Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

SNHG1:26

Sequence Length

610 nt

GC Content

0.4377

CGCGCACGUUGGAACCGAAGAGAGCUCUGUUGUUGCAAUGUUCAGCCCACAAGAGCUUACUGGUGAAGGAAUGGGACAAGACCCAUCUUUAUGCAAAGCCAGCGUUACAGUAAUGUUCCAGCAUCUCAUAAUCUAUCCUGGGGAAUUCAGCUGCCUCCCAGGGUGAAUACAGGUAUUCCUGAUGACAGUCUGCCUCUAUCUUACAGAGCAGCUUGUUGCUAUAUACCAUUGAAAAGCCUUCAGAGCUGAGAGGUACUACUAACCAAUAACCUGCUUGGCUCAAAGGGCCAGCACCUUCUCUCUAAAGCCCAAGAGGAGUUUGAGGAAAACUAGGUGUCUGUGUUCACUCCAGGCUGAAGUUACAGUCCCAGAGCCUGUAAAGGUGAACCCACUGGGACUGGCUGGGGGAGAAGAGGAAGAUUUGUUCCAGAAGGAACUGUCUGAGGGAUGAUAAAGAUUUCUAUACAGAGAAAGGGAGUAAUCAUCACUUGUUGAAAACAUUGGUUUUAUUUUUUCCAGGUCUGAGCAAAUAAGGUGUAUAAAAAAUGGUAGGUAUCUGUUUAAAUAUUUAACUGAUUUUAUAAUAGCAACCUUUUGCUCCUAGGUUACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-175.7 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -189.25

Frequency: 0.0000

Diversity: 148.26

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.....(((((((.(((..((.(((((((((.((((.......))))..)).))))))).))))).(((((.((((......)))))))))........)))))))....(((((.(...((((..........((((((((((............))))))))))....((((....))))..(((((.((((.(((.......))))))).)))))..((((((((.(((....((..(((((.(((.((((.......(((((((....((((.(((((...))))))))).(((((((((..(((((....))(((((((((((.((.((....)))).))).)).)))))).......(((((((((.((((....)))).......)))))))))))).)))))))))....((((..(((((....))))).))))(((.((((((.....(((((......))))).......)))))).))).........)))))))......))))))).)))))))...))))))))))).........((((..(((((((((.(((.....))))))).)))))..))))..))))...).))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

.......((((((((....,.((((((({{.({,({......}}))..)),))))))).||{{{,((((,,((((......))))))))),,,,...,}}})}}}....,,,.,))))))))......{((((((.(((((((({.((..({.,({((({((((((((((((((((....{.{(((((.((({{(((.......))))))).)))))}}...))))}........(((((..((((((((((((..............)))).))))))))..)))))..(((((({{,(((,.{(((((....)).}))}}}))}.....)))))),))))))))))},.|||....,,..(((((((((.((((....)))).......))))))))),))}))))}).})..}}((((..(((((....))))).)))){((,((((((.....(((((......))))).....,.)))))).)))....{((((....))))}...}))))))))...((((((,.,(((((({({,((,,{{{(((((((........))))))}.)}.,))))}},...)),})))))))))).)))))))..