCUUUCUUACAUGAUCCAGGCCCAGAACCCAAACUCAGGCACUGUAUAGAUGACCACUUUCGUAAACUACUGACCUAGCUUGUUGCCAAUUGUUGAUUGAACUUCCCAUAACUCCACUUCGUGUCUGUUCCUCUGUAUACAGCCACCUUCUGUUCCCGUCAUGAGCCUUUAGGUCUCCAUUUGCAUAUUGCAAAUACUAUGUUCCAUGUAGGUAGCUCAUUCAGGGCCUUGCUCUUCACUUCAAAAAAGGUUCCCUUGAGGACUGGCUGUCAAUUUGUGUUGCUGUGUUGGUUGUUGAUGAAAAUAAUAAAAUGAUUGAUUACAUAGUCCUGUUUACUUUUUUUGUGUGUAUGUGUCUCUUAGCAUCAGUGUGUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-979.3 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1042.68
Frequency: 0.0000
Diversity: 798.19
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((.(((..((((((((((.((((((((.....)))))))).((((.(..(((((((.(((((...........)))))...)))))))..)))))..........))))))))))....(((((((((.((((((((((..(..((...(((((((.((((......(((((......(((((((.(((.(((..................))))))..)))))))......)))))((((((...(((((((((....(((.(((((.....))))).))))))))..))))...)))))))))).)))))))))..)..)))))))))).(((((.....)))))((((.((.((.(((((.....))))).)).))))))))))))))).(((((((.((.((......)).)).)))))))........((((((.((((((.....(((((...)))))....)))))).))))))......((....))....(((((((((.(((((((((...))))))).(((((....))))).((((....(((((((.(((..((.(((((((((.((((.......))))..)).))))))).))))).(((((.((((......)))))))))........)))))))....)))).......(((..((.((((.(((((...((((...)))).))))).)))).)).)))....(((.((((((((....(((((..(((.(((........))).))).)))))(((((((..(((((...(((.((((((((((((((((((.......))))..))))))).))........))))))))(((((....)))))))))).....((((((((((............)))))))))).(((((..(((((.....))))).)))))(((((((..((((.(((((((((.(((((((((..((((...(((......))).))))..))).))))))..))))))...(((....(((((((((.(((.(((((((..(((..........))).)))).))).))).))))).))))...)))....)))))))....))))))).......((((((((...(((((((((((((................(((((....)))))((((((((((((..(((((.....))))).........................................((((....))))))))))).)))))..))))))))))))))))))))).(((((((((((((((..(((....((((((.((((...................)))).))))))......(((((((((((((((((..(.((..(((.......(((((.........))))).......))).)).)..))))))))(((((.((((((.(((((((....)).....(((((....))))))))))..))))))..)))))..(((.......))).....))))))))).......(((((....)))))))).)))))))......)))))))))))))))...((.((((....)))))))))))))).)))(((((((((((((((((..((((.........)))).)))).(((.((((......)))).))).((((((((((((((...........((((...(.((((.((((......)))))))))))))..((((((((..(((((((((((........))).)))...)))))...))))))))..(((((..(((....)))..)))))..........((((((((((.((((......))))...(((((((((((....((((((((((..((((..........(((..((.(((..(((......))).))).))..)))(((((.......))))).(((((((....(((((............)))))...)))))))..((.(((((((((((.((((..((((((.(((..........))).)))))).)))))))).)))))))))..((((((((...((((..(((((......))))....)..))))...))))))))..(((...))).....(((((((....)))))))...........((((((..(((((....))))).))))))..(((((((......))))))).)))))))))))))))))).)))))))))))))))))((.(((..((((.......))))..)))..))......))))))..(((.((((((((.....((((.((((((...((((((((((.((((....)))).......))))))))))...))))))))))))))).))).)))(((((((..((((..(((((((((((..(((((((......)))))(((((((((((.((...((((..((((..((((((((((....((((((((((......((((((.........((((.....(((((((((((((....))))..)))))))))))))...)).))))((((.......))))(((((((((((((.(((.((((((.(((..(((((.(((((....)))))...)))))))))))))))))...((((((((((((..((((..((((((.(((((((..(((((.............((((.(((.........(((((..........((((((.(((((...))))).)))))).((((((((..(((......)))..)))))))).........((((...))))....)))))........))).)))).)))))))))))).)))))))))).)))..)))))..))))........)))))))))))))......))))))).)))...))))))..................)))).....))))..)))))).))))))...)))))