Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

SOX1-OT:15

Sequence Length

704 nt

GC Content

0.5469

AAAUAAACCACUCCAUUGCAGAAAAGCGUGGGCAGGCAGGACUUCACUCCACUGCAGCCCCGGGAAGUCGAAAUAAACAUUGAGAUGGCUUGGCAUCUUCUUCCGAGCAAGCGCAGCUCUCAGGCCGGGCCUGAGCCUGCAGCCUGUGUGCCCUCCAUCAUCAGGGCCCCCUCUCAGGACAGGCUACACCGAGGGUGGGACGGCGGACUUCCAGGGACACUUCCAAGUCGUGCCCAUGCAGAUACCUCAGUAUACACUGCCCACAGUUAAGAAACCACGACCUGAGACAUUGUUUUGAAGAGGUGAAAAUGCCUCCACUCAAGUGGCCCAGGAGCGUGAUCCAGGAAGACGAACACACAGAACCAUCUUCUGCAUGGUUUGAAAAUUCAGUGGAAACUAGGACUCCAAGCUGCUGUCCCCUCUCUGCCGCAUCUGAGGCUGGGAAAACUUCCUAGGAGAAGGCAAGAGAAAGCCACCAGACCAGAGCCGAGGACUAAACUUUAAGGUCGAAGACGGCAGAGGGGCAGGUUCUCCCCUGCACACCCCAAGGCCUCUCCUGCACCCGCGAGGCCUUCCUUGAGCGCCCAGGCCCCCGAAAUGCCUGCCCUCCUUCUGACAAAAGGAGGGGGUAGGAUGUGAAGGGGUAGUGCAACCAACAAUGUUUUUGUAAACACAACAACAGGGAAAUACAUGGAGGAAAUCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-240.8 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -254.26

Frequency: 0.0000

Diversity: 171.63

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

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Thermodynamic Ensemble Prediction

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