Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

SOX2-OT:47

Sequence Length

748 nt

GC Content

0.4666

CAGGGGAUUGCAGUGGCAAAGCUAGGCUAGGUCUUGGAGGCUGGUGUAAGGCGAUGUGGGUGAAGGCAGGAGGCUGAUGGAAAGACUGGGGGGAAGAAAAGCCGAAAUGGAUUCACGGUGCCUUGGAUGAAGGACGAGAGGGGAACUGCAAGCUCCUUCAACUGGUUCUGUCCGGUGAGAAGUGAUCAAGCUUGGGCUGACAAGAGGCUCAGGGAGCCCUCACGUUCUUUCGCUUUUUUACCUGCCAAUCAAACUGCUACAAGACAACACCCUGAUCUGGCAUGGACAUUCAUUGCAGUCACCUGGAGUCACGGAAAUGACCAUGAUUGCCUGAACUUUCAUGACUUCUGUGGAUAACUGUGGUUGCAGAAAAGAGAAAACCUGGACCGUGAGGGACAUUUCACUCCCUGGGCUUUGGCCUCCCUACAGCGUUGGCUCAGCUCUAGCUACUUGGAAGGUCGUGGCAAUGCUGUCUCAGAAUGUCCGUUUCUAGAGUACAGAGAAGAAAUUCUAGCUUGACGUCCACGUGCAUUUGUCUGUGUUUCAGAGGAAAUUCCAAUUCUAAACUCUUGGAAGAAACAAUUUCUCGGCAUGCUGAAGAGAAUUGCUGUUUUUUGGCACCUGAAACACUUUUACCCAAGGGUUCUGAUUAUUUAAAUAAUUGGUAUGCUAUAAAUAUUCUGGUUGACAGAAAUGUGGUUUAAUGUAGAUGAGUUGUAAAAACAUGAGACAAACAUGCUCCAGGCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-221.4 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -236.21

Frequency: 0.0000

Diversity: 279.27

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((....((..((((...)))).))....))))).((.((((.(((.(((.(((((((((.((((.(((((((.....((((.((((((((..........((((((..((((((((.((..((..((((((((.(((((...((((((((((((((.(((((......)))))..)))).))....)))))((((.......)))))))....))))).))))))))..(((((((..((((.(((((.....(((((.((......((......))((((((..((((..(((((((..(((..(((......))))))))))))).))))..))))))...))))))).......))))))))))))))))....)).))))))))))...)))))).)))))))).)))))))))))..(((((((((.(.((.((((((....)))).)).).).).)))))))))(((((((.......)))).))).....((((....)))).))))..))))))))))).(((((((((((((....(((...)))...((..(((((((((..((((...((((..((..((((((((((........)))))))))))).))))...))))..)))))))))..))........((((((.((.(((..(((((.(((((.....))))).....)))))..))).)).))))))..)))))).)))))))).))).)))).)).

Thermodynamic Ensemble Prediction

({(((,..{((,,((({...||||,||,,,,|||||,((,((((.((,.{((,{(((((({(.((((.{(((((({(.,..,,..((({((((,.....,{{{{{{,{,,.{{(((|{{,((..((,{,{(((((,,({(((,..{{.,.,|,||||||.,||{|}}}},})))))..,,,)}))}}..}|}}|||||.....,{|{|{|{|{{{{|||||{|||{||||,.(((((({..((({{(((((...,,(((({{({......,,,,.,.,||((((((..((((..(((((((..{({.,(((......}))))}))))))).))))..)))))).,,}}))))).......))))))))))))))))..,....))),))))))}}........))))))))))))),)))))))},)}}},)).,})))))})},({{((.,,,...,,,}})})....(((((((((((.......)))).))).)))){{{{....}))),))))..}}}))))}))),,{{{(({(((((({{,.(({...}}}..,((..(((((((((..((({...{(((..((..((((((((((........)))))))))))).))))...})))..))))))))){{||{{,,....||||||,|{.{((,,({,{{,(((((.....))))).}}},}}}}}..}}}.}}.})))}}..,})))).)))))},,.}}),))}).)}.