...........)).)))).))))))).....))))...)))))))..))))))))(((((....)).))).(((((((...))))))).....)))))))))))))...))))))))))).........(((..((((((((((.......(((((((...(((((((....(((.(((.((.(((...))).)).))).)))...)))))))....)))))))....)))))))))).))).((((........))))..))).))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((.(((..((((((((((.((((((((.....)))))))),|{{{,,..(((((((.{{{((,,.........)}))),..))))))),,|||,,...,,,,,..))))))))))....(((((((({.{(((((((((..(..{{...(((((((.((((......(((((......(((((((.{((,({{..................)))}))..)))))))...,}.)))))((((((...((((({({({{..(((.(((((.....))))).))))))}).}))))...)))))))))).))))))),,..}..)))))))))}.,{{|{,,,,,))}},((((.((.((.(((((.....))))).)).))))))}}}}||}}},{(((({(.,({(({,{{,{||.||{||||)}}........((((((.((((((,{...(((((...)))))...})))))).))))))...,.((({,..,|,,,,(((({{{...(((,,..,||}.,,}})))}(((((....))))).,{{{,,,,(((((((.(({..{{.(((((((,{.({|(|......}}))..)},})))))).}}}}|,((((,{((((......)))))))))...,....)))))))..,,}}}},|},|,,(({..((.((((.((((,.,.((((...)))).))))).)))).||.||}....{{{..,{{{{{{{,,,{{{{,.{{{{,{{({|{,,,..}},})),}}))},|{{{{{|..,,,|,}}}||||{,{|{||{{{,{{{{({{,||,,|{||||,.,,,,|||.,|,,...,,}}|,,|}}|{(({{....)))}},,,,......{(((((((((............})))))))))|{{{{({{(.,,{..,,.,,,||||||||{((((({..{{{{,{{(((((((.(((((((((..((((...(((......))).))))..))).))))))..))))))}.,(((....(((((((((.(((.(((((((..(((..........))).)))).))).))).))))).))))...}}}},,,}}}))))....})))))}......,((((((({,.,{((((((((((((..,{{(.,,..{{{{.{((((.{{,||((|(({(({((,.((({(.,,.}}}}}..))},,||||..|||,,,,...,,...},,,,.,},,....}}}..|||||,.,||},}}|}}}.|}}}}|.})))))))))))))))))))),{{|||||||{{{{{{..|||.,,,|{{||{.||{|...},,|,,,..,},}},.)))).)))}}}.,|,..(((((((((((((((((..(.((..(((.......(((((.,.....,.))))).......))).)).)..))))))))(((((.((((((.((((((({...||.....,{,|}...,}}}}.)))))..))))))..))))),,({{.......})).....))))))))),.,....(((({....)))))))).}}}}}})..,,,,))))}}})||||},,},,,|}|})}....||||||}||},|||{|,.(((((((((((((((((..((((.........)))).)))),(((.((((......)))).))).((((((((((((((.........,.((((...(.((((.((((......))))))))})))}..((((((((..(((((((((((........)))))))...)))))...))))))))..(((((..(({....}))..))))}..........(((((((({|.||((|,....))))...(((((((((((....((((((((((..,{((,{,......,|||}.{{.(((..(((......))).))).)|,{|||({{{{.,,,,}.)}})}.(((((((....(((((..,......,..)))))...)))))))..{(.(((((((((((.(((({.((((((.(((..........))).)))))).))))))))}}}))))))}..{(((((((,..((((..,{{{{,,....}}))....}..)))).,.)))))))}.,{{{...}}},,,..{((((((....})))))}...,,,.....{{{{{{..{((({....))))).}})}},..{((((((......))))))).,,,,)))))))))))))).))))))))})))))))){{.{((..((((.......))))..))).,}}......})))))..(((,....|})}|{{.{((({.((((((.{(((((((((((.((((....)))).......))))))))}}..}))),))}}))).,)))).)}),,(((((((..((((,.(((((((((((..(,(((((.....,)))},((((((,{(((,((...((((..((((.{((({,{((((....((((((((((......(((({{.........{{{{.....(((((((((((((....))))..)))))))))}}}},,.}},,)))((((.......))))(((((((((((({.(((.((((((.(((..(((((.(((((....)))))...)))))))))))))))))...((({((((((((..(((,.,((((((.((((((,..(((({.............,{((,(({.........,,,(({|,,,.....((((((.(((({...})))).)))))).((((((((..(((......)))..)))))))).........((((...}))}....,)))),,}.,,.}))),)))).)))))))))))).)))))))))).))),.}))))..}))}........}))))))))))))......))))))).)))...))))))}}}...,,{,....,,,.}}...,,..))))..)))),}.)))))},})))))}...........},.)))).))))))).,...))))...)))))))..))))))))(((((....)).))).(((((({...})))))).....}))))))))))))...}))},)))))))),.},,..|||,,{(((((((((.......(((((((,..(((((({,,|,||{.{{{,{{,{{{,,,,}}.},.})),}},...)))))))....)))))))....)))))))))).))).|,((,,......)))},.))).))).
Back