Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

SOX2-OT:73

Sequence Length

1238 nt

GC Content

0.4055

GUAAAAGGGGACGCGGAGGAGAAGGAAAGUCGCUCAAGCAGUGGACAGAGCGGAGAAAGCGACUUCGGGUCUGCUGGAGUUUGCUGGAGGUGCACUCCAGACUCUGUUUGCCUGCCUAUCACCAACAGAGGCUGCAGAACAGCAAAGAUUGCUGUCUGUAACUUCCUCUGGAAGCUUCAUCCCAGAGGGGCACCUGCCAGAUGCCAGCCGGAGCUCUCCUCUAUGAGUUCAGCCUGAGAAAACUCCUGAGCAUGUGCGAAAAAGAAAAGAAGAAAAGAAAAGUAAAGAAAAGAAAAAAGGAAAAAGGGCAAGCUCCUGAGUGGAUCUCUCAGGGAGCCACCAGACAGCCGCAGAGAGAAGAAGCUGCCCAAGAAUGGAAAGGAAGAAAUAUAUCACAUCAUCUGUCUGUCCACAGGCUUUCCUUGGGGCUUAUGAAGUGAAUGAAGGAGGGAAGAAAGGAGAGACAGAGAAAAUAUGGAUUUCCUCAUGGUUGUGAUUCCUCUUCACUCUUUUGAAUUUGGAAGGAUGGCAUACACAUCUGAAAAAUAGUAUUUGUGUCAGAGUAAGAAAUCUCUUUCUAGAUGUUUUUGCCAUAAAGUCAUAUUUCUGUGUUUUGGACAUCGCAUUUUGUGGUCAUAAAAUGGAAGUGAUUGUAAGGCCACGUAUUCAGCACAAUGACCUUGAUCCUGAAUGAAGUGGAGAGAGGAGAGAGAGAACAGCGUGACUAACAGCUCUUGUUGAAGCACAAGUAACUUUUUAUGUUCCACUCCACAAUGAUGAAAAAGUAAACACAGAGACAGGUUUUAGAUGUUGAUGGCUUUAUAUCAAAGUGAAAUAUAUUUGUCAUGUUCCAAAGUUACCUUCAUUAUCAUUAUUUUUAGAGGAAUGGUUAAAAGCAUAGGCUCUGGAAUCAAACAGCUUGGGUUCAAAUCUUGGAUCUUUCACUUCUUAGCUGCAUGACCUUCAUUAAGUUCUCAUCUGUAAAAAUAGGGAAAAUACGAGAAACUACUUCAUGGGAUUGUUACAAAGAUAAAGUGCAAUAAUGCAUGUGUCUGGCAUAGAGUAAGCUCUUUCAGUGUCAGUUAGUAUUAGCAUAAUUAAGUGCAGAAUGUUUGUAAAAUGUUAUCUAAAUUGUACUAUACUCGACCUGGUUUAAAGUAAGUGAAUGGAUAUCUGUGAAACUUUCUGACAUGUGCUAAAAUACAUUGCAGCCUUCAUUAAAUCUCAUUUGAAUAGUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-335.7 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -359.23

Frequency: 0.0000

Diversity: 274.48

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

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Thermodynamic Ensemble Prediction

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