Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

SOX2-OT:71

Sequence Length

1242 nt

GC Content

0.3422

GUAAAAGGGGACGCGGAGGAGAAGGAAAGUCGCUCAAGCAGUGGACAGAGCGGAGAAAGCGACUUCGGGUCUGCUGGAGUUUGCUGGAGGUGCACUCCAGACUCUGUUUGCCUGCCUAUCACCAACAGAGGCUGCAGAACAGCAAAGAUUGCUGUCUGUAACUUCCUCUGGAAGCUUCAUCCCAGAGGGGCACCUGCCAGAUGCCAGCCGGAGCUCUCCUCUAUGAGCCGCAGAGAGAAGAAGCUGCCCAAGAAUGGAAAGGAAGAAAUAUAUCACAUCAUCUGUCUGUCCACAGGCUUUCCUUGGGGCUUAUGAAGAUUUUGACAUUACUGAAAUUAUUGGAAUUACUUUGAGGAACUUUGCCUGUUGAGUGUCUUAUAUGCACAUAAGAACUUUUCCCAUUUGCAGGUGAAAUUUGUAUUUGUUUAUGAAAAUAAUUGAUUGGAUUGAAACAACAUCGGAAUUCAGUUGGCUUUUAGUUUGUAUAUUUACUGUACUUAAUGUGCCAUGGGUUGUGAUUUUGAAUAGAAUCAUAGACAUCCUGUGCAUUUUGGAAGCUUGCCACUGGGAAAGGCUUAAUAUUUGUAAAUUAAUAGUUUGCACUCCUCAAAAAGUGGUUAGGGCAAUAAUUGAAUGUUAGCAAUAAAGCUUAAAAUUUUCCAUCUUUUGAGAUUUCUCCCUCUUUUAAUAAGUAACUUUGUCAAGCAACAUUCUCUAUUGAAGGGAAGAAAACUUUCAAUUGGGUCUUAAUAUACUAUUCACCUUUCCCUUUAUUAAUAUAAAGAUUAUGUUUAGUACUGUGUUUAACAAGAAAUGUACUUACACAAGUAUUUAAUCUUAGCUUUCUUAAGGAAAUAGGCAAAUAUCUUAGUUACUAAUAUUAAAUAUAUUAAAGCUUACACAUAAAGCACUAAAGGAUGUCAGAAUUGAGAAUUUUUUAAUGAAAGAAAAAAUAUUUUGAUGAUUAAUAAAUUAAAAUGUUCUGGGCUGAUUUAUAGAGAAAUAUUCCACCAAAGGUAUCAGUCUUCAUGUCAACUUGCCCUUCCUAACAGUUCUAUAAUUAUCAUUGAGUUUUAAAAAUGUUUAAAUUGGAUUUUCAUGUCUAGGAUUAAGUGUAUAUUAUAGAUAAAAAUGUAGAAUAUGUAUAUAUUUUGUAUUUUCAUGUGAAAUAUAAUCUCUAAUACUACAUAAAUUGUAAUGUAUUACAUUGCUAAUGGAAAUAAAAAUAUGCUGAUACUUUUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-296.6 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -325.12

Frequency: 0.0000

Diversity: 348.81

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.......(((((....((((.((((((((((((....)).(((((((((.((((((.(((..((((...(((((.(((((...((((((.....)))))))))))....((((...............))))((((((.((((((...))))))))))))....(((((((..........)))))))(((....))).....((....)).((((........)))).)))))..))))..)))..(((....)))....................)).))))))))))))).))))))))))(((((.....(((...(((((((.(((((.(((.((((............(((.(((((((((.(((((((((((......))))))........)))))))))))))).)))((((((.((((((((......(((((..(((.(((....((((.((((((..((((.....(((.(((((.....)))))..)))..)))))))))).))))))).)))..)))))..((((((((((((.((.((((((((((((...((((((((.........((((((((...))))))))..........((((((((((((..((((((((.((((((......)))...........((((....))))((((((((...((((((((.((..((((...))))..)))).)))))))))).))))))).)))))))).)))))))).)))).....))))))))............(((((((.....((((((((((...(((.....)))....)))).)))))))))))))...(((((...)))))..)))...............((((((.....)))))))))))).).)).)).))))...))))))))...(((((((...))))))).........(((((((((((.........))))))))))).........)))))))).))))))....)))).))).)))))....)))))))))))))))))))....)))))............((((.(((...((((((.......((((((((...(((..(((((..((((((.((.((.((((((((((((((....)))))))))))))).)).)).))))))..)).)))..)))........(((((((...)))))))..))))))))..))))))..))).))))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

..,,,{{(((((....((((.((((((((((((....)).(((((((((.(((({{.,{{(((((({(.,,.,|}||}}|},}|{((((.....))))}|.(((((((.{.............))))))),,(((((,,((((({...})))))))))))....(((((((........,.)))))))(((|,||.}}}).}})),,,.(,((((((.((({.((.....)).)))).)),,))).)(({....))).......,.......,,...)).))))))))))))).)))))))))){((((....,(((,..(((((({.{((((.,{,.{(((,,,..{{{{{.{((,.(((((((({.(((({((((((......)))))),,,,....||}},))}))}}}}..,,{(((((.((((((({...,,.{((((,{(({........|||,.||||||}}|(((..,,{{{..((({{..,,,,}})),.,,...)))}}}}}}|{||||{||....,}))))))}((((((((((((.({.(({(((((({{{...((((((((.........((((((({...})))))))..........((({((((((((..((((((((.((((((......)))........,,.,..,..,)))},((((((((...(((((({(.,,..((((...))))..,,}}.)))))))))),,)))))).)))))))).)))))))).}))).....))))))))..,,,....,,,{((((((.....((((((((((...(((.....)))....))))},)))))))))))}.,.{({{{...))}},..))),.,,...,,,,,...{{{{{|.....)))))}}))))).).}}.}).))))...)))))))),,,{{,,,,{,{{{|{{|||.,.,{||,.,{{{{|||{{{.,,,....,)))}}))})))}},,,},,,)))))))).))))))}}),,}}},))),))))).,,,))))))},,})))))))))....))))}.,,,,,,,{{,{.{{{{({{...,{,,|||,,,{,{{{,,.,,||},}||,|||{|{,,((({({,{{,{{.{{{(((((({((({....})))))}}|||}}|.}}.}).))))))..}}.}}}|,}}|||,....,(((((({...)))))))..})}}}}}}..,,,},},,},,,})))},.