Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
SOX2-OT:89
Sequence Length
1884 nt
GC Content
0.3588
GUGAAUGGAAAAAGGAGAAGGGGAGAGAAACGGGGGAAAUCUGGAUAAUACAUUAAAGUAACCAUAAUUUUGGAGAUGCAUUCAUCUUAUUGAAAAUAUGUACGUAACCAGUGAUACCGAAGUCGGAUAUUUGCUCAAUCAGGAUGCUCAACAAUUUGAGCCUUUAAAGUUUGGAGCUGCAUGGGUUUGUGGAGAAAGUCGGCUCGUGAUAUUUCCUCAUGGUUGUGAUUCCUCUUCACUCUUUUGAAUUUGGAAGGAUGGCAUACACAUCUGAAAAAUACCACUACUUCCUUCAUUGