Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
SOX2-OT:87
Sequence Length
2234 nt
GC Content
0.3926
AGUAGCUUUUAAAGCUGGGCCUUAGUGGGACUCUAAAUGCAAUGAAAGCAGUCUGUGUUGAGAGACUGAAAUGCAUUUCAAAGCCAGGCCUGAUUCGGGGUACAAGGAAGAACAGACCUAUGUGCAUUUUGUAGGAAGAAAACUGUGAAUGGAAAAAGGAGAAGGGGAGAGAAACGGGGGAAAUCUGGAUAAUACAUUAAAGUAACCAUAAUUUUGGAGAUGCAUUCAUCUUAUUGAAAAUAUGUACGUAACCAGUGAUACCGAAGUCGGAUAUUUGCUCAAUCAGGAUGCUCAACAAUUUGAGCCUUUAAAGUUUGGAGCUGCAUGGGUUUGUGGAGAAAGUCGGCUCGUGAUAUUUCCUCAUGGUUGUGAUUCCUCUUCACUCUUUUGAAUUUGGAAGGAUGGCAUACACAUCUGAAAAAUACCACUACUUCCUUCAUUGGACUGCAAGGUAUUUCUGUUUGGAAAAGUAAUGGAGUCCAGUCAACUUCAUUGAUCGCCAAGGACUGUCAAAAUUAUAAAACUUGCUGUGGAGCUCUGACAUGCCAGAAGCCGCUAGAAAAAGAAGUUUGACAUUCAGAAACUUAUCAAGAGGUUCUACUCUUUGGAUAGAGACCAAAAUCAUACUUUGAAAAAGCCUGACAGGUUUCUUCGGAAAAGUGGCCAUCCAUGGAAUGAAUGAAAUGUUCUCUUUCUAUUCCAGGGAUUGCAGUGGCAAAGCUAGGCUAGGUCUUGGAGGCUGGUGUAAGGCGAUGUGGGUGAAGGCAGGAGGCUGAUGGAAAGACUGGGGGGAAGAAAAGCCGAAAUGGAUUCACGGUGCCUUGGAUGAAGGACGAGAGGGGAACUGCAAGCUCCUUCAACUGGUUCUGUCCGGUGAGAAGUGAUCAAGCUUGGGCUGACAAGAGGCUCAGGGAGCCCUCACGUUCUUUCGCUUUUUUACCUGCCAAUCAAACUGCUACAAGACAACACCCUGAUCUGGCAUGGACAUAUCCAACUUAGAAAUAAUGUUUCAUUCAAGAUAAGGCUCGUGGCUUAGGAGAUUGUGACCUGGCUUGCAUCAUUCUAAGACUUCUAUCGUCUGUUUUCAAAACCCAAGGAGGACCUCCUUUUCUGUGUGAUAGUUCCUCAUGCUUUGCCAGCCACUGGGUCUUUAAGGAAGCUUGCCAAGAGUUCCCGGCUGGGAAGGACAGUUCGAGUUCAUCAUAGACAAUGAGCUGGCACCACAGUUUAAGUGACUCACCAACCUGGUUGCCCACUUCAAAAUGUCAAGAACCACACUAUCUAAUUGAAAGAACUGUGUUUUAGCAAAGUGUAAUUGGAUCGCCUGGCAAGAUCAUCUCAAACUAUGUCUCUGACCUUGCCUUUCAGUGGCUAUUUUGAGCACAAGAGGAGAAAGGAAAUGAUUCCUGAAUUAUAUCUUGUUUUUAAAAAUUAAGAUUAAUUAAUACUUGGUUUUAUGUUCAUUCCAUUGUAGGAACUUAGUGAUUAUUACAAAACAGUCAAAAUAGGUCAUAGCAAAAUGAACGUUUAAGAUUAGGUUAAAACAUUCCUCUGAAAUUUUAGUAUUCACUUUUGAAGUGUCAAUUACUAUAUUUCUGUAAUUUCUCAUUUUUUUCUUGGCUUAGAGUCAAGAUGAAAAAUGAUAUUUGAAUCAAAGACAUUGUUUUGUUAUAUAGCCACUCCUUUCUAAAAUGCAAAUCCACCCUCCCCUCACCAAUGCUUUAUUCUUUGUGCGCGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGACAUACACAGAACCAGCACCCAAAUGGUAGAGGAGGUCCUUCCAAGACUUCUAGGACCUGGAUCAUGUAAGCAGUAGAUGAGAAAAUGAAGUAAGAGAUAUAGAGUAAUAACAAUAAAAGUCAAUGAUUUCAUUUUACAAAAAAGUCAUUGUGUAGUACUCAGAUAUUUUUAAGAGCAAGUAUUAUUAUGACUAAAGUAUAUUAUACUUCUAAAUUAUUAUGAUUCUCAUCUAAUUUCAAGCCACACAUAGGCGCCAUUUGAAAGCAUUUUGUGUUACAACCUAUCAACAAAAAUCAACUAAUAGUUUUAUAACGUGCAUAGGUUUACCCCAUGGGGAAUUAAAAUUUUUAUCUGCAAGUAUUUCUGUUGUUGUGAGACUUUAGGACAAGACAACAUUUGGUGUUAACAUAGAAGAAUAUUCUAUGGCUUUUUUAGCUUUAAAGUUCAUUACUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-561.4 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -614.83
Frequency: 0.0000
Diversity: 602.58
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(.((((((.((((((((((((.....((.((..(((((((.......((((((.(....).))))))...)))))))...)))))))))).....((((((............(((((((((((...(((((......((((((((((((((....((.((.((((((.....((((.....)))).............(((..(((.((((((((((........((((((((((((((((.(((.......)))...(((....)))))))))..))))).)))))((((((....))))))))))))))))))).)))...(((((((((..((((((.((((.(((((.......)))))))))...((((..((((......))))...))))(((((((.(((...(((((((((((((......(((......)))......)))))))...(((((.....(((((((((.......)))))))))....)))))((.(((((((.............((((((...((((......))))..)))).)).........))))))).)).......(((((((((......)))))..))))((((((....(((..((((...))))..)))..))))))))))))...)))))))))).(((((((((.((.......)).))).))))))((..((((....))))..))((((.(((((..((((((((((...(((.(((.((((((((((((((....((((((((.((.(((.(((.((((((((........(((((........)))))((((((((.(((((...((((((((((((((.(((((......)))))..)))).))....)))))((((.......)))))))....))))).)))))))).)))))))).))).))).)).....(((((.((.......(((.((((.(.((((((((................))).))))).).)))).))))).)))))((((((...(((((......)))))...))))))...)))))))))))))))))...))))((((((...)))))).(((((((((...(((....((((((.((((((...(((((((((((....))))..))))...))))))))).)))).))....))).))).))))))...(((((((......)))))))((((....((((...))))....))))......(((((.((.(((((((......(((..(((((...)))))..))))))))....)).))...)))))).))).)))...)))).))))))))))).))))...(((((((((..........((((((...(((((....))))).(((((.((((((.(((...))).)))))))))))...(((((((((((((((((((...((((.(..(((((.(((((.((....)).)))))...)))))..).)))))))))))))..))))))))))........))))))(((((..(((((..(((((...))))).....))))).))))).........(((((((((((((((((...)))))))).))))))))).............((((......))))..))))))))).)))))).....)))))))))..)))))))).)).....)))))))..((((.(.(......).).)))).................................((((((((...((...((((((((.((..(((((((............)))))))...))..........((((((((((.((((....((((((((.(((((...(((........(((((((((............))))))))))))..)))))..))))))))...((.((((((...(((.......)))....))))))))......))))..)))))))))).......(((.......)))))))))))...)).))))))))..........................)))))))))))).))))))))))))))))).((.(((.............))).))........(.(((((.(((....))).))))).).(((((...)))))..(((((((.....)))))))........))))))))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
,({(((((((((((((((((((....,({.,{..(((((((.,.....((((((.(....).))))))..,)))))))...,,)))))))}.....((((({...,,......,{{((({{{(((,{{(({((((,,,....((({({{(({{,,,,((.({(((((((.,...{{(({{,,,||{{{.,..{{(,,....|||.{((,,.,{{|||(((((....)))))}..}}}},.,)))}}..,,.}}}).{(({(((....))).)))}.((((,,...{({.((((({....}))))).})}...}.,},}))),,{{(((({{,(({{(({.{{{{{||,{{{|{...,,,,))})))}},},,}}||))))}}},|,,.,},,,,{|||{(((((((.{{(...((((({(((((((......(((......)))......)))))))...{((((.....(((((((((.......)))))))))....))))}{{.(((((((.,,......,{,.{{({((.{{((((......)))},})}}),}}......,,.))))))).)),||..,,{,{({((((......)))}},.|}}}{{{{{{....{((..{(({,,.,|||,,}}}.,)))))}))))))...))))))}|||.(((((((((.((.......)).))).))))))||},|(((....}}}}.{},((((.(((((..((((((((((((.(((((((.{(((((((((((((....{(((((((.((.(((.(((.((((((((,{,....,(((((.{....|.}}}}}{(((((((.(((((...{{,{,{{{((((((.(((((......)))))..)))).)}....}||||((((.......))))))),...))))).))))))))))))))))).))).))).))....,{{{,,.||....,,.(({.{(((||.{(((({({.,,,......,...,.}))}}}))),}.}))}.)))},.)))}|(((((({{.{((((......)))))}}.)))))))..))))))))))))))))),..})))|(((((...)))))}.{((((((((...{((....((((((.((((((...(((,(((({{(....}})},.,)))}..))))))))).)))).))....}}},)}).)))))}...{((((((,.....}}}}}}},(((...,{{{|...}))),},,||}||,,...{||..,{{,,{{{{{{.{(,..,,|,.}},,,}}}}}})).))),}})},,,,})}))))))).)),,{,....,,...}))).))))))))))).))))...{((((((({,,,,{{,,..((((((,..(((((....))))).(((((.((((((,({,...})).)))))))))))...(((((((((((((((((((...((((.,,.{((((.(((((.{,....,}.)))))...))))),.,.))))))))))))}.,)))))))))).......,))))))(((((..(((((..(((({...))))).....))))).))))).........(((((((((((((((((...)))))))).)))))))))....,,...},},{{{{..,,,.))))..))))))))).))))))}}}}}))),,))),.,)))))))}.||..,.,}}}.}}},.((((.(.{......}.}.}.,.....................,,..,||||...,((((((((...((...((((((((.{{..(((((((..........,.)))))))...))..........((((((((((.((((.,,.((((((((.(((((.{.{((........(((((((((..{{.....,..)))))))))))),.)))))..))))))))...{{.((((({.{,{{{,.,....}))}}..)))))))}....,.))}}..)))))))))).......(((.......)))))))))))...)).})))))))....,||||,,.,,.......,,{,...}|}|,,..,,.)))})))))))}}|||}.,{,|{{...,,....,,,,))).}}.},,..,}|}|||||,||{....}}).))}}}|},|,||,..})))},..(((((((.....))))))).......,)))))))))))}...,,,..
Back