Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

SOX2-OT:54

Sequence Length

680 nt

GC Content

0.4544

CAGGGGAUUGCAGUGGCAAAGCUAGGCUAGGUCUUGGAGGCUGGUGUAAGGCGAUGUGGGUGAAGGCAGGAGGCUGAUGGAAAGACUGGGGGGAAGAAAAGCCGAAAUGGAUUCACGGUGCCUUGGAUGAAGGACGAGAGGGGAACUGCAAGCUCCUUCAACUGGUUCUGUCCGGUGAGAAGUGAUCAAGCUUGGGCUGACAAGAGGCUCAGGGAGCCCUCACGUUCUUUCGCUUUUUUACCUGCCAAUCAAACUGCUACAAGACAACACCCUGAUCUGGCAUGGACAUGCCUCCCUACAGCGUUGGCUCAGCUCUAGCUACUUGGAAGGUCGUGGCAAUGCUGUCUCAGAAUGUCCGUUUCUAGAGUACAGAGAAGAAAUUCUAGCUUGACGUCCACGUGCAUUUGUCUGUGUUUCAGAGGAAAUUCCAAUUCUAAACUCUUGGAAGAAACAAUUUCUCGGCAUGCUGAAGAGAAUUGCUGUUUUUUGGCACCUGAAACACUUUUACCCAAGGGUUCUGAUUAUUUAAAUAAUUGGUAUGCUAUAAAUAUUCUGGUUGACAGAAAUGUGGUUUAAUGUAGAUGAGUUGUAAAAACAUGAGACAAACAUGCUCCAGGCUAAAAAUAUCUGGAUUAAAAAAGAAAAAGAAAAGAAGAGGUGGGAGAAGAGAGAGAGGAAGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-189.5 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -202.58

Frequency: 0.0000

Diversity: 219.61

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((.((..((.(((((((..((((.((((((..((.((((((..((.((.(.((((..(((((...(.((.((..((((........(((.(((.((((((((........(((((........)))))((((((((.(((((...((((((((((((((.(((((......)))))..)))).))....)))))((((.......)))))))....))))).)))))))).)))))))).))).)))))))..)).)).).......)))))..))).).).)).))..))))))....))..)))))).))))...))))).)).))..)).))......(((((((((((.......)))).))).))))........((((..(((..(.(((((.(((((((((((((((((....(((...)))...((..(((((((((..((((...((((..((..((((((((((........)))))))))))).))))...))))..)))))))))..))........((((((.((.(((..(((((.(((((.....))))).....)))))..))).)).))))))..)))))).))))))..))))((((((.........)))))).......................).))))).)..)))..)))).....

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((.{{.(((((((({..{((({((((({{((({((((((..((.((.(.((((..(((((..{,{((.{(..{({{........(((.(((.((((((((,{,....,(((((,,...,|.}}}}}{{((((((.(((((...{{,,,{{{({((((.(((((......)))))..)))).)}....}||||((((.......))))))),...))))).))))))))))))))))).))).)))}))}..)),)).,..,.,..)))))..))).).).)).))..))))))..{{{(({{{{,|,{||({(({|,.,,,})}},},),}.).}}}}}}))|(((((((.......)))).)))....,..},,,...|||}}|||,.|.,||||.}|||.||,||||((((((((.(({...|}}..{(({{{....||}}}}{{{,.,.|{{(|{{{..{{{{|{{|||,,....,,)))))))))},))))))}}{{|||.{{||||,|||(({{{{{{....||||||}|,,|{||.,,.,,,(((((.....))))),|||.|||||,{||}.||.}}}}}}...,})}},}})),.,}))},((((({.,.....,,)))))).........................,)))),),,),}..,,,......