Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
SOX1-OT:24
Sequence Length
2523 nt
GC Content
0.4495
AUUGAAAGUGGCGCCAUCUAGACCCAGGAAAAAGCUACGGGGUGGGCGGGGUAAGCGGGGGACUCUUGGUAAAUGUGGAUAAUUUUGAACUGGGACACCAUUUUGUUUCCUUCCUAGAGCAUUGUAUGAUGUGGCCUGAAGGCUCUGGAAAGUCACAGAUCACACCCAGCAGGAGGUUCUUCAUGUGUGCCAGCCCCUGGCUGGGCCUGGGCAGCCUUGCCCCCAUCCUCUGGCCCCAGCUCCUGCCACCCCACCUGCAGACAAGGCUGCCAAAGGCUAGGGACAGGGCUCCAAGCUAGAGGCCGGCUUUUUGGAGAUGUGGCUGUGGGAGGGGAAUCCCAGGAAGUUGCAUAGAGAGGGAGUUUUUGCCAGCCUGGGUCACUGAUGGCCAGUCCGGGUCACUGAUGUCUCCCCAGGGGCAAGGGGACAGUGCCUGGCUAAUUGUGGGUUUCAAAAUCUGUCUGUUGAGGGGAUGCAGAGGUCAUCAUUGGGGGGUGAAGCUGAUGGUCCACAGAAGCUCUGGGCACAGGUUGGACCUCUUUCCUGCACAAAGAACCCUCCAGGGUGCCCAGUGGUUCUGGCCAGCGCCGGAGCCAGUGACGGUUGGCUUGUUCUGGCCUUCCUCCCCUUCUCACACAUGCAUUCUCUUGCACACGUGUCACACACAUUCCUACACACUCACACAAAUUCUCACACAAAUUCCCAGAAUCAAUCUCCCACAUACACAUCCAAGUCACACACUCAUUCUUACAUGCGAUUCACAGAUUCACACGAUUCACAGAUGCAACAGACUCACAGGCAUUCACUCUUACAUAUGACACAGUUGCACACUUGCACACACACACACACACACACACGCACUGCAAUCCCCUUGCAUCUCCACAGUGUCGAAGGCUGGCUGAACACCAAGGUGGCUCUUGGUGGCAGGACUUCUCAUGGGAGGGAAAGUCACAUAGCUGGAAGGUUACUAGCUUAGGGACAUAAUUUCCUUAUUGACUAUAAUCUCCUUAUAGAAAUUCAACAACUAUAGCAGAAAAUGGAGAAUGAGGACAUUUUAUUUCUCAAAGUCAACAGUUCCUUUUCUCCUGCACCUUCGGAGCAGGCUCCUGCCUGAGGCUGCUGAGGUGCUCUGGGUUCUCGCUGUUUGUUUUCAGCAUCCAGGUUCAGGCUUUUCUCAGUGCAUUUUCCUCGGCUGCCCUUGGACUUGUGUUGUCCGGGGUGGUGGCCACUGGCCCCCAGUGGCUACUGAGCAGGGAGAGCAGGGCCCCUCUGUGGUGAGGCGUGCUGCUCAGUGUAAAACACACACGAGAUUUUCCAGAUGCAGUACUCAAAAGCAUGUGAAACUCCUCAGUCAUCACUUAAAAUAUUGAUCACAGGUUGAAAUGAUUAUAUUUUAGAUACCUUAGGUUAAGUAAAAUAUAUUAUUGAAAUUUCACCUUCUUUUUGCUUUCUAAAAAUGUAGCUCUUAGGAACUUUGCAAUUACCUACAUGGCUAUUUGUGUGUUAUCUUCCUGCUGGGCAGUGUGAGACCUUCUCACAGAUCCUUCAGAAAUGUCAAAGGAAAAGCAAAAAUGGUGGAGAAGGCUGAGCACGUGGCCUCGCGGGAGGCCGGCUCAGAGCUGUUCUGAAGUUGCUUUUGUAACACAAUCUAUUCUCAAAGCUCCUUUUCUUUCAAUGGGGCAGGUUGGGGGUGGGGGGGGGGGGGAUAUUACACCUUGUAUUUUACUUCUCGAUUCAUUUUCUUUCCAUUUUAACUUUAAUUCCGUCUAAUUACUGUAUUGUGAGCUCAGUCAGCAAUCUUGCAUGAACUCUGCAGUAACUUCUGAAGACUCUUGCUCCAAGUGUUUGAUAAUGAGGAGAUGUGCAGGACUAAGGCGACUGUGUGAUGUCUGCACAGUUCGAAAGCCCGCUUUCCUGUUACUUUCAAAUCUCGGGUCAGCAUUUUGGAACUUUUCUGCUUUAAUUUUUCCACACACACCUCUCACUGCGACCACCUACCAUCACCACAACCCAAAACAAAGCAAACAAACAGAAAGCUUGAACAAGAAUUUACAUCUGGGAAAACGCUUCUACUCAUCAAGAGUGGAAUUCCUUUUUAUUCCUAUAAUUGACUCACAGCUUCAAAAAUCUGUGAAGUCAUACUUUGGUCACGGAAGUUGCAAGAAACCAUAUUUGCAAACGUUUUAUUUUAAAGAAGGUAUUUAAAAAUAUUUCACAUAUUAGCCACAGAUUUCUAGAAGUGAAGUUAUAAAAAUUAGAAAUUAUAUUUUGCCUUUUGAUGAUAGCAAGUGAAAAGAGAUUGCUCCAAGCAUGUUUUCAAUAAAUUCAGUAUAACUGCAACACAAAAAUUCUGCAUGCAGGCUUCAUACACACACGUUAUAAUUUUAUGCAUUUAUCUUGAGAGUUGUAUAAUUAAUUUUAAAAAUGCAACAGAAAUGUGAAGUUAAGUCUACUUUGCCAAUAAUGGAAAUGUCUCAUAGAUAAUUUUGAAUACAAUUAAAAUUUUGUUUUUAUCAUAAAAGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-757.1 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -810.62
