Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
SOX2-OT:77
Sequence Length
1468 nt
GC Content
0.3610
GGAGGAGAAGGAAAGUCGCUCAAGCAGUGGACAGAGCGGAGAAAGCGACUUCGGGUUGGUUGAAGGUUCAGCCUGAGAAAACUCCUGAGCAUGUGCGAAAAAGAAAAGAAGAAAAGAAAAGUAAAGAAAAGAAAAAAGGAAAAAGGGCAAGCUCCUGAGUGGAUCUCUCAGGGAGCCACCAGACAGGUAAAAACAUACAACCAAAGUUUUUGAGAACAAGGUCCAUAUUGAUCUCUCUGGCCCUUGCAAGCUGCACCAGGAAUGUGGGCUGCCAUUUUCAUGUCCACUGCCUGACUGGGGAAGUGGGAGAUGGUAGAUGGGUUAAAAUGCUACGACACUCUUUUAUCAAAGUUUAGCAACUUCUUUCUGUUUAAGUUUUCCCAUCAUUGUUGUAAGUUUUUUAUUAGAUUCCAGAGUUCUGAAAAAGUUGAUUCUAACAUUUUUUUGGCUUAAUUGUUACUUUAAUGGAAGGACUGAGUUUUAGAGUUCCCUACUCUGCCAUUUUUUGUAAUAUCAGUCCUGUUAUUUAUUUGGAAGAUAUUGAUUUCUUUUGUUUUAUCAAGUGGUUAUUUUGACUCAGCUCAAACUAAAAAGUUGGCCUUCCUGUGGAGAAUGAUAGCUUUAAUUUCAGUUUGUUAUUUUAUCUUAUCUGGUCUGGCUGACAUUUGUCCUGUACAAACAUGGUAUAAAAGUCAGCCAGAGAUUUGGGCAGAGUUUAUACACAAAAUUUGGGACACUUUUUUAUGGCUGUUUUCUUUCUGGGAUGUCUUUUACUCUGCAAAUCUUGUGGUUACCUUGAUGCCCAGAGUGGGAAAGUCCAUGGAGAAAGUAGCUGGUUUCAGUUUUUAGUUAUCCAAAUGUCAUGAACUUGGGCCUCGGUUUUUUGCCUUUUAAGAAAAACUUAUUAUUAUGGUAAAAUACAUAUAAAAGUUACCAUCUUAACUAUUUUAAGUGUUCGUUGGUAUUAAAUACAUUCAUAAUGUUGUGCAACCAUCACCAUCUUCCAUCUCCAGAACUCUUUUCAUCUUAACAAACUGAAACUCUCUAUCCAUUAGAUAAUAACUCCCUUCCCUCCAGCCCCUUGCAAGCACCAUUCUACUACUAAUGCUGCUAUGAACAUGGGUAUACAAAUAUCUAUUUGAGAACCUGCUUUCAAUAUUUUGAACAUAUACCCAGAACUGAAAUUGCUGCAUCAUAUGGUAAUUCUAUUUUUAAUUAUUUUAAGGAAUCACCAUACUAUUUCCCACAGCUGCAAUACCAUUUUUGGUUUUUAACAACAUUGCAUAAGGGUUCCAGUUUUUCUACAUCCUUGCCAACACCUAUUAUUUUCUUUUUUUUUUUUAUAAUAGCCAUCUUAAUGAGUAUAAGGUGAUAUCUCAUUGUAGCUUUUAUUUGCAUUUCUCUAAUCAUUAAUGAGGUUGAAUCUUCUUAUGUGCUUAUUGCCUCUUUGUAUAUCUCUGUGGAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-364.2 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -391.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 307.3
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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