Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
SOX2-OT:120
Sequence Length
850 nt
GC Content
0.4635
GGGAUUGCAGUGGCAAAGCUAGGCUAGGUCUUGGAGGCUGGUGUAAGGCGAUGUGGGUGAAGGCAGGAGGCUGAUGGAAAGACUGGGGGGAAGAAAAGCCGAAAUGGAUUCACGGUGCCUUGGAUGAAGGACGAGAGGGGAACUGCAAGCUCCUUCAACUGGUUCUGUCCGGUGAGAAGUGAUCAAGCUUGGGCUGACAAGAGGCUCAGGGAGCCCUCACGUUCUUUCGCUUUUUUACCUGCCAAUCAAACUGCUACAAGACAACACCCUGAUCUGGCAUGGACAUACUGAGUCUCACUCUGUCGCCCAGGUUGGAGUGCAGUGGCGCGAUCUUGGCUCACUGCAACCGCCACUUCCCAGGUUCAAGUGGUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGUACCUGAAAUUACAGGCGCCCGCCACCACGCCAGUCUCAAUACCUUCACAGAGGUGAAGAAGCAGCAACCAAAUGAAUUAGACAGCAACAUGAUUCCUAGAGAAUGGCAAGACCAAUUCUUCAACUACUUCUUCAGCAUUUCUGAAACAUAUGGAAGAUGGCCCAUUGUGCUCUCUUAAUUCUUUGAUAAUCUGGACAUUGACUUUUCCAUUAUAUGACCUGGGCUUGUGGGCAUCAUGUCAUAAUGCACCUGUUCAGACAUCUCCCUGUACCAAUAUGGAUCACUUGAAGAGACUCCUUUGCCCCCAUCAAAAAGGAUACAGUUGUGUAUCUCUUCCAUUUUUGUUUACAGUGCCUAAAAUUAUUUGAGCAGUUUUUCACCUCUUCUCUGAUAAACACCUUAUUAGUCCUUAAAAAGAAAAGAAAAAAGGAAAAUAAAACUUUUAUUGAGAUCCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-252.1 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -271.05
Frequency: 0.0000
Diversity: 218.72
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((.((((((...(((...)))((((....(((((((((((..((.(..(((((((....(((((((((((..........((.((((.(((...((.....))..((((.(.((((.((.((((((((....((....))....).)))))))(((((......)))))..((((((....(((((((((.((((.((((((((((((((......)))))............(((((((((((.....................)))).))))).)).....)))))))))....)))))))))))))((..((((((((.((.......)))))))))).))..)))))))))))).)..))))))))))).)))))))))))))....((((......)))))))))))).)))))))))))))...))))....((((((((((((.(.((...(((((((.((((..................((((((((.....)).))))))..............(((...((((((((.(((((((((((..((..(...((((((........(((..((((((((.((.......(((..((((((.((((((....))).))).)))))))))))..)))))))).)))(((.(((....))).))).......))))))...)..))...))))).....(((((((....))))))).))))))...))))).))))))))))..))))))).)).)))))))))))))...(((((((.....)))))))(((((...............)))))...........)))))).)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((.((((({{..,||...}},((((.{{,(((((((((((..((.(..(((((((....(((((((((((.{{......,((,(((,,{{,...((,....}}..{(((.,.{((,{((,({{(((((..{,((,,..||.,..}.)))))},{||{|,.,,,,)))))..{{{|||,,,.{((((((((.((((.((((((((((((((......)))))............(((((((((((...{{...........,,...)))).))))).)).....)))))))))....))))))))))))){|..((((((((,{(.......))}))))))).},,,||||}}}}}}}}.,.,))))))))))).)))))))))))))....((((......)))))))))))).)))))))))))))}}.))))....((((((((((((((.((...(((((((.((((..,,,....,|.......((((((((.....)),,)))))..........,{,,(,,...||||{{({.{((({{({,{{,.|{,.|,|,|{||{{,,.,...,|{{..((((((((.,{.......{{{,.{{((((.((((((....))).))).))))))}})},..)))))))).},,,{{.(((....}}},))}......,}}})}}.,{|{{|,..........,,}|||((((....))))))))))))))...))))).))))))})}}..})))))).)).)))))))))))))...(((((((.....)))))))(((((...............)))))..........,}))))).)))))).
Back