Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
SNHG1:25
Sequence Length
2001 nt
GC Content
0.4153
GAUUUACGCGCACGUUGGAACCGAAGAGAGCUCUGUUGUUGCAAUGUUCAGCCCACAAGAGCUUACUGGUGAAGGAAUGGGACAAGACCCAUCUUUAUGCAAAGCCAGCGUUACAGUAAUGUUCCAGGUAUUCCUGAUGACAGUCUGCCUCUAUCUUACAGAGCAGCUUGUUGCUAUAUACCAUUGAAAAGCCUUCAGAGCUGAGAGGUUAGUUGAUAUUUUUUGUUCCUUACAGCUUAUGCCACCAAGUAGGCAGUUUCUAUGAUGAAUCAAACUAGCUCACUAUGACCGACAGUGAAAAUACAUGAACACCUGAGAAACUGGAGAACGCAGGGAGUGGGGGGUAACCAUGUCUGAGGAAUCUUUCACCCACAGCUUUGUUUUUCUCUAGGUACUACUAACCAAUAACCUGCUUGGCUCAAAGGUGAGUAAUUUCACGGUAUUCAAUGCACUCAGUAUAUAGGGUAGGAAAAAGUGCCUUUUUAGGCCUGUGUUUGUGAUGACUUACAUGGAAUCUCGUUCGGCUGAUGACUUGCUGUUGAGACUCUGAAAUCUGAUUUUCUGAGAAUGAUGGGUGGGAACAACAUAAUGCGGGAUAUGAGAAGCACUACUGACUUGGUCUUCCUCCUUUCAGGGCCAGCACCUUCUCUCUAAAGCCCAAGAGGAGUUUGAGGUAAAUGGCUUUGCAAUAGUUACCAUCAAUGGCUGCUAUAUAAAAUUUUCUGUGAUUUUUGUGUGUGAUAGCACUGUGGUCUGGGUGAAUGUACACAGACAUAACUGGCUUAACCCAAAGUCUUUGAUCUCCUGAACCACCAGUGAUGAAUUGCUGCUCACCAGUGAUGAGUUGAAUACCGCCCCAGUCUGAUCAAUGUGUGACUGAAAGGUAUUUUCUGAGCUGUGAGCCUGCCUUCCAGUGACAUGUUCUAAAAAUUGCAAGUUAUUUGAGGAGGCUUUACAGCCAAUAGGAAGUUCUUGGGCUAAGUAGUGUUUCCUAUAAAAUGUGCCCUGAAACUUCUUUCUGCCAAGCAAUAGAUACAAUUGAGAGAUUGUAAAAUGUGACAUAGAAUGAAAGUCUCUCAAGACUACAUUUUUCUUUCUUGAUUUUGCAGGAAAACUAGGUGUCUGUGUUCACUCCAGGCUGAAGUUACAGGUCUGAGCAAAUAAGGUGUAUAAAAAAUGGUAGGUAUCUGUUUAAAUAUUUAACUGAUUUUAUAAUAGCAACCUUUUGCUCCUAGGUUACAUAGUGUUAAAUAUUGUGUUCAUUUGUAUUUUCCAAUCCAAUAAGAACUUUUUUUUUUACCUCUGCAGGAAUCUGUCUUGGAGGACAUCAGAAGGUGAAUUUUCCAAGUUCUUGGACAACCUAGCUGUUGAAAAGCUUUCUGGGUUUGGGGGGUAUUUCAGAUGUACCUUAAAGUGUUAGCAGACACAGAUUAAGACACUGGGAGCCAAUGAAACAGCAGUUGAGGGUUUGCUGUGUAUCACAUUUCUGUAUUUUAUCACCCCCUUCCUGCAACAUUAUUUAUCUGGAAUCUACCUGCCCUUUUGUUUUUUAGAUACAAGGGCUUGGUUUUGUUACCCAGGCUGGUUUCAAGGCCAUAGCUUUAAGAGAUCCUCUCACCACAGAUUUCCAAAGUGCUGGGAUUGCAGGUGUGAUUCAUGGCACCCAGACUUUGCUGCCUUUCUUACAUGAUCCAGGCCCAGAACCCAAACUCAGGCACUGUAUAGAUGACCACUUUCGUAAACUACUGACCUAGCUUGUUGCCAAUUGUUGAUUGAACUUCCCAUAACUCCACUUCGUGUCUGUUCCUCUGUAUACAGCCACCUUCUGUUCCCGUCAUGAGCCUUUAGGUCUCCAUUUGCAUAUUGCAAAUACUAUGUUCCAUGUAGGUAGCUCAUUCAGGGCCUUGCUCUUCACUUCAAAAAAGGUUCCCUUGAGGACUGGCUGUCAAUUUGUGUUGCUGUGUUGGUUGUUGAUGAAAAUAAUAAAAUGAUUGAUUACAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-564.6 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -605.42
Frequency: 0.0000
Diversity: 384.55
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...........(((((((.(((..((.(((((((((.((((.......))))..)).))))))).))))).(((((.((((......)))))))))........)))))))(((((((((....((((....)))).((((((((.(((((........((((((((.....))((((((((((((((..(((....((((((.((((...................)))).))))))......(((((((((((((((((..(.((..(((.......(((((.........))))).......))).)).)..))))))))(((((.((((((.(((((((....)).....(((((....))))))))))..))))))..)))))..(((.......))).....))))))))).......(((((....)))))))).)))))))......)))))))(((((........)))))....((((((.((..((.....(((((((((((((((((..((((.........)))).)))).(((.((((......)))).))).((((((((.(((((((((((...(.(((.((((.((((.......((((((..((((.......((((((((..(((((((((((........))).)))...)))))...))))))))..(((((..(((....)))..)))))..((((((......)))))).((((......))))...(((((((((((....((((((((((..((((..........(((..((.(((..(((......))).))).))..)))(((((.......))))).(((((((....(((((............)))))