Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
SNHG1:43
Sequence Length
2503 nt
GC Content
0.4211
CUCAUUUUUCUACUGCUCGUGGAUUUACGCGCACGUUGGAACCGAAGAGAGCUCUGUUGUUGCAGUAAGUUCUUACGGCCAUUUCUUAAUCUCUGCUCUUUCGUUGAGUGUGUGGAAGUUGCUACGGGGAUGAUUUUACGAACUGAACUCUCUCUUUCUGAUGGAUUAGUGGAGAAAACAGAAAAUUCUGAGUAGCACUGUACUGUACGCAACAAAUGUCAGGGCCCUAUUGAUUUGUCUGAGGUGUUAGUGAAGGGUGUUAUUUUUUCAGAUGUUCAGCCCACAAGAGCUUACUGGUGAAGGAAUGGGACAAGACCCAUCUUUAUGCAAAGCCAGCGUUACAGUAAUGUUCCAGGUAGGUGUACAUGGUUUAUGCUCUUACAGAGGAGACCUUGUAGAUAACCACUCCAUGAUGAACACAAAAUGACAAGCAUAUGGCUGAACUUUCAAGUGAUGUCAUCUUACUACUGAGAAGUGAGAGAGAGGUCUUAAGGGGUCUUUGAAUGACUAUUUUUAGGUACAUAAAAUGCUUUCCUCUGUUGUCUACAGCAUCUCAUAAUCUAUCCUGGGGAAUUCAGCUGCCUCCCAGGGUGAAUACAGGUAUUCCUGAUGACAGUCUGCCUCUAUCUUACAGUAAGUUGUUUUUCGAAUUCUAUGGGCCUAUUAUCUAAUAGAUAACUUAGCCAUUUUGAUAUUUGUUACCAAAGCCUGCUUAACCCAUAAAGUUUUCUGGUUCCUCUUGUUCUCUGUAGUGAUGUUUCUAGAUAGAUGCCCACUGAUAUAUGCCCCUUUUUUCUCAGAUAGAUGCCCACUGAUCUGCCCAGGGUCAGACGAAUGCUUGUCAGUUGUAGCUUUCCAGGAUUCUGCUCCAAUGAGGAGGAAACAUCCUGCCUUACCCCUGUUUUAGCCUGGGAACCAGUAAUUGUGAACUCACCAGGGUUAACAUGAAGAGGGCAUGAGAGCUUAUUCCAUAAGGAAUUGUCUGAGACAUUUGGUUACCUUUUCUUAGUUUGUCCAUUAGCAACCGUAACUAAAAUAGUUUUGGCUGUUUGGGAUAAUUAGCUAAUUGAAUGAUUUUUUGAUUCAGGAGCAGCUUGUUGCUAUAUACCAUUGAAAAGCCUUCAGAGCUGAGAGGUUAGUUGAUAUUUUUUGUUCCUUACAGCUUAUGCCACCAAGUAGGCAGUUUCUAUGAUGAAUCAAACUAGCUCACUAUGACCGACAGUGAAAAUACAUGAACACCUGAGAAACUGGAGAACGCAGGGAGUGGGGGGUAACCAUGUCUGAGGAAUCUUUCACCCACAGCUUUGUUUUUCUCUAGGUACUACUAACCAAUAACCUGCUUGGCUCAAAGGGCCAGCACCUUCUCUCUAAAGCCCAAGAGGAGUUUGAGGAAAACUAGGUGUCUGUGUUCACUCCAGGCUGAAGUUACAGGUGAGUAAACCUAAAUGUAAGGUGGACUAUGCUAAAAAUUCCCAAUGAAGAAACUUUCACAUGUCUUACUCUCUGUCCUAGUCCCAGAGCCUGUAAAGGUGAACCCACUGGGACUGGCUGGGGGAGAAGAGGAAGAUUUGUUCCAGAAGGAACUGUCUGAGGGAUGAUAAAGAUUUCUAUACAGAGAAAGGGAGUAAUCAUCACUUGUUGAAAACAUUGGUUUUAUUUUUUCCAGGUCUGAGCAAAUAAGGUGUAUAAAAAAUGGAAUCUGUCUUGGAGGACAUCAGAAGGUGAAUUUUCCAAGUUCUUGGACAACCUAGCUGUUGAAAAGCUUUCUGGGUUUGGGGGGUAUUUCAGAUGUACCUUAAAGUGUUAGCAGACACAGAUUAAGACACUGGGAGCCAAUGAAACAGCAGUUGAGGGUUUGCUGUGUAUCACAUUUCUGUAUUUUAUCACCCCCUUCCUGCAACAUUAUUUAUCUGGAAUCUACCUGCCCUUUUGUUUUUUAGAUACAAGGGCUUGGUUUUGUUACCCAGGCUGGUUUCAAGGCCAUAGCUUUAAGAGAUCCUCUCACCACAGAUUUCCAAAGUGCUGGGAUUGCAGGUGUGAUUCAUGGCACCCAGACUUUGCUGCCUUUCUUACAUGAUCCAGGCCCAGAACCCAAACUCAGGCACUGUAUAGAUGACCACUUUCGUAAACUACUGACCUAGCUUGUUGCCAAUUGUUGAUUGAACUUCCCAUAACUCCACUUCGUGUCUGUUCCUCUGUAUACAGCCACCUUCUGUUCCCGUCAUGAGCCUUUAGGUCUCCAUUUGCAUAUUGCAAAUACUAUGUUCCAUGUAGGUAGCUCAUUCAGGGCCUUGCUCUUCACUUCAAAAAAGGUUCCCUUGAGGACUGGCUGUCAAUUUGUGUUGCUGUGUUGGUUGUUGAUGAAAAUAAUAAAAUGAUUGAUUACAUAGUCCUGUUUACUUUUUUUGUGUGUAUGUGUCUCUUAGCAUCAGUGUGUAAAUUUCCAUGGGAAACUGGCUUUCCUCUCAUGCUCCCUGAAGUACCUGGAACUUGAAGGGACAUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-698.7 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -745.91
Frequency: 0.0000
Diversity: 670.86
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...............((((((((((((((((((((..(((((.((((((((((((((....))))..))))))..(((..(((....)))..))).......((.(((((((.(((((((((((.((.......(((((((.(((((...(((((..((((....)))).)))))...((((....))))(((((((((.(((((.((((..((.(((((((.......)))))..)).))..)))))))))...)))))))))..)))))..((((((((.....((((((((((...(((((.((((......)))))))))((((.......))))..)))))).))))..(((..((.((((.(((((...((((...)))).))))).)))).)).)))....(((..((....))..)))..........))))))))....(((((..((((((((((..(((((..(((((((.((..(((((((((((...((((..((........((((((((....((((((..(((((((.(.((....(((......((((((((((............))))))))))....((((....))))(((((...(((...........)))...)))))....(((((((....(((...((((((...))))))....))).....)).)))))........((((.((.((((((.((((((((............((((.((....((((((((((((((((((..(((......(((((.((((.(((((((((((((.((...(((((((.....)))))))..(((.((((.(((((((((((....((((...(((((((..(((((((((....)))).)))))....((((..(.(((((((..((.......))...)).))))).).)))).(((((((..((.((((((((((((....))))).....))).).))).))..)))))))(((((((((((...((((.(((.(((((...))))).))).))))..))))))...))))).(((((.(.....).))))))))))))))))..))))))....))))).)))).))).((((((.((((...................)))).)))))).((((........)))))).)))))................(((((.........)))))............(((((.(((((((((((((((((((.(((((((((..((........)).)))))))))))(((.((..(((((((((..(((.......))).......((((.(((((...))))))))).(((((((..........)))))))...))))))))).)).)))))))))))..)))))(((((.(((((((((((((..((((.......))))..))).........((((((..(((((....)))))...((((..((((((.((((((((((((.((((....)))).......))))))))....)))).)).))))..))))..(((((....)))))(.((((((((((.......))))))...)))).)..))))))......)))))))....))).))))).......)))))))))))))).))).)))).))))).....))).))))))).)))).)))))))...)).))))..(((((....)))))((((......)))).)))))))).)))))).)).))))...((((.(((..(((((.(((((....)))))...)))))))))))))))....))).)))))))..))))))....))))))))........))..))))..))))).((((.................)))).......((((((.(((((...))))).)))))).((((((((..(((......)))..)))))))).....))))))..)))))))))..........((((((.(((((..(((..(((.....))).))))))))))))))..((((.((......))...))))............))))).....))).))))))))))))))))))).......)))))).......(((((...))))))))))))))).)))).))...(((.((((..........)))).))))))).))))))))...(((((....)).))).(((((((...)))))))............(((((..((((.....)))))))))....(((..((((((((((.......(((((((...(((((((....(((.(((.((.(((...))).)).))).)))...)))))))....)))))))....)))))))))).))).((((........))))