Frequency: 0.0000
Diversity: 695.32
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((((((((.(((...((((((.(((..((..(((((((..(((((..((((((((.....(((...((((((.((..(((((.((((((((((((((((((((((..............((((((...(((((((.(((((((.(((.....(((((((((((((((((....(((((((((((((((...))))))(((((((((....)))).((..((((((((...(((.((((...(((..(((((((......))))...)))...))).)))))))....))))))))..))...((((((..((((..((((((((((((((((((((.....(((.(((.......))).)))...))))))..((((.....))))(((((.(((((.....(((((........))))))))))))))).....(((((((.........(((.((..(((((((......((.((((.(((((((((.........((((((.....((.(((....)))))))))))(((((.......))))))))))))))))))))((.((((((((((....)))))))))).))..((..((((......))))..)))))))))..)).)))((((......))))...((((...))))..........)))))))...............)))))).........))))))))..))))))))))...................((((..((...((.((....)).))...)))))).........))))).........)))))))))....((((((....)))).))..(((((((.((((........(((((.....)))))........)))).(((((((((((((.((((((((....))))))))......(((((...)))))(((...((((((.(((((((((..(((.((((.((((.((((..((((((((..((((..(((.((.((((...........)))))).)))..))))..))))))))....)))).)))).))))....)))..))))))....(((.((((((.((((....)))))))))).)))((((.(((((((((.(((((.(((.((((((..((.(((..((((((((..........))..........((((((((.((((.......))))))))))))(((((((((...))))))))).))))))..)))((((((.((.((((......)))).)).)))))).))..)))))).))))))))...)))))).)))...))))..)))))))))...))))))))))....................((((.(((((...(((((((((...(((...)))....)))))))))........))))))))).......)))))).......((((((..((((.............))))...)))))).)))))))...))))))))))))...)))))))).)))...)))).)))))))..))))))))))))..)).))))))))).....((((((((...(((((((....)))))))..(((((.....))))).(((((....)))))....(((((((((((.(((((............)))))...)))))))))))((((((..((((((........))))))..))))))...............(((....((..(((((......)))))..))...))).)))))))).........(((.((..(((.(((......))).))).)).)))((((((((((.(((..((((((((.((((((((....((((((((((((.....))))))))).....))).....))))).)))))))....)))).))))))).))))))....))))).)))))..))))))))...))))))).)))).))).))..))))).)).............((((.............)))).....))..)))...))))))((((((.((((((((.....))))))))...(((((....((......((((((((((.((....)).))))).)))))......))....)))))(((((((........))))))).)))))).......))).))).......(((((.....))))).))))).((((((((...................))))))))........(((((((((((.(((((.......(((((...((((.((((((............((((...))))...............))))))((((((...((...((((((....(((..(((((((......(((((((......)))))))..)))))))..)))))))))..)).)))))).............))))