...)))))))..((.(((((((((((.((((..((((((.(((..........))).)))))).)))))))).)))))))))..((((((((...((((..(((((......))))....)..))))...))))))))..(((...))).....(((((((....)))))))...........((((((..(((((....))))).))))))..(((((((......))))))).)))))))))))))))))).)))))))))))...)))))).(((((((..((((((((((((.....(((((((........))))))).....))))))....)).)))))))))))((((((((..((((.(((......(((.((((((((((.......((((...(((((((.....((((((((((..(...(((.....)))...)..))).)))))))......)))))))))))......((((.......)))).((((((((((((((((((.......))))))....(((((....)))))...........(((((.((((.((((.((((((..(((((..((..(((....(((....)))....)))))..))))).)))).........((((((.(((((....((((((.(((((...))))).)))))).((((((((..(((......)))..))))))))(((((((..((((((...........))))))..))).))))))))).)))))))).)))))))).)))))..((((..((((.((......))...)))).)))).))))))))))))....)))))))))).))).....))))))).))))))))........(((((...)))))..)))).)))).).)).)...)))).)))))))......((((.......)))).))))))))(((((....)).))).(((((((...))))))).....)))))))))))))....))..))))))))))))))...........((((...)))))))).).))))))))......)))))))))...((((((......)))))).................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......,...{((((({.(({..{(.(((((((,{.({{({......},))..}},})))))).})})}.((((,{((((......)))))))))...,..,,|||||},,((((((((,...((((....)))).((((((((.(((((........(((((({{.....,|((((((((((((((..(((....((((((.((((......{{.......,,..)))).))))))..,...(((((((((((((((((..(.((..(((.......(((((.,.....,.))))).......))).)).)..))))))))(((((.((((((.((((((({...||.....,{,|}...,}}}}.)))))..))))))..))))),,(({.......}}).....))))))))).......(((((....)))))))).)))))))......)))))))|((((........))))}....((((((.{(..{(,(,..(((((((((((((((((..((((.........)))).)))),(((.((((......)))).))).((((((((.(((((((((((.,.(.(((.((((.((((..,....(({{{({|,,,,.......((((((((..(((((((((((........)))))))...)))))...))))))))..{((((..(({....}))..))))}.........,(((((((({{.{{(({,....))))...(((((((((((....((((((((((..,{((,{,......,|||}.{{.(((..(((......))).))).)|,{|||({{{{.,,,,}.)}})}.(((((((....(((((..,......,..)))))...)))))))..{(.(((((((((((.(((({.((((((.(((..........))).)))))).))))))))}}}))))))}..{(((((((,..((((..,{({{.,....}}))....}..)))).,.)))))))}.,{{{...}}},,,..{((((((....})))))}...,,,.....{{{{{{..{((({....))))).}})}},..{((((((......))))))).,,,,)))))))))))))).)))))))))))))))))}...((((((,.,((((((((({((,,{(((((((((........))))))},)}.,))))}),...)),}))))))))))((((((((..((((.{{{......(((.((((((((((...,,..((((...(((((((.....((((((((((.,{...,,(,|||.},,,,,}..))),}))))))......)))))))))))......((((.......)))),((((((((((((,(((,({{{{{.{||,,||{{{.(((((....)))))...}}}}}}}}|||||}|||..,(({,(((((({{..(((..{({((((.((((((,..{{{{{......,......,{((|{{{.........{{{(({{{,,,....((((((.(((({...})))).)))))).((((((((..(((......)))..))))))))..,,.....((((,..}}}}....,})))}}}.,,,}})),)))),)))))))))))),))))))}))),)}}|,|}}}|,,|,||......},.}}))))})))),}}}},,,}}}))....)))))))))).))).....}},)))).))))))))......}}|||,,},}},,,}..)))).)))).}})).}.,.)))).)))))))......{{((.......}))}.))))))))(((((....)).))).(((((({...})))))).....,))))))))))))...,)),.))))))))))))))...........((((...)))))))).).)))))))).....,)))))))))}|}|||{{{,.,...,,,,,,...,,..,,,,......
Back