Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
SNHG1:38
Sequence Length
1513 nt
GC Content
0.4527
CUCAUUUUUCUACUGCUCGUGGUAAGUGGCUUCGUGGUCUUUAUAGCUGUUACUCUUUUGUACUUUGUCUUUUUCUUUUAUUUUCUUUUGAGCGAUUGUGCGAACAUAGCAUAGCACGCACUAUGCCUUCUGUGUUGUAGCUGCCUGGCCAGGGCGACUGGCGGAUAAGGUCUUGUGCGUGGCCUCGAGGCUUAAAAGUAGCAGUGGGGCUUUGUGAAGGACAAAAUGGCGAUGGCGGGCCGUGUAGGUCCCCCUUCCUAUGAUGAGGACCUUUUCACAGACCUGUACUGAGCUCCGUGAGGAUAAAUAACUCUGAGGAGAUGGGCCCUGCAAGCCUCUUGCUUAGCCGUCUGUUCAGAAAAUAGCGUUUUCGAAAUGCCCUGAGUUGACCUAAUGUCUUAUUGGGCUCCUGUCUGCAGGAUUUACGCGCACGUUGGAACCGAAGAGAGCUCUGUUGUUGCAAUGUUCAGCCCACAAGAGCUUACUGGUGAAGGAAUGGGACAAGACCCAUCUUUAUGCAAAGCCAGCGUUACAGUAAUGUUCCAGCAUCUCAUAAUCUAUCCUGGGGAAUUCAGCUGCCUCCCAGGGUGAAUACAGGUAUUCCUGAUGACAGUCUGCCUCUAUCUUACAGAGCAGCUUGUUGCUAUAUACCAUUGAAAAGCCUUCAGAGCUGAGAGGUACUACUAACCAAUAACCUGCUUGGCUCAAAGGGCCAGCACCUUCUCUCUAAAGCCCAAGAGGAGUUUGAGGAAAACUAGGUGUCUGUGUUCACUCCAGGCUGAAGUUACAGGUCUGAGCAAAUAAGGUGUAUAAAAAAUGGAAUCUGUCUUGGAGGACAUCAGAAGGUGAAUUUUCCAAGUUCUUGGACAACCUAGCUGUUGAAAAGCUUUCUGGGUUUGGGGGGUAUUUCAGAUGUACCUUAAAGUGUUAGCAGACACAGAUUAAGACACUGGGAGCCAAUGAAACAGCAGUUGAGGGUUUGCUGUGUAUCACAUUUCUGUAUUUUAUCACCCCCUUCCUGCAACAUUAUUUAUCUGGAAUCUACCUGCCCUUUUGUUUUUUAGAUACAAGGGCUUGGUUUUGUUACCCAGGCUGGUUUCAAGGCCAUAGCUUUAAGAGAUCCUCUCACCACAGAUUUCCAAAGUGCUGGGAUUGCAGGUGUGAUUCAUGGCACCCAGACUUUGCUGCCUUUCUUACAUGAUCCAGGCCCAGAACCCAAACUCAGGCACUGUAUAGAUGACCACUUUCGUAAACUACUGACCUAGCUUGUUGCCAAUUGUUGAUUGAACUUCCCAUAACUCCACUUCGUGUCUGUUCCUCUGUAUACAGCCACCUUCUGUUCCCGUCAUGAGCCUUUAGGUCUCCAUUUGCAUAUUGCAAAUACUAUGUUCCAUGUAGGUAGCUCAUUCAGGGCCUUGCUCUUCACUUCAAAAAAGGUUCCCUUGAGGACUGGCUGUCAAUUUGUGUUGCUGUGUUGGUUGUUGAUGAAAAUAAUAAAAUGAUUGAUUACAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-449.1 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -479.78
Frequency: 0.0000
Diversity: 431.06
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((.((((((((..(..((...(((((((.((((......(((((......(((((((.(((.(((..................))))))..)))))))......)))))((((((...(((((((((....(((.(((((.....))))).))))))))..))))...)))))))))).)))))))))..)..))))))))((((((((.((((.((..((((.((.((.(((((.....))))).)).))))))..))....(((((.(.(((........(((((((.(((.((.........((((((.((((((.....(((((...)))))....)))))).)))))).....((((.........((((......(((.....))).....))))(((((....))))).....))))((((((.(((...(((....)))...))).))))))....)))))..))))))))))).))))).(((((......)))))))))..))))))))(((((((...))))))).(((((...(((((..((((((((((............))))))))))....((((....)))).((((((((.(((((..........