..)))))))))..)))))))).................(((.(((((.((((.......))))..)))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.........,.....(((((((((((((((((,{{.,(({{(.({{(((((((((((....))))..}))))),.|{||.|{{,,,...|{,{||{{.....((.{((({((,((((((({({{.{|,||,...||||||{|||{|,,{|{{{{,.,{,|}.)}}..))})))))...{|||,...||||(({{(((({.{{{{{,{{((,,{{...({((({{{{,,.,|||}..{|{||.,|||||||||,,,|||}}|||{,.,}}}}}.{{{{{({|,....{{((({{{{{{{{((((,{((((......)))))))))||{{.,.,|,,|||,..,|||||{|||,,,(({,,((.((((.((((,.,.((((...)))).))))).)))).)}.}}}....,,(,,(({,.,||,,|||....,,{{..|||}||||,,{{(({((.,((({(((((({.{,{,{.,||||||{{{{{(((((((,,,((,{{{(..((((.{{(({.((((((((.{((((((((((.,(((((....)))}}........,.{(((((((((............}))))))))),,{,,((({,..,|||....}}}..}}}}}.},}...,,{{{{.(({,,....((((({(.,.,(({..,((((((...))))))....))).....)).))))).......))).}))}.{(((((.((((((((,.{{,.......((((.((....((((((((((((((((((..(((.,....(((((.((((.((((((((((.,.......(((((((.....)))))))..(((.((((.(((((((((((....((((...(((((((..(((((((((....)))).)))))....{(({..{.((((({,..,{,.....,,,.,,}}.))))).}.)))).(((((((..((.((({(({(((((....))))}....,})).).))).))..)))))))(((((((((((...((((.(((.(((((...))))).))).))))..)))))}..,))))).(((((.(.....).))))))))))))))))..))))))....))))).)))).))).((((((.((((......{{.......,,..)))).)))))).{(((........)))}{{{{{,.,,,.||,,,....{{{{{(({{.,....,|,||}||...........((((((,{{..(((((((((((((((.(((((((((..((,....,,.),.)))))))))))(((.((..(((((((((.,(((.......}}}.......{(({{(((((...))))))))}.(((((((..........)))))))...))))))))).)).))))))))))}.,)))))..,....}}.))))))(((..((((.......))))..)))..,,,,...{(((((..{((({....})))}...{((({.((((((.{(((((((((((.((((....)))).......))))))))}}..}))),))}})))..})}}..(((((....))))){,|||{{({(((,......}|||||...}}}),)..))))))..}}}))}}}||}}},,|||.,|||,.,........})},))))))).))).)))).))))).....))).)))))))},)))}}))))))..,)).)))}..(((((....))))){{|{..,,,,},,).)))))))).)))))}.))))))))))}...)))))))).}))}|}|}}.}}))}))...))))))).||{{|.,}|,.,|,.|||{||{}}}}|||}}}|}}})}},|,,||},,.})}..}}}},}}..,}}},||}},|}},,},,,.,,,{({{{{{,....((((((.(((({...})))).)))))).((((((((..(((......)))..)))))))).,,,.,,..((({,,.})}}.....,}}}}}}||,,}}}}}))},})})))}}},},)}))))))))))))))...|{{{{{|,||.,{|{{|,..{||||{.,{,.......})),)}}.,,)}}.}}||||}}}},,))))},,.....{,||||||,,,,.,,(((({...}))))}}}}}}}}}}.,}}}.}}...(((.((((..........)))).))),}}}.)}}}},)).}}||||,..,}))}),,.(((((({...}))))))..,,,,,..}}})}))}}})}}}}...|))))}}})),,,.{{{..((((((((((.......(((((((...(((((((..,.{({.{{{.{(.(((...})}.},.))),)),...)))))))....)))))))....)))))))))).))).|{{{||......)))}..)))))))))..)))))))).....},...,,,....({(.(((((.((((.......)))).,}))))))}.
Back