Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

SOX2-OT:110

Sequence Length

512 nt

GC Content

0.5137

GGGAUUGCAGUGGCAAAGCUAGGCUAGGUCUUGGAGGCUGGUGUAAGGCGAUGUGGGUGAAGGCAGGAGGCUGAUGGAAAGACUGGGGGGAAGAAAAGCCGAAAUGGAUUCACGGUGCCUUGGAUGAAGGACGAGAGGGGAACUGCAAGCUCCUUCAACUGGUUCUGUCCGGUGAGAAGUGAUCAAGCUUGGGCUGACAAGAGGCUCAGGGAGCCCUCACGUUCUUUCGCUUUUUUACCUGCCAAUCAAACUGCUACAAGACAACACCCUGAUCUGGCAUGGACAUUCAUUGCAGUCACCUGGAGUCACGGAAAUGACCAUGAUUGCCUGAACUUUCAUGACUUCUGUGGAUAACUGUGGUUGCAGAAAAGAGAAAACCUGGACCGUGAGGGACAUUUCACUCCCUGGGCUUUGGUACAUGAGUCUUGCUGUGAUGCCCAGGCUGCUGGAGUGCAAUGGUGUGAUCUCUGCUCACUGCAACCUUUGAUUCCUGGGUUCAAGAGAUUCUCCUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-163.1 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -174.19

Frequency: 0.0000

Diversity: 184.37

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((((((.....(((.((((((((..((..(.((......((((....(..(((.((((((.....((..((((((.(((((((........((.....))..((((..((((..((((..(((((.((.(((((.((...)).)))))...)).)))))))))))))....)))).....((((((((.......))))))))...))))).)).))))))..)).....))))))..)))..)))))......)).)..)).)))))))).)))....))))))))))).)).(((((((.((......)).))))).)).(((.((((.(((..((((.(((.......((((((((...(((((..(((((..((....))..))...((((((...(((((.(((((((.(((...)))))).)))).)))))...))))))....)))....))))).....))))))))......))))))).))).))))))).....

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((((((((.....(((.((((((((..{{.{{.{{,{{{..{(({..,{({,({,.((((((,{{,.{(..(((((({(((((({.......,{{,...,||.,{(((,,{,({.,(({(,,(((((.{(,((({,.{{...,}.))))},..)),))}))})))))},....)})),}...((((((((.......))))))))...)))))}}),)))))).,}},,,,.)))))).,})}..}}})},},..,}}.).,)}.)))))))).}))....))))))))))).}}.((((((({(({,....,|{|||,,{,..,,,}.,)))))..}}))))}|........((((((((...(((((..(((,{..((....))..)|{{.((((((...(((((.(((((({.{({...}))))).)))).)))))...)))))).}},)}}.,..))))).....)))))))),,,||.||}.,}}.}}},},},.,)}}}..