Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
SOX1-OT:19
Sequence Length
3601 nt
GC Content
0.4621
GCCCGCGGCUACGGGGCUGGCGCUGCCGGAGCCGGGCCGGACCGGGGUCCGAGAUCUGCGUCGCGCUGGGCACGCUGGCCACCCGGUCCGGAAUGAGUCGGGGCUCCGGGAGGUGCCCGUGGGCAGAGCGUUAGGGGCGCGGCCGUGCCGGACCCGCCCUGGGGACCCGCUGGAGCUGGAGGAGGAACUAACUAUACCUCAGUAUACACUGCCCACAGUUAAGAAACCACGACCUGAGACAUUGUUUUGAAGAGGUGAAAAUGCCUCCACUCAAGUGGCCCAGGAGCGUGAUCCAGGAAGACGAACACACAGAACCAUCUUCUGCAUGGUUUGAAAAUUCAGUGGAAACUAGGACUCCAAGCUGCUGUCCCCUCUCUGCCGCAUCUGAGGCUGGGAAAACUUCCUAGGAGAAGGCAAGAGAAAGCCACCAGACCAGAGCCGAGGACUAAACUUUAAGGUCGAAGACGGCAGAGGGGCAGGUUCUCCCCUGCACACCCCAAGGCCUCUCCUGCACCCGCGAGGCCUUCCUUGAGCGCCCAGGCCCCCGAAAUGCCUGCCCUCCUUCUGACAAAAGGAGGGGGUAGGAUGUGAAGGGGUAGUGCAACCAACAAUGUUUUUGUAAACACAACAACAGGGAAAUACAUGGAGGAAAUCUAUUUAUUGGGUGUGUCAUUUUUGGUGGGGGGCGGGAUUGAAAGUGGCGCCAUCUAGACCCAGGAAAAAGCUACGGGGUGGGCGGGGUAAGCGGGGGACUCUUGGUAAAUGUGGAUAAUUUUGAACUGGGACACCAUUUUGUUUCCUUCCUAGAGCAUUGUAUGAUGUGGCCUGAAGGCUCUGGAAAGUCACAGAUCACACCCAGCAGGAGGUUCUUCAUGUGUGCCAGCCCCUGGCUGGGCCUGGGCAGCCUUGCCCCCAUCCUCUGGCCCCAGCUCCUGCCACCCCACCUGCAGACAAGGCUGCCAAAGGCUAGGGACAGGGCUCCAAGCUAGAGGCCGGCUUUUUGGAGAUGUGGCUGUGGGAGGGGAAUCCCAGGAAGUUGCAUAGAGAGGGAGUUUUUGCCAGCCUGGGUCACUGAUGGCCAGUCCGGGUCACUGAUGUCUCCCCAGGGGCAAGGGGACAGUGCCUGGCUAAUUGUGGGUUUCAAAAUCUGUCUGUUGAGGGGAUGCAGAGGUCAUCAUUGGGGGGUGAAGCUGAUGGUCCACAGAAGCUCUGGGCACAGGUUGGACCUCUUUCCUGCACAAAGAACCCUCCAGGGUGCCCAGUGGUUCUGGCCAGCGCCGGAGCCAGUGACGGUUGGCUUGUUCUGGCCUUCCUCCCCUUCUCACACAUGCAUUCUCUUGCACACGUGUCACACACAUUCCUACACACUCACACAAAUUCUCACACAAAUUCCCAGAAUCAAUCUCCCACAUACACAUCCAAGUCACACACUCAUUCUUACAUGCGAUUCACAGAUUCACACGAUUCACAGAUGCAACAGACUCACAGGCAUUCACUCUUACAUAUGACACAGUUGCACACUUGCACACACACACACACACACACACGCACUGCAAUCCCCUUGCAUCUCCACAGUGUCGAAGGCUGGCUGAACACCAAGGUGGCUCUUGGUGGCAGGACUUCUCAUGGGAGGGAAAGUCACAUAGCUGGAAGGUUACUAGCUUAGGGACAUAAUUUCCUUAUUGACUAUAAUCUCCUUAUAGAAAUUCAACAACUAUAGCAGAAAAUGGAGAAUGAGGACAUUUUAUUUCUCAAAGUCAACAGUUCCUUUUCUCCUGCACCUUCGGAGCAGGCUCCUGCCUGAGGCUGCUGAGGUGCUCUGGGUUCUCGCUGUUUGUUUUCAGCAUCCAGGUUCAGGCUUUUCUCAGUGCAUUUUCCUCGGCUGCCCUUGGACUUGUGUUGUCCGGGGUGGUGGCCACUGGCCCCCAGUGGCUACUGAGCAGGGAGAGCAGGGCCCCUCUGUGGUGAGGCGUGCUGCUCAGUGUAAAACACACACGAGAUUUUCCAGAUGCAGUACUCAAAAGCAUGUGAAACUCCUCAGUCAUCACUUAAAAUAUUGAUCACAGGUUGAAAUGAUUAUAUUUUAGAUACCUUAGGUUAAGUAAAAUAUAUUAUUGAAAUUUCACCUUCUUUUUGCUUUCUAAAAAUGUAGCUCUUAGGAACUUUGCAAUUACCUACAUGGCUAUUUGUGUGUUAUCUUCCUGCUGGGCAGUGUGAGACCUUCUCACAGAUCCUUCAGAAAUGUCAAAGGAAAAGCAAAAAUGGUGGAGAAGGCUGAGCACGUGGCCUCGCGGGAGGCCGGCUCAGAGCUGUUCUGAAGUUGCUUUUGUAACACAAUCUAUUCUCAAAGCUCCUUUUCUUUCAAUGGGGCAGGUUGGGGGUGGGGGGGGGGGGGAUAUUACACCUUGUAUUUUACUUCUCGAUUCAUUUUCUUUCCAUUUUAACUUUAAUUCCGUCUAAUUACUGUAUUGUGAGCUCAGUCAGCAAUCUUGCAUGAACUCUGCAGUAACUUCUGAAGACUCUUGCUCCAAGUGUUUGAUAAUGAGGAGAUGUGCAGGACUAAGGCGACUGUGUGAUGUCUGCACAGUUCGAAAGCCCGCUUUCCUGUUACUUUCAAAUCUCGGGUCAGCAUUUUGGAACUUUUCUGCUUUAAUUUUUCCACACACACCUCUCACUGCGACCACCUACCAUCACCACAACCCAAAACAAAGCAAACAAACAGAAAGCUUGAACAAGAAUUUACAUCUGGGAAAACGCUUCUACUCAUCAAGAGUGGAAUUCCUUUUUAUUCCUAUAAUUGACUCACAGCUUCAAAAAUCUGUGAAGUCAUACUUUGGUCACGGAAGUUGCAAGAAACCAUAUUUGCAAACGUUUUAUUUUAAAGAAGGUAUUUAAAAAUAUUUCACAUAUUAGCCACAGAUUUCUAGAAGUGAAGUUAUAAAAAUUAGAAAUUAUAUUUUGCCUUUUGAUGAUAGCAAGUGAAAAGAGAUUGCUCCAAGCAUGUUUUCAAUAAAUUCAGUAUAACUGCAACACAAAAAUUCUGCAUGCAGGCUUCAUACACACACGUUAUAAUUUUAUGCAUUUAUCUUGAGAGUUGUAUAAUUAAUUUUAAAAAUGCAACAGAAAUGUGAAGUUAAGUCUACUUUGCCAAUAAUGGAAAUGUCUCAUAGAUAAUUUUGAAUACAAUUAAAAUUUUGUUUUUAUCAUAAAAGGAACUGUCCUGUUGCUCAUUAUUAGUAUGUUGUCCACUUACUGUUCUAUUUUUAGCUAAAUUAAAUUUAACUAGAGGAAAAAGAAAAUGUUGUGCAAUACCAAGGAUGAGCAAAGUUUUGUGGGUAAACUAAUUGAGAUGGUUAAUUUUGGUAUUAACUCUUUGGGCAAUAUCAUUCUUGUUAAAAUUUAAGUAAGGAACUAGUAGAAAUACUUUAUUCCUUAAUCAAACUACCUGUUUUUGAAAAAAAUUGCCAAAGAAGAAACUAAAAAAUUAGCACAUAUCCUGUUAAAGAGCCAUCAACAUCCCAUUGGAAACUCUAGCACUCUGACUUUGGAUGUGUACGAUGGUCUGUUCAUUUAGUAUAUGUAUUACACAGCCUCAUUUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1131.6 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1206.11
Frequency: 0.0000
Diversity: 803.91
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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