Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

SOX1-OT:21

Sequence Length

625 nt

GC Content

0.5520

CGCAGCUCUCAGGCCGGGCCUGAGCCUGCAGCCUGUGUGCCCUCCAUCAUCAGGGCCCCCUCUCAGGACAGGCUACACCGAGGGUGGGACGGCGGACUUCCAGGGACACUUCCAAGUCGUGCCCAUGCAGAUACCUCAGUAUACACUGCCCACAGUUAAGAAACCACGACCUGAGACAUUGUUUUGAAGAGGUGAAAAUGCCUCCACUCAAGUGGCCCAGGAGCGUGAUCCAGGAAGACGAACACACAGAACCAUCUUCUGCAUGGUUUGAAAAUUCAGUGGAAACUAGGACUCCAAGCUGCUGUCCCCUCUCUGCCGCAUCUGAGGCUGGGAAAACUUCCUAGGAGAAGGCAAGAGAAAGCCACCAGACCAGAGCCGAGGACUAAACUUUAAGGUCGAAGACGGCAGAGGGGCAGGUUCUCCCCUGCACACCCCAAGGCCUCUCCUGCACCCGCGAGGCCUUCCUUGAGCGCCCAGGCCCCCGAAAUGCCUGCCCUCCUUCUGACAAAAGGAGGGGGUAGGAUGUGAAGGGGUAGUGCAACCAACAAUGUUUUUGUAAACACAACAACAGGGAAAUACAUGGAGGAAAUCUAUUUAUUGGGUGUGUCAUUUUUGGUGGGGGGCG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-226.6 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -237.53

Frequency: 0.0000

Diversity: 150.48

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

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Thermodynamic Ensemble Prediction

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