Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

SOX2-OT:76

Sequence Length

2291 nt

GC Content

0.4011

GGGGACGCGGAGGAGAAGGAAAGUCGCUCAAGCAGUGGACAGAGCGGAGAAAGCGACUUCGGUGAAUGAAGGAGGGAAGAAAGGAGAGACAGAGAAAAUAUGGAUUUCCUCAUGGUUGUGAUUCCUCUUCACUCUUUUGAAUUUGGAAGGAUGGCAUACACAUCUGAAAAAUACCACUACUUCCUUCAUUGGACUGCAAGGUAUUUCUGUUUGGAAAAGUAAUGGAGUCCAGUCAACUUCAUUGAUCGCCAAGGACUGUCAAAAUUAUAAAACUUGCUGUGGAGCUCUGACAUGCCAGAAGCCGCUAGAAAAAGAAGUUUGACAUUCAGAAACUUAUCAAGAGGUUCUACUCUUUGGAUAGAGACCAAAAUCAUACUUUGAAUGAUAUGCAAUGCAAGACUCCCAAGAUUCUGGGCAGUGGCAGGGAGGUGCAGCUUCUAGUCUGCCGCAUGAUCACAAUGUUUUCUCUCUCCUUUCUGCUGGUGUUUCUUCCCCAUCUUGUCUCCAACUAAAGCCUGACAGGUUUCUUCGGAAAAGUGGCCAUCCAUGGAAUGAAUGAAAUGUUCUCUUUCUAUUCCAGGGAUUGCAGUGGCAAAGCUAGGCUAGGUCUUGGAGGCUGGUGUAAGGCGAUGUGGGUGAAGGCAGGAGGCUGAUGGAAAGACUGGGGGGAAGAAAAGCCGAAAUGGAUUCACGGUGCCUUGGAUGAAGGACGAGAGGGGAACUGCAAGCUCCUUCAACUGGUUCUGUCCGGUGAGAAGUGAUCAAGCUUGGGCUGACAAGAGGCUCAGGGAGCCCUCACGUUCUUUCGCUUUUUUACCUGCCAAUCAAACUGCUACAAGACAACACCCUGAUCUGGCAUGGACAUCGCGGGUCCAAGCCUGUAGCCCCAAAUCGGAUAAUCUCUGCAGCUGAUAACAAGCAAAAGAGAAGCCAGGCAACAGCCAUAUUAAAGAAGAAAACAAUCAACUCUGAGAUCCAACUUAGAAAUAAUGUUUCAUUCAAGAUAAGGCUCGUGGCUUAGGAGAUUGUGACCUGGCUUGCAUCAUUCUAAGACUUCUAUCGUCUGUUUUCAAAACCCAAGGAGGACCUCCUUUUCUGUGUGAUAGUUCCUCAUGCUUUGCCAGCCACUGGGUCUUUAAGGAAGCUUGCCAAGAGUUCCCGGCUGGGAAGGACAGUUCGAGUUCAUCAUAGACAAUGAGCUGGCACCACAGUUUAAGUGACUCACCAACCUGGUUGCCCACUUCAAAAUGUCAAGAACCACACUAUCUAAUUGAAAGAACUGUGUUUUAGCAAAGUGUAAUUGGAUCGCCUGGCAAGAUCAUCUCAAACUAUGUCUCUGACCUUGCCUUUCAGUGGCUAUUUUGAGCACAAGAGGAGAAAGGAAAUGAUUCCUGAAUUAUAUCUUGUUUUUAAAAAUUAAGAUUAAUUAAUACUUGGUUUUAUGUUCAUUCCAUUGUAGGAACUUAGUGAUUAUUACAAAACAGUCAAAAUAGGUCAUAGCAAAAUGAACGUUUAAGAUUAGGUUAAAACAUUCCUCUGAAAUUUUAGUAUUCACUUUUGAAGUGUCAAUUACUAUAUUUCUGUAAUUUCUCAUUUUUUUCUUGGCUUAGAGUCAAGAUGAAAAAUGAUAUUUGAAUCAAAGACAUUGUUUUGUUAUAUAGCCACUCCUUUCUAAAAUGCAAAUCCACCCUCCCCUCACCAAUGCUUUAUUCUUUGUGCGCGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGACAUACACAGAACCAGCACCCAAAUGGUAGAGGAGGUCCUUCCAAGACUUCUAGGACCUGGAUCAUGUAAGCAGUAGAUGAGAAAAUGAAGUAAGAGAUAUAGAGUAAUAACAAUAAAAGUCAAUGAUUUCAUUUUACAAAAAAGUCAUUGUGUAGUACUCAGAUAUUUUUAAGAGCAAGUAUUAUUAUGACUAAAGUAUAUUAUACUUCUAAAUUAUUAUGAUUCUCAUCUAAUUUCAAGCCACACAUAGGCGCCAUUUGAAAGCAUUUUGUGUUACAACCUAUCAACAAAAAUCAACUAAUAGUUUUAUAACGUGCAUAGGUUUACCCCAUGGGGAAUUAAAAUUUUUAUCUGCAAGUAUUUCUGUUGUUGUGAGACUUUAGGACAAGACAACAUUUGGUGUUAACAUAGAAGAAUAUUCUAUGGCUUUUUUAGCUUUAAAGUUCAUUACUCUAAAAUAAAGUACACGUGGUAUUUUUUUCUUCCUAGUGUUCUCUUAUUAUAUGUAGAGUAUUUUCGGUUGUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-608.52 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -652.53

