Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

SNHG1:39

Sequence Length

751 nt

GC Content

0.4434

CUCAUUUUUCUACUGCUCGUGAUGUUCAGCCCACAAGAGCUUACUGGUGAAGGAAUGGGACAAGACCCAUCUUUAUGCAAAGCCAGCGUUACAGUAAUGUUCCAGGUAUUCCUGAUGACAGUCUGCCUCUAUCUUACAGAGCAGCUUGUUGCUAUAUACCAUUGAAAAGCCUUCAGAGCUGAGAGGUACUACUAACCAAUAACCUGCUUGGCUCAAAGGGCCAGCACCUUCUCUCUAAAGCCCAAGAGGAGUUUGAGGAAAACUAGGUGUCUGUGUUCACUCCAGGCUGAAGUUACAGGUCUGAGCAAAUAAGGUGUAUAAAAAAUGGAAUCUGUCUUGGAGGACAUCAGAAGGUGAAUUUUCCAAGUUCUUGGACAACCUAGCUGUUGAAAAGCUUUCUGGGUUUGGGGGGUAUUUCAGAUGUACCUUAAAGUGUUAGCAGACACAGAUUAAGACACUGGGAGCCAAUGAAACAGCAGUUGAGGGUUUGCUGUGUAUCACAUUUCUGUAUUUUAUCACCCCCUUCCUGCAACAUUAUUUAUCUGGAAUCUACCUGCCCUUUUGUUUUUUAGAUACAAGGGCUUGGUUUUGUUACCCAGGCUGGUUUCAAGGCCAUAGCUUUAAGAGAUCCUCUCACCACAGAUUUCCAAAGUGCUGGGAUUGCAGGUGUGAUUCAUGGCACCCAGACUUUGCUGCCUUUCUUACAUGAUCCAGGCCCAGAACCCAAACUCAGGCACUGUAUAGAUGACCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-220.2 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -235.18

Frequency: 0.0000

Diversity: 205.36

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((.(((((((((((..........)))..)))).....)))).)))))))))........(((((..(((((..((((((((((...))))))).((((....))))..(((((.((((.(((.......))))))).)))))..((((((((........(((((..((((((((((((..............)))).))))))))..)))))((((((((((.(((..((((((....)).))))))))).....))))).)))((((((..((.(((....)))...))..)))))).....))))))))......(((((((((..(((((((..((..(((((......(((((....))))).(((((((..(((....)))...))))))).(((.((.((((((((((........((((((.((((..(((((.....((((.(.(((((.....(((....)))...))))).).))))........))))).................))))))))))...)))))))))))).)))((((((.(((((...))))).)))))).((((((((..(((......)))..))))))))..)))))..))..))))).))..)))))))))((((((.(((((..(((..(((.....))).))))))))))))))..((((.((......))...))))................)))..))))))))))....

Thermodynamic Ensemble Prediction

.((((((,{.{{{{(({,{(({,{{({,,,,,,,..||||{{{{{||||{||||||{({......})}}||}}}{{((,..{{,,|||{{,}},)))}))},((((....))))..(((((.((({{(((.......))))))).))))),.{(((((((........(((((..((((((((((((..............)))).))))))))..)))))(((((((({,,(((,.((((((....)).))))})))).....))))).))){{{{,.,,,,,{||||....,.|,}|||))))...,,..)))))))}......{{,,.,,,.(((((((({{{((....}}))..}))))))))..,}}}|},.,}},((((.......)))){((((((((((((.(((.((((((.(((..(((((.(((((....)))))...))))))))))))))}))...(({{(((((({(..(((,.{((((((.((((((,..{((({.............,{((,{{{.........,{{((||{,,,....((((((.(((({...})))).)))))).((((((((..(((......)))..)))))))).........((((...})}}....,))))}}}.,,,}))},)))),)))))))))))).)))))))))).))),,}))))..}}||......,.,)))))))))))}.,,...}}}})))..)))),)))))}...