...)))))......((((((((......))))))))))))).))))))..)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......(((((....{{{...{{{{({.....||,..(((((((..(((({..((((((({.....(((...((((((.((,,(({{{,((((,{{{{{{((((({{{,(({(,,,,{(,,,...,|||||..,{{{{{{|,||{||{|.|{{,,,,,{{{{,|||||{{{||||,,.,,|,}||.,|||||||,,,)|||||((((((((({{..|||||{{{{.....(({{{.,|{{|{({{||||||.(((((({.{{.,,((,(({{{((((.{(,....{{{|,,.))))...,,))))))}}||}|}}.,,||,}}||||}.|||}...|||((({{(,(((({.(((((({{((({..((((((((..(.(((((.(((.....,,(((..((....))..)))..|}}(((((((((((((((.(((((...(((((((((....((((((.{({,((((((({{{{..{(,,,,,.,,((((((,{{((..,.{(({{,.||,,{|(.((({{{,||||,,|||,,{||{{,,,....,,})}}})}}))}}})))))||}{|{|||||||,,..||||||||}|,|,..{{..{|||.,,,,,)))),,))))))),,...}}...||||}}}}}}))}),..((((...,}}}.......................................(({{{,,,,,..........,,,..,{(,............,,,..})).)},,...,}}}}|....))})))))))).....))))))))))))......,,........}}....({((((....)))).,,...............)).))))))...)))))))))..,,)))))))).)..)))))))).|,.((((((({....}))))))).,.(((.((((...((((((...(((({...((((((.......))))))((((((.......)))))}.}))))....))))))..,)))).)))......,,.{{,{{{{,{.((((({.((((({..,,.{{{{....})))..,.,}}))))))))))).(((((((.{.(((((,({{..,,,,}}},))})}))))))),((((((....((((........))))))))))|,,,||}||||||}}.}}||}.||||||.}|,.(((({{((((.......)))))))))((((((((((((...)))))))))))),,|||||||||||,|}||},,,,.}}}}.),))}),}))))))}}.}}..{(((((({.(((,.{((,{(.((((...........)))).))))).},}}}.((.((({........,.)))).}}((({{((((({{,(((((((((...(((...)))....))))))))),,}},...}))))))))..,{{{{{.....,}}}},.((((((..((((,,........,,.))))...)))))).)))))))}..)))))))))))}...}||||||,.,)))},))}}.)))))}}..,,))),.))))))))))}}}})))))||||,|,||||||...{((((((....))))))}||||((({.,.|||}||,(((((,...}}}}}.,,.{((((((((((.(((((..........,.)))))...))))))))))}((((((.,((((((........))))))..)))))){,.......,,....,,,....,{..{{{{,......,}|||,.}}...))),||}}||||{{{,....}||,,||.,|{,,|||,,,,,,)}),)}),)),,))(((((((({{{(((..((((({((.((((((((....((((((((((({.....})))))))).....}}).....)))))},))}}))...,)))).))))))))))))))...,))))),)}))}..,.}))}})...})))))).}))),))}.))..))))).)),,..,,,,,....{(((.........,...)))},....,|..,|,...}))}}}{({{{{.((((((((.....)))))))},..{{,,,..,.{{......((((((((((.{{....}}.))))),,))))..,,,,}}...,})))){((((((........))))))}.}}}}}|..,,,,,|||,|||,|,....|||||,,,...,.,,.))))).((((((({{...|,............}))))))))........(((({({{(((,{({{{|{{{{{{,{,..((((...})))}.))))),.......,,((,..,|||{{............}}..}})))|,,,.,,|,......||,.,,,{{.{|{|{{,((((((((((((((((({..,{|....))}..)))))))......||(((((.......)))))}|{,....}}}.....))))}.)))))|,{{||{..,.,,)))}}}}}))))}.)))))).,}))))
Back