Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
SOX2-OT:78
Sequence Length
2779 nt
GC Content
0.3591
GGAGAAGGAAAGUCGCUCAAGCAGUGGACAGAGCGGAGAAAGCGACUUCGGGUUGGUUGAAGGGUCUGCUGGAGUUUGCUGGAGGUGCACUCCAGACUCUGUUUGCCUGCCUAUCACCAACAGAGGCUGCAGAACAGCAAAGAUUGCUGUCUGUAACUUCCUCUGGAAGCUUCAUCCCAGAGGGGCACCUGCCAGAUGCCAGCCGGAGCUCUCCUCUAUGAGUGAAUGAAGGAGGGAAGAAAGGAGAGACAGAGAAAAUAUGGAUUUCCUCAUGGUUGUGAUUCCUCUUCACUCUUUUGAAUUUGGAAGGAUGGCAUACACAUCUGAAAAAUACCACUACUUCCUUCAUUGGACUGCAAGGUAUUUCUGUUUGGAAAAGUAAUGGAGUCCAGUCAACUUCAUUGAUCGCCAAGGACUGUCAAAAUUAUAAAACUUGCUGUGGAGCUCUGACAUGCCAGAAGCCGCUAGAAAAAGAAGUUUGACAUUCAGAAACUUAUCAAGAGGUUCUACUCUUUGGAUAGAGACCAAAAUCAUACUUUGAAGUAAGUAGUAAUUUCCAAUAUUAGCCCAUUGGGUGAGCUAAAAAUGCCUUAGUUAGAUUUGCCAGAAUUAGAGAUUACAUUUGUUAGAAUUAGGGGUUCACUAAUUAGAUGCCCUAGGCACUAGCCAUAUGUACUAUUGGUAUUAUUAUGAAUCUUUAGGAAUUUAAUUCUUUCUUUGCCUUUUUUACUCUGAAUUCCUAAAUCAUUGUUUGAAAGAGUAUUUUGACCAAUGCCCAGUUUAUAAGGGUUCUGGGGCAUUUUUGCUUCUUGUAUGAGUUCAGUGGAGUGUUAGUUGGCUAACUAAUUACAAGGGACUAAAAAUAAACCAUGGUUUAUUAUUUUCCAAUUUUGAAUUACAAAAUUAUUUAAAUGUCUGUAAUCGAAGUGCUACAUUACUAUGUAAUGAAAUUACAAUACAGCUUAAUGAUAUUAGGAAACUGCAUGCAAAAAAAUAUUUGUACACAAGGUGGUGAUGUUAGCAACCAACUACAGUACUUUUAUUCUGCUAAAAAACACAAUAAAUAACAACAGAUUACUUUCCCCAAGUGAUCCCCAAAGGGCAUCUUUAGUUGUUCAUAUAAUGAUAGCAUGUAAGGGCACAGAGCCACAUGGAAAACCUGUCAGCAUAUGUCAUUAGAGUAGCAGAGAAAAAAGAGAAAAAGGACAAAUCACAAAAUAGAGAAUAACUGCUAAAGAGUAAAAUUAUGUUUACAAGUAGUAAAGAUUCAAGAAUUCAGCCCUUAAUACAUAAGUUUCCAUUGACUCCUAUUUAGAUAUAUAUGUCCAAGGAGUUACAUUCUAAGUGUAAAAUUGUCUCUGUAGCUCUAAUAAAAUAUACCUACUUUCCAGACAGCUUUCCGUCUGAAAACUUUUGCCUCCCAAGCUUCCCCCUGCCUUUACAGUUAAGUUUCCUGAUUCCAAUCCUAACUACAACCUUGGUCCACUGAGGACAAUAUCUUUCCCUCUAUUCAUGUUCCUUGUGCACAAAUUCAAGUUUUUAUGUUUCUAUUAGUAUAAUUCAGAGCAAUUAAAAAUUGAAGCUGCAAAAAUAAGUCACAAACAUUAUUUCUCAUGAAAUAUUUGACCUUAUCAAUUCUAAAAUAUAAAUUAAUACAAGCUAACAUUAAAACCAGCUCAUAUUUCUUGUAAAGUGGUACAUUAAUAAUGACCUCUCAGGCAUAAUUAAUUAAUUUUAUUAUAUUUAUCCCUAAAAUUCACAUAUUUGUUAUAGUGACAUGUAUUUAUUCUCAGAUACUUUUUUAAAGUAAAUGAUGUCAUCAGCAGGAACACAGAACUUGUUGGCUGCAAGAUAGAAAGCAUAUAUGCCAUGAACCAAAAAGGUAGGAAGGUGUAUUUUCAAUUUUAAGGUUCUUCUCCUAAGAUGAAAAGAGCUGCAACUGUUUUUGCAAGUAAGAAAGCAAAAUAUCUGUUCUUGAAUUAUCUAAGGAUGAGUCAGAAACUUAAAGCCGAAGAAAAGUAAUAAAUAAUGACAACAGAUGUUUGUAAACGUGUGCUCCCCUGUUCAGUGUUUGUAUGUGUUGUUUUGCCUUGAUGUGCUGUCAGCAGCCUCUCACCUGGGAGUAGUGAUAUCUUAUCAAAGCCCAAACAGUUCCUCUUCACAACAGACAGAUAAUAGUCCCUUUCAAUUUAUCAUACUGGAAGUCUAAAAGAACCAUGGGAACGACUGGUCAGGUGACAGCUUGAUGGACAGUUUGACACCCCUUAAAGCAUCAUGGGAAAUGGUUGUCACCUGAUUUUCAGAGCGACCAGGGAGAUAACCUUCAGAAUGAUGAGGGAAACAAAAAUCUGAAUAUGUGUAUAAGAUCCAGUGCCAGCAUCAGUGCUCACUUAAGUGAUAAUAAGUAUGAAUUUAGAUGACUCAAAAUGUUGUUAUCAAACCUGAGGGGUUUUCCAAGUCCAGAAGUGCCCAUCAUCUCUUUAGAUGCCUUUUAUAUUUUUAUUCAAAUGUCAUUUCAAAAAUAUAUACAUAAUAUAAGGCUUUCAUUUUAAAGAGACACAAUCAAACGUACUAAAUAUUUAACCACAUGUUAAAUAUAUUAGCUGACCACUAAUAUUCUCCAGAUUUCAAGUCUGCUUUCCUUUUGACAAACUCCUCGUAUACCAUAUCCUAAAUAUAGUCUGCAUACCGCAGUUCUAAUUAAGAAGGCUAUUAUAAAAAAAAUCAUAUAGAUCAAAUUUUACAGGCGGGACUAACUCAGACUCAUGAAGAUCGGUGU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-656.5 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -712.53
Frequency: 0.0000
Diversity: 748.92
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((.((((............))))((((((.....((((..((((((.((.((((..((((((((...((((((.....))))))))))))...))..)))).)))))))).)))).((((((.((((((...))))))))))))....(((((((..........)))))))(((....))).(((((..((((((((((........))))..((((((((((((((..((((((..((.........))..))))))((.(((((((.((((..((((......))))...))))(((((.......)))))...(((((((......(((......)))......))))))).....(((.....(((((((((.......)))))))))....)))((((.((....(((((..(((((((((((((((.((((......))))(((.((((((.....((((((.........)))))).....((((((((((((((((((((((........)).)).)))))))..))))).))))))........((((.(((((.((((.(((((((((((((..(((((((((((...(((....(((((..(((((..((((((..((........))..))))))...)))))...)))))))))))))........))))))(((((((((((........................)))))))))))..(((((.((((((.....)))))).)))))(((.........)))..)))))))))))))))))((((((..((((.(((.((.......)).)))))))...))))))(((..((.(((((((....))))))).)).)))(((((((.....)))))))........(((((((.......(((((((((((((((((((...))))).......((((((...))))))....((..((((((......))))))..))..))))))))).)))))......))))).)).((((((.((........)).))))))........((((((((.....))))))))))))).))))...)))))).)))(((((..(((((((((((...(((.....))))))))......))))))..)))))..((((((((.(((((((.............(((((.(((...((((((.((((...(((((....(((((......)))))...)))))...)))).......................((((......)))).)))))).))).....)))))......(((((((...))))))).....))))))).)))))))).................(((((........)))))..................((........)))))))))).)))))))..))))).)).))))...))))))).))((((.....))))......))))))))).)))))....((((((((((.(((((.(((((..((((((..((((.(((.(((((((.((.(((...(((..(((.........)))..)))...))).))))).)))).)))))))((((((((.((((....(((((...((((..((((............))))..))))..)))))....(((.((((...)))))))..(((((((((.......(((((((.............))))))).(((....)))....(((((((.((((((((...(((.....)))...)))))))))))))))(((((((.........)))))))(((...........)))...)))))).)))(((.....)))..((((((...(((((..(((((((..(((((((((.((((((.((((((......(((((((........)))))))........))))))...)))))).)))).))...)))..)))))))..)))))....................((.(((((....))))).))((((((((((...(((((((.((((((((((.((.((((((.(.(((((.....(((((....)))))...))))).).)))))).))..))))))........)))))))))))...)))))...((((((...........)))))).............(((...((.((((((((((((((((((((((......................)))))........))))))))))))))...)))..)).))))))))...))))))))))))))))))))))))))))).))))).)))))))))).))).).))..))))).....((((....)))).....((((((......((((((..........)))))).....(((.((((((((........)))).)))).)))((((((((((.(((((.(((((((((................)))))))))..........)))))......))))))))))..........))))))..(((((((((.....)))))))))(((((.......))))).))))))(((((...))))))))))))))........))))....(((((..(((........((((((....((((......((((..((...((((...............)))).)).))))......))))........))))))......))).)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((((((,.(((,..{{{.{((,,,|||,(((((....{.(((({(((((({{((.((((..(({(((((...((((((.....)))))))))))}...))..)))).)))))))).|{({.(((((,,((((({...}))))))))))).}}}(((((((........,.)))))))((({.,,,,,,|.|||}.,|}|||}|||}}}.}}.,}}||{,(((((((((((((({.((((((..((.........))..))))))((.(((((((.{(((..((((......}))}...)))}(((((.......))))}...,{{{{{{.,,,,,({(,,,,.,|||,,.,,.}}}}|||{,..,{{|,,...{{{{{{{||,,.....|}}}}}))}.,..}}}|{{{.(({{{{{,{{....,,{({,((((((.({((((......)))}.})}}}.}}.....|||||}})})}.||{{{{,{{{{,{|{(((,,,...}||||,{|,,}},,.,,....,..,,,{,,}}}}.}))))}}.,,,},,,......((((.{{{||.{{((.{{{{{{{{{{(((,,{(,,{(({{{(,,,(((,,,,(((({,{(((((..{(((((,.{(........)}.,))))}|,,.}}}))},.}}|||||}}||||,......,,|,,,{(((((((((((........................)))))))))))}.(((((.((((((.....)))))).))))|(((.........))),.)))))|||}}}}))))}((((((..((((.(((.((.,...,.)).)))))))...))))))(((..{{.(((((((....))))))).}}.))){((((((..,..|}}}}}}.....,,.{{{{|||.,,,,,,((((((((((((((((({(...,}}}),...|,.((((({...})))))...|{|..((((((......))))))..,,.,)))))))))},))))......))))).)).{(((((.((........)).}))}},........((((((((.....))))))))}}}}}.)))),,,,,,,||{{.,(((,,..|||||||,(((,,{((({..,,||||}|||{,,,..||||||,.|||||..((((((((.(((((((.............{{,,,..{,........|.({{{...(((({....(((({......}))))...)))))...)))).........,..|||,.....},||,......,|{(((({.,.,.{{{{....))))..)))))}||{{{|...,))))}....,.))))))).))))))))...}}}}...,..,,..{{|||,,.,,,,,))})).....,,}}|,....}},))}},.,.,))}}))))))).,}))))),,))))),)),,,}},,,))))))).))((((.....))))....}}})))))))).)))))....((((((((((.(((((.(((((,.((((((...,,,.{{,.{(((({{.{{,{,,...|||..{{|.........}}}..}}}....||{|||,,.,)))}))}}}}.(((((((,,((((....{{{{,...((((..((((............))))..)))}..}}}}}.{{.(((.((((...,)))))).}}.{((|{{{|.|||,.,,,..,},},...}},,.,,}.......{{{.,,.|||,,..(((((((.((((((((...(((.....})}...))))))))))))))){((((((.........))))))}((({{..,,,,,..}||{,,||||||.|..(((.....)))..,{,|||}},{((((..(((((((.,(((((((((.((((((.((((((.,....(((((((,,......}}}}))),,,,....))))))...)))))).)))).))...))),.))))))}..))))}...,,.,........{{{{{((.((({,..{,|||||{,|(,,,,,,||,}}.|||||||}|{|||||||{.||.{{{|||,{}||||,,}}}}|((((.{{{||,,|{..|||}}.,.}}}}},.}|,,|,,},|{{,.....}}},,|||}},,,,||..},,.{{{{{,..,,,,,...,))))}),,.....}},,..,))),,},.,||((((((((((((((({(((,...,{,,,..........,,.},))),.,.....)))))))))))))}..})),.})..))))))))}..,,,}},))))))))))))))))))))))).))))).)))))))))).}))|,|)).|}}|,,,{{||{(((....}}}}...,,{{{,{{..,,,.((((((.,........)))))).....(((.(((({(((........)))}.)))).)))((((((((((.(((({.((((({,.{{,.....{{......,}..,,,}}}.....,})),)))))..,,..,}))))))))..........,)}}||,,(((((((((.....))))))))),||||,,}..,,)),,,......{(((({...})))))))))))))........))))....(((((..(((.,...{.,((((((....((((.,{,{{,,,,.,||..,{{{{...............}}}).},..,}}..,...))))........)))))).}},..))).)))))
Back