((((......))))(((((((........(((((..((((((((((((..............)))).))))))))..)))))((((((((((.(((..((((((....)).))))))))).....))))).)))((((((..((.(((....)))...))..)))))).....))))))).......(((((((...(((((((((..(((((((((.....(((((....)))))......((((.......))))..(((((((((((((((((.......))))))....(((((....)))))...........(((((.((((.((((.((((((..(((((..((..(((....(((....)))....)))))..))))).)))).........((((((.(((((....((((((.(((((...))))).)))))).((((((((..(((......)))..))))))))(((((((..((((((...........))))))..))).))))))))).)))))))).)))))))).)))))..((((..((((.((......))...)))).)))).)))))))))))((..((((((((.((...............((.((((.((...((((......(((.....)))......))))....))..).))).)))).))))))))..))))))))))).....)))..(((((....)).))).(((((((...)))))))............(((((..((((.....)))))))))......))))))...)))))))...)))).).))))))))..))))).))))).....((((((......)))))))))))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{{{,,..{{((.,,..}}}|{|||}|{{,..,,||||..,,,,}}.,,,,,.....{(((.{{.(((.((({...((((((((...,.(((({....{(.(((((((((..((((((((...(((((,({({{..(((.(((((.....))))).))))))}).,))))...)))))}(((((.((((((({...,.|{{(({((((,{.((,({(({,((,.,((({((,((,(((((.....))))).}|.||||,,...,}}}{{{{{,,{.(((((((((((((((.(((.(.((((((......((((((.((((((,{...(((((...)))))...})))))).)))))).....((((.........((((.{{...(((.....)))...}}))))(((((....)))))...,,}},,,,((((({((,..,,.((((((({{.({{({......,,))..)),})))))).|||||,((((,{((((......))))))))).,,,...,}}})}}}....}},,,}}}}}}))...........)))))),}))).))))),.((((....((((((((((((((((....{.((((((.((({{(((.......))))))).))))))}...))))}........(((((..((((((((((((..............)))).))))))))..)))))..(((((({,,(((,.((((((....)).))))})))).....)))))),)))))))))}),)))).,....)))))))))).}.,,..}}))),|........{((,{{{{{,(((((((((((((....}}))..}))))))}}...||{{,,,,|,.((((,......)))},((((((((((((,(((,({{{{{.{||,,||{{{.(((((....)))))...}}}}}}}}|||||}|||...(({,(((((({{..(((,.{({((((.((((((,..{{({{.............,{((,{{{.........,{{(({{{,,,....((((((.(((({...})))).)))))).((((((((..(((......)))..))))))))..,,.....((((,..}}}}....,})))}}}.,,,}})),)))),)))))))))))).))))))}))).)}}},})))},,|,||......,,.}}))))})))),,}}}},}}}|||,...{{||,|||{{,,,...}}}}....}}},},}}}}}}}.)}))))}}}}}}},.,}}..)}}}.}}...}}}}}}}.,|||.{||{.,.,....,,)})),)))}..,})},.......)))))))).)))))...(((((({...})))))).{{{{{,...,}}}}||{{{{({,{{{((((((((................))))..})))))))|||.}}))),).....))..))))))))).)))))).}.)))))))).)))).))).}).)))}..
Back