Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
SNHG1:21
Sequence Length
784 nt
GC Content
0.4324
CUUAUUGGGCUCCUGUCUGCAGGAUUUACGCGCACGUUGGAACCGAAGAGAGCUCUGUUGUUGCAAUGUUCAGCCCACAAGAGCUUACUGGUGAAGGAAUGGGACAAGACCCAUCUUUAUGCAAAGCCAGCGUUACAGUAAUGUUCCAGCAUCUCAUAAUCUAUCCUGGGGAAUUCAGCUGCCUCCCAGGGUGAAUACAGGUAUUCCUGAUGACAGUCUGCCUCUAUCUUACAGUACUACUAACCAAUAACCUGCUUGGCUCAAAGGGCCAGCACCUUCUCUCUAAAGCCCAAGAGGAGUUUGAGGUAAAUGGCUUUGCAAUAGUUACCAUCAAUGGCUGCUAUAUAAAAUUUUCUGUGAUUUUUGUGUGUGAUAGCACUGUGGUCUGGGUGAAUGUACACAGACAUAACUGGCUUAACCCAAAGUCUUUGAUCUCCUGAACCACCAGUGAUGAAUUGCUGCUCACCAGUGAUGAGUUGAAUACCGCCCCAGUCUGAUCAAUGUGUGACUGAAAGGUAUUUUCUGAGCUGUGAGCCUGCCUUCCAGUGACAUGUUCUAAAAAUUGCAAGUUAUUUGAGGAGGCUUUACAGCCAAUAGGAAGUUCUUGGGCUAAGUAGUGUUUCCUAUAAAAUGUGCCCUGAAACUUCUUUCUGCCAAGCAAUAGAUACAAUUGAGAGAUUGUAAAAUGUGACAUAGAAUGAAAGUCUCUCAAGACUACAUUUUUCUUUCUUGAUUUUGCAGGAAAACUAGGUGUCUGUGUUCACUCCAGGCUGAAGUUACAGGU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-229.9 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -246.92
Frequency: 0.0000
Diversity: 160.42
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((((((....))))........(.((((((.(((...(((....)))...))).)))))).)))))))..((((((...((((((((((.((((......))))))))).((((((((((((...(((....)))....))...........((((((((((............))))))))))....((((....)))).........((((((............................((((.(((((...))))))))).(((((((..........)))))))...))))))..))))))))))........)))))..)))).))...........(((((((((((.((((......))))...(((((((((((....((((((((((..((((..........(((..((.(((..(((......))).))).))..)))(((((.......))))).(((((((....(((((............)))))...)))))))..((.(((((((((((.((((..((((((.(((..........))).)))))).)))))))).)))))))))..((((((((...((((..(((((......))))....)..))))...))))))))..(((...))).....(((((((....)))))))...........((((((..(((((....))))).))))))..(((((((......))))))).)))))))))))))))))).)))))))))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....{(((((((((....))))}.....,.{.((((((.(((...(({,...|}}.,.))}.)))))}.},))})).,||||||,..{{{{{((((,,((((......))))))))).((((((((((((,..(((....)))....))...,,....,.{(((((((((............})))))))))..,.((((....))))......,,.(({{{{........,|...,..............((({{(((((...))))))))).(((((((..........)))))))...)))))}..)))))))))),,,,{.,|||....,))}},)),,.........,((((((((({.{{(({{....))))...(((((((((((....((((((((((..,{((,{,......,|||}.{{.(((..(((......))).))).)|,{|||({{{{.,,,,}.)}})}.(((((((....(((((..,......,..)))))...)))))))..{(.(((((((((((.(((({.((((((.(((..........))).)))))).))))))))}}}))))))}..{(((((((,..((((..,{({{.,....}}))....}..)))).}.)))))))}.,{{,..,}}},,,..{((((((....})))))}...,,,.....{{{{{{..{(((|....))))).}}}}},..{((((((......))))))).,,,,)))))))))))))).)))))))))))))))))}.
Back