Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
SOX2-OT:69
Sequence Length
796 nt
GC Content
0.4246
GGAAAACUGUCGUAAAAGGGGACGCGGAGGAGAAGGAAAGUCGCUCAAGCAGUGGACAGAGCGGAGAAAGCGACUUCGGUUCAGCCUGAGAAAACUCCUGAGCAUGUGCGAAAAAGAAAAGAAGAAAAGAAAAGUAAAGAAAAGAAAAAAGGAAAAAGGGCAAGCUCCUGAGUGGAUCUCUCAGGGAGCCACCAGACAGCCGCAGAGAGAAGAAGCUGCCCAAGAAUGGAAAGGAAGAAAUAUAUCACAUCAUCUGUCUGUCCACAGGCUUUCCUUGGGGCUUAUGAAGUGAAUGAAGGAGGGAAGAAAGGAGAGACAGAGAAAAUAUGGGAAGUAUGCAGCUGGCAUCAGAAGCUGGAAGAUAGGAUCUUCCCGGAUCACAGCUCCUGUUCAGAAAGUCUGAGGAUGUCAGACUGAGACUGUUGAGUCUGAGGAUGUCAGACUGAGAUUGUUGAGUCUCAGGAUGUUGCAGGACAGGAUGGAUGAAGAAUGCUAGUCCUGGCAGUUGGGGCCUAAGGCCAGGGCCCUUUUUUAUCACUUUCUUGUGUUGCCUCUCUGCCCAAGAAAAAAUCUGUCUCUUGCAUACAGCUCCUCUAAUACGUGUCCAUUAGAAGGAAGGAGUUUCUUUAAUGAGCUCUAUGGUUUUAUCUUGCUCAUAACAGCUUAGUUUAAUGCCACUGAAACUGUAACAUUUUUUUGUGCCUAAUAUCAACUGACAAAUAUAAAGUUAUUCCUAAUUUAUUAAUUCAAAUGAUAUAUUGCAAAAUAAAAUCUGCUUAAUAUGAAAAGAAGUAAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-224.8 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -239.03
Frequency: 0.0000
Diversity: 162.72
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((.(((((..((((((((((((((((.....((((((((......((.......))......)))))))).(((((..(((((((..((((..((((.(((.(................................................).))).))))..)))).....))))))))))))...((((((..((((((((....(((((((((....)))..........((((.((.(((..(((((((.(((.....((((((((...((((...)))).....))))))))......))).)))))))......))).)).))))))))))(((.......)))(((((((...)))))))........(((((((((((((..(((((.((..((.((..((.(((((....))))).))..)).))..)).))))).)))))...))))).)))((((.((((((..(((((((((.(...((((((((..((((...)))).)))))))).))))))))))....)))))).))))))))))))............))))))...........)))))).....)))))))....(((((((....))))))).((((((................)))))).((((.(((((........)))))..))))...(((((....(((...((((((..(((.....(((((...........)))))....)))..))))))...)))....)))))...)))..)))))..)).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
......{{.(((((..{({(((((((((((((..{({{{((((((...{(.{{.......)).,....})))))))}(((((..(((((((..((((..((((.(((.(................................................).))).))))..)))).....))))))))))))...{{{({{..((((((((....(((((((((....)))..........{{{{.{{.{{({.(((((((.(((.....((((((((.,.((({...})))...}.))))))))......))).))))))),,....}}}.}}.))))))))))((((((.{,.,({(((((({...})))))).}..}}.|||||,}|}|{{{{,.,,|||||,,.{||((,,((.(({{{....))))),)},.)}})},.|{((((((....))))))))}}))},((((.((((((.,(((((((((.(...((((((((..((((...)))).)))))))).}))))))))).,..)))))).))))))))))))............)))))).,}},...,.,)))))),....)))))))....(((((((....))))))).((((((...,,{....,}}...)))))).((((.(((((........)))))..))))..,({{{{.,|.(((...((((((..(((.....(({(({(({....})))))))....)))..))))))...))).,,.))))}...))}..)))))..,}.......
Back