Frequency: 0.0000

Diversity: 604.26

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((((((((((((((...((((...((.((((((((((((.((((((((......(((.(((((((((((((((..((((((..((.........))..))))))..((..(((.((((.(((....((....))....))).)))).)))..))...................))))))))((((((((.((.....(((((....))))).....)).))))))))...))))))).)))((((((...((((...........((((((.(((((((((((......))).)))((((((((((..((((((.........)))))).....((((((...((((((((..(.((((..........(((.((((((..(((((.((.(((((((((......)))).)))((((((((((((.(((((((.(((.(((((.(((((((..(((((((((((((((((((.(((((.(((((((.((.((((((((.((.(((..((((.((((((((((..(((....(((((((((.(((((((((.((.......)).))).)))))).))))(((....)))......)))))..))).)))))))..))).))))....))).)).))))))))))..)).))))).))))).))))))....((((...........)))).((((.....))))..))))))))))..)))......(((.(((((......)))))..)))))))))).))...))).))).))))))).(((((((......)))))))))))))....)))))).........(((((((((((......)).)))(((.(((((.......))))).))))))))).((.....))(((((((((...(((.......))).......((((((.(....((((.((((...(((..(((((......((((((......)))))).....)))))..)))..)))).))))).)))))).)))))))))...)).))))))))))))).))).........)))).).........)))))))))))))).))))))).))).((((((((((((((((.((((((...(((((((((((....))))..))))...))))))))).))))(((((((.(((((((........)))))))(((((((..(((...(((...))).))).))).))))............((((................))))..)))))))((....(((((((((..(((((((((((((((((.(((...((.....))....))).))))))....(((((((((..........((((((...(((((....))))).(((((.((((((.(((...))).)))))))))))...(((((((((((((((((((...((((.(..(((((.(((((.((....)).)))))...)))))..).)))))))))))))..))))))))))........))))))(((((..(((((..(((((...))))).....))))).))))).........(((((((((((((((((...)))))))).))))))))).............((((......))))..)))))))))...........((((.((((.......((((((((.((((...((((.((((.((...........................................).).)))).))))..))))......)))).))))(((((((............)))))))))))..)))).....((((((((((.((((....((((((((.(((((...(((........(((((((((............))))))))))))..)))))..))))))))...((.((((((...(((.......)))....))))))))......))))..))))))))))................)))))..))))))..)))))))))...))(((((((((.........((((...))))........)).))))))).....)))))))))))).....)))))..)))))).......(((((.(((....))).)))))))))...)))))).....(((((((.....))))))))))))))).)))))...))))))).))................))))..))))))))))))..)))))))).............................

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((((({(((((((({,(,((((,...{{.((({,{{({{|,{{,{{{(({.,||.(((((,,{,,((((((,,({{((({((,.((,{{,.....}|,.}}}))},,{(,,(((,(,,{,{,{|||,,{...,)}...,}}}|||||,}}}..},,,,,|,...,,,,||....}}|||}}}{{{|||{{.{{.,,|,|{(({....)))},.....}).}))))}}}..,})))))|{|||(((,{((.(,(((..{{{{{{,...,((((((,((,((((((......)))},}}|||,{{,,,,.,{{{((({,,,.,,.,|}}}}}.....(((((({..{(((((((,.{.((({..........{{,.((((((..(((((.((.,,(((((((......)))).)))(((((((((({(,(((((((.(((.(((((.(((((((..{({((((((((((((((((.(((((.((((({(.((.((((((((.({.(((..((((.((((((((((..(((....((((({(((.(((((((((.((.......)).))).)))))).)))}{((....||}...,,.)))))..))).)))))))..))).))))....))).}).))))))))))..)}.))))).))))).))))))....((((....,....,,)))),((((.....)))).}))))))))))..}}}.....,{((.(((((......)))))}}),,))))))).))...))).))).))))))).{{(((((......))))))}}))}})....)))))).........(((((((((((......)).)))(((.(((((.......))))).))))))))),({.....)),,,,(((((...(((.......)))...}}}}|(((((.(....((((.((((...(((..(((((......((((((......)))))).....)))))..)))..)))).))))).)))))},||}}}}}}}..,)),))))))))))))).,)},........)))),}.},,.,,..)))))))))))))),}}}}}}||||||.,||||}.,,{{((((.((((((...(((,(((({{(....}}},..,))),..))))))))).)))),||{{,{,|{{{{|{..,,},..,||||||{|,,|||}||||},|(((...,||{|...}))},,,.,||}},...,}))},,,|,,||,,,,.{{.....}}.})},,}}}|||||}|}||||}}}}}}},|}}.}))}|||,,|}|||...{,..,,,)),},,))}.)))})),,,}(((((((((.,,{{{,,..((((((,..(((((....))))).(((((.((((((,({,...})).)))))))))))...(((((((((((((((((((...((((.,,.{((((.(((((.{,....,}.)))))...))))),.,.))))))))))))}.,)))))))))).......,))))))(((((..(((((..(((({...))))).....))))).))))).........(((((((((((((((((...)))))))).)))))))))....,,...}}},{{{{..,...))))..))))))))).,,,,,,....,,,,..,,,.)))))),,}}||||,||||||.|,},,|(((.{,|......,.,.,...................,,{{,({(.(((((.{(((,((((,...{{...((((((((.{{..(((((((............)))))))...))..........((((((((((.((((.,,.((((((((.(((((.{.{((........(((((((((..{{.....,..)))))))))))),.)))))..))))))))...{{.((((({.{,{{{,.,....}))}}..)))))))}....,.))}}..)))))))))).......(((.......)))))))))))...||,|,}}))}},..{(((((({,,{.......((((...}))).......})}.)))))))..{((...}))},.............})))...)))).)))))))))))).{{{{{{{{{,.,,{{{{,,.,.,,})))}..(((((((.....)))))))(((.....)))||||,|||,...,|||.|},,.,||||||,..,,}),.)))))))))))),.))))))))..........,,|||,,...,,.......