Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
SOX2-OT:19
Sequence Length
675 nt
GC Content
0.4370
AAGGAUUGAGAAGUUUUGCAGUGGUCAACUGGUAUAGACAUCCCAUUACCACUACUUCCUUCAUUGGACUGCAAGGUAUUUCUGUUUGGAAAAGUAAUGGAGUCCAGUCAACUUCAUUGAUCGCCAAGGACUGUCAAAAUUAUAAAACUUGCUGUGGAGCUCUGACAUGCCAGAAGCCGCUAGAAAAAGAAGUUUGACAUUCAGAAACUUAUCAAGAGGUUCUACUCUUUGGAUAGAGACCAAAAUCAUACUUUGAAAAAGCCUGACAGGUUUCUUCGGAAAAGUGGCCAUCCAUGGAAUGAAUGAAAUGUUCUCUUUCUAUUCCACCUCUAGAGACCAUCAAAAAACAAUGGCUCAUAAUGCUUUUAGAACAGAAACUGAAGUUGUAUACUGUGCAUAUGUAAUCCUACACAAGAGGAAGGCAAUGUUUAAAGCUGCUGUCACCUCUUAGGGAAAAAACUGGAAUUCUGAGUCAAGGGAUUGCAGUGGCAAAGCUAGGCUAGGUCUUGGAGGCUGGUGUAAGGCGAUGUGGGUGAAGGCAGGAGGCUGAUGGAAAGACUGGGGGGAAGAAAAGCCGAAAUGGAUUCACGGUGCCUUGGAUGAAGGACGAGAGGGGAACUGCAAGCUCCUUCAACUGGUUCUGUCCGGUGAGAAGUGAUCAAGCUUGGGCUGACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-175.5 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -190.73
Frequency: 0.0000
Diversity: 243.97
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((.((.((.((((..((((.....))))....)))).)).)).).))....((((((((((((((((.((.....(((((....))))).....)).)))))))).((((((.(((((.......((.(((((((.............((((((...((((......))))..)))).)).........))))))).))........)))))))))))(((((.(((.((.(((((((....(((..((((...))))..)))..))))))))).))).)))))(((....)))...((((.....))))((((((((((...((((..(((.((((.........)))))))...((((((((((........))))))..)))).((..((((.(((..((((.......))))..)))))))....))(((((.((((((............((((.((((((.......)))))).)))).(((..((((.(((((.(((...)))))))).)..)))..))))))))).)))))))))..))))))))))...))))))))...((((.((...(((.(((..((((..((((..(((((.((.(((((.((...)).)))))...)).)))))))))))))....))))))....)).))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,{{.{,.{{|({|,...((((((.,|.{((.,.....,},))),})))))),||||{{||{{((((((.((.....(((((....))))).....)).))))))||,,.((({{(({((((({..,((.(((((({.,,......,{,.{{{{((.{{((((......)))}.})}}),}}......,}.))))))).)),{{..{{{..,,,|||,,}||.||||{({(({((({(((,...,{{..,((({{{.|{(({|...}))))),)))}))..,}}}||,,,||,|||{{{(({,{{...,,}}||{|||{||||||((((({(((,(({,......,,,,}|||,|{..{((({(((((........)))))}..))))..}}.||{,.|||..((((.....,||||,.{|||,,||....,,|||||.{{,||||}},}},.....((((.((((((.......)))))).)))),((,..{{{,.|||,|}|||}}})))})))}.},.)))}.}}},))))),)}|||,,}}}}),}}},,,,,,,,))))}}}}...{{((.{,.,,||,||||..|,|||||{{(,,(((((.{(.(({{,.||...,).))))),..}),))))))))))),),,..)))))),,..,},))}),,,.
Back