Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

SOX2-OT:60

Sequence Length

495 nt

GC Content

0.5515

GGCUAGGUCUUGGAGGCUGGUGUAAGGCGAUGUGGGUGAAGGCAGGAGGCUGAUGGAAAGACUGGGGGGAAGAAAAGCCGAAAUGGAUUCACGGUGCCUUGGAUGAAGGACGAGAGGGGAACUGCAAGCUCCUUCAACUGGUUCUGUCCGGUGAGAAGUGAUCAAGCUUGGGCUGACAAGAGGCUCAGGGAGCCCUCACGUUCUUUCGCUUUUUUACCUGCCAAUCAAACUGCUACAAGACAACACCCUGAUCUGGCAUGGACAUACUAAAGCUCUGUACUCGACCCCGCGAGCGGCUCUCGCCUUCCGGGGCUGGAACCCGACUCAGAUGUGAAGCGGCACUGAGCCGCUGCGCAGGUUCGUGCCCAGCGCCCCCUGUUGGACACAGUAGGAGCUGCGCAGCGCCAGUCCCAGAAAUCGCUGGAAUCCUGCUCUGGGGUUAGAGAAAACUCUUUUAUUGCCCUCCAAAAAAGAAACGGGAUGCGAAAACAAAUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-170.8 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -180.42

Frequency: 0.0000

Diversity: 141.55

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((...((((((..((((...(((.(.(.((((.((...(((..(..(.((..(((...((.(((.(((.((((((((........(((((........)))))((((((((.(((((...((((((((((((((.(((((......)))))..)))).))....)))))((((.......)))))))....))))).)))))))).)))))))).))).))).))......)))..)).)..)..)))...)).)))).).).)))...)))).....((((((((((.((((((.(((.((.(((.((((((((.......(((((.(((......)))))))).((((((((((.((((((.((((((.....)))))).)))....))).)))))))))))))))))).)))...)).)))...))))))))))))).))).....((((((.(((.....)))))))))..))))))))...........

Thermodynamic Ensemble Prediction

.(({,,{(({{(({((,{({((,,,({{({{,,(((((..(((((,,{..{{{,.{,,,{{.(((,(((.{{{{{{(({,....,|{{{(({,...,|.}||||,{(((((,,({(((,..{{.,.,|,|||||{.,||{|,,,,,,))))),.}}}),)}.,..,||{(((((.......)))))))}...))))).}))))))))})))}}}}.))),))},))}..})})).,....}..)}))).,)))}}}),,{{.,...,....||},|||.((((((((((.((((((.(((.((.(((.((((((((.....,.(((((.(((......)))))))),((((((((((.((((((.((((({.....}))))).)))....))).)))))))))))))))))).)))...)).)))...))))))))))))).))).....||||,|,|||,,,}})),...,,,..,}}}..}}...........