Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
SNHG1:28
Sequence Length
1071 nt
GC Content
0.4351
GAAGGGUGUUAUUUUUUCAGAUGUUCAGCCCACAAGAGCUUACUGGUGAAGGAAUGGGACAAGACCCAUCUUUAUGCAAAGCCAGCGUUACAGUAAUGUUCCAGCAUCUCAUAAUCUAUCCUGGGGAAUUCAGCUGCCUCCCAGGGUGAAUACAGGUAUUCCUGAUGACAGUCUGCCUCUAUCUUACAGAGCAGCUUGUUGCUAUAUACCAUUGAAAAGCCUUCAGAGCUGAGAGGUACUACUAACCAAUAACCUGCUUGGCUCAAAGGGCCAGCACCUUCUCUCUAAAGCCCAAGAGGAGUUUGAGGAAAACUAGGUGUCUGUGUUCACUCCAGGCUGAAGUUACAGGUCUGAGCAAAUAAGGUGUAUAAAAAAUGGAAUCUGUCUUGGAGGACAUCAGAAGGUGAAUUUUCCAAGUUCUUGGACAACCUAGCUGUUGAAAAGCUUUCUGGGUUUGGGGGGUAUUUCAGAUGUACCUUAAAGUGUUAGCAGACACAGAUUAAGACACUGGGAGCCAAUGAAACAGCAGUUGAGGGUUUGCUGUGUAUCACAUUUCUGUAUUUUAUCACCCCCUUCCUGCAACAUUAUUUAUCUGGAAUCUACCUGCCCUUUUGUUUUUUAGAUACAAGGGCUUGGUUUUGUUACCCAGGCUGGUUUCAAGGCCAUAGCUUUAAGAGAUCCUCUCACCACAGAUUUCCAAAGUGCUGGGAUUGCAGGUGUGAUUCAUGGCACCCAGACUUUGCUGCCUUUCUUACAUGAUCCAGGCCCAGAACCCAAACUCAGGCACUGUAUAGAUGACCACUUUCGUAAACUACUGACCUAGCUUGUUGCCAAUUGUUGAUUGAACUUCCCAUAACUCCACUUCGUGUCUGUUCCUCUGUAUACAGCCACCUUCUGUUCCCGUCAUGAGCCUUUAGGUCUCCAUUUGCAUAUUGCAAAUACUAUGUUCCAUGUAGGUAGCUCAUUCAGGGCCUUGCUCUUCACUUCAAAAAAGGUUCCCUUGAGGACUGGCUGUCAAUUUGUGUUGCUGUGUUGGUUGUUGAUGAAAAUAAUAAAAUGAUUGAUUACAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-300.2 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -321.18
Frequency: 0.0000
Diversity: 267.35
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((((((((((((.....(((((.(((.((((((((((...(((((.((((......)))))))))((((.......))))..)))))).))))(((((...(((((..((((((((((............))))))))))....((((....)))).((((((((.(((((..........((((......))))(((((((........(((((..((((((((((((..............)))).))))))))..)))))((((((((((.(((..((((((....)).))))))))).....))))).)))((((((..((.(((....)))...))..)))))).....))))))).......(((((((...(((((((((..(((((((((.....(((((....)))))......((((.......))))..(((((((((((((((((.......))))))....(((((....)))))...........(((((.((((.((((.((((((..(((((..((..(((....(((....)))....)))))..))))).)))).........((((((.(((((....((((((.(((((...))))).)))))).((((((((..(((......)))..))))))))(((((((..((((((...........))))))..))).))))))))).)))))))).)))))))).)))))..((((..((((.((......))...)))).)))).)))))))))))((..((((((((.((...............((.((((.((...((((......(((.....)))......))))....))..).))).)))).))))))))..))))))))))).....)))..(((((....)).))).(((((((...)))))))............(((((..((((.....)))))))))......))))))...)))))))...)))).).))))))))..))))).)))))))).))))))))).)))))))))).................
Thermodynamic Ensemble Prediction
......((((((((((((({.....(((((.(((.((((((((((,{{((((.,((((......)))))))))||((.......))}}..)))))).))))(((((...(((({,.{(((((((((............})))))))))....((((....)))).((((((((.(((((...,....,,|(((,,...|})){(((((((........(((((..((((((((((((..............)))).))))))))..)))))(((((((({,,(((,.(({(((....)).))))})))).....))))).))){(({,.,,,{{((({,......,.)))})))),,,,}}.))))))),....,.(((((((...(((((((((..(((((((((.....(((((....})))).,....((((.......)))).,((((((((((({((({(,,,,,.,||}}||{,,.(((((....)))))...,,}}},,,|||||,|||..,(({,((((((,{..(((..{({{({(.{(((((,..{{{{{......,......,{((|{{,.........{{{(({{{,,,....((((((.(((({...})))).)))))).((((((((..(((......)))..))))))))..,,.....((((,,.}}}}....,})))}}}.,,,}})),)))),)))))))))))),))))))}))),),,||||}}|{{|,||......}}.,,)))),)))}.}}}}}}}}}}}((..((((((((.((.,,...,,||,...,,}.|....,|{..,,,}}{{{{,,,,}}}}},,,.............,,...)}),,}),}}.)))))))),,)}))))))))).....})),,(((({....||.}}}.(((((({...})))))).,,{{{,...,}}}}}|..||||,...,||||..,))}},...))))))...))))))).,,)))).).))))))))..})))).)))))))).)))))}}}},))))))))))...,.............
Back