Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
SOX2-OT:7
Sequence Length
1239 nt
GC Content
0.4350
AAUGCAUUUGCUUUCAGCCGCAGAGAGAAGAAGCUGCCCAAGAAUGGAAAGGAAGAAAUAUAUCACAUCAUCUGUCUGUCCACAGGCUUUCCUUGGGGCUUAUGAAGUGAAUGAAGGAGGGAAGAAAGGAGAGACAGAGAAAAUAUGGAUUUCCUCAUGGUUGUGAUUCCUCUUCACUCUUUUGAAUUUGGAAGGAUGGCAUACACAUCUGAAAAAUACCACUACUUCCUUCAUUGGACUGCAAGGUAUUUCUGUUUGGAAAAGUAAUGGAGUCCAGUCAACUUCAUUGAUCGCCAAGGACUGUCAAAAUUAUAAAACUUGCUGUGGAGCUCUGACAUGCCAGAAGCCGCUAGAAAAAGAAGUUUGACAUUCAGAAACUUAUCAAGAGGUUCUACUCUUUGGAUAGAGACCAAAAUCAUACUUUGAAAAAGCCUGACAGGUUUCUUCGGAAAAGUGGCCAUCCAUGGAAUGAAUGAAAUGUUCUCUUUCUAUUCCAGGGAUUGCAGUGGCAAAGCUAGGCUAGGUCUUGGAGGCUGGUGUAAGGCGAUGUGGGUGAAGGCAGGAGGCUGAUGGAAAGACUGGGGGGAAGAAAAGCCGAAAUGGAUUCACGGUGCCUUGGAUGAAGGACGAGAGGGGAACUGCAAGCUCCUUCAACUGGUUCUGUCCGGUGAGAAGUGAUCAAGCUUGGGCUGACAAGAGGCUCAGGGAGCCCUCACGUUCUUUCGCUUUUUUACCUGCCAAUCAAACUGCUACAAGACAACACCCUGAUCUGGCAUGGACAUAUCCAACUUAGAAAUAAUGUUUCAUUCAAGAUAAGGCUCGUGGCUUAGGAGAUUGUGACCUGGCUUGCAUCAUUCUAAGACUUCUAUCGUCUGUUUUCAAAACCCAAGGAGGACCUCCUUUUCUGUGUGAUAGUUCCUCAUGCUUUGCCAGCCACUGGGUCUUUAAGGAAGCUUGCCAAGAGUUCCCGGCUGGGAAGGACAGUUCGAGUUCAUCAUAGACAAUGAGCUGGCACCACAGUUUAAGUGACUCACCAACCUGGUUGCCCACUUCAAAAUGUCAAGAACCACACUAUCUAAUUGAAAGAACUGUGUUUUAGCAAAGUGUAAUUGGAUCGCCUGGCAAGAUCAUCUCAAACUAUGUCUCUGACCUUGCCUUUCAGUGGCUAUUUUGAGCACAAGAGGAGAAAGGAAAUGAUUCCUGAAUUAUAUCUUGUUUUUAAAAAUUAAGAUUAAUUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-347.7 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -376.16
Frequency: 0.0000
Diversity: 345.25
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((.(((((....(((((.(((.((..((..(((....)))..))................)).))).)))))((((((((..(((((((.(.(((((((((((((((((((((......((((((..((.........))..))))))..((..(((.((((.(((....((....))....))).)))).)))..))...................))))))))))((((((.((.....(((((....))))).....)).)))))).)).)))))).))).).)))))))..)).................))))))..((((....((((((((((((((.((((...((((((.........))))))....((((......))))((((.......))))...(((..((((((.((((((...)))))).))))))...)))((.((((.(((((((((.((.......)).))).)))))).)))).))..((((...))))(((.(((((..((((((((((...(((.(((.((((((((((((((....((((((((.((.(((.(((.((((((((........(((((........)))))((((((((.(((((...((((((((((((((.(((((......)))))..)))).))....)))))((((.......)))))))....))))).)))))))).)))))))).))).))).)).....(((((.((.......(((.((((.(.((((((((................))).))))).).)))).))))).)))))((((((...(((((......)))))...))))))...)))))))))))))))))...))))((((((...)))))).(((((((((...(((....((((((.((((((...(((((((((((....))))..))))...))))))))).)))).))....))).))).))))))...(((((((......)))))))((((....((((...))))....))))......(((((.((.(((((((......(((..(((((...)))))..))))))))....)).))...)))))).))).)))...)))).))))))))))).))))))))))))))..)))).)))..))))..))))).))))).......(((((.((((((.(((...))).)))))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
....(((((.(((((,,{{(({((,(({.{,.,((.,((,.,..|||,,||,..{{..,,,.||...||.|}}.|}}||(((({(((..(((((((.(.{{((((((({(((((((((((..,{..((((((..((.........))..))))))..{(..(((.({{({{{(||,.{{....))...,))),)))|,)})..),,,,,}..............))))))))))((((((.((.....(((((....))))).....)).)))))).}}.})))))}.}}.).)))))))..))}................})))))..((((,...{{{|||{{((((((.{{{....{(((((,,...,,,,}}})}}...,{(((......}))}|{,||,|||,,||....,{{,.{((({{{.|{(((|...}))))).)))}))..,))}{{.{{{{.{{{{{|||{.||.,,,,,,)),))),)))))}.))}}.}}..|{||...)))|(((.(((((..((((((((((((.(((((((.{(((((((((((((....{(((((((.((.(((.(((.((((((((,{,....,(((((.{....|.}}}}}{(((((((.(((((...{{,{,{{{((((((.(((((......)))))..)))).)}....}||||((((.......))))))),...))))).))))))))))))))))).))).))).))....,{{{,,.||....,,.(((.{(((||.{(((((({.,,,......,...,.}))}}}))),}.}))}.)))},.)))}|(((((({{.{((((......)))))}}.)))))))..))))))))))))))))),..})))|(((((...)))))}.{((((((((...(((....((((((.((((((...(((,(((({{(....}}),,.,))),..))))))))).)))).))....))},))).)))))}...{((((((......))))}}},(((...,{{{,...}))),},,||}||,,...{||..,{{,,{{{{{{.{(,..,,|,.}},,,}}}}}})).))).}})},,,,})}))))))).)).,{,....,}...}))).))))))))))).)))))))})))))).,|||}.))},,})}}..))))).)))))..,....{((({.{(((((,{{,...})}.}))))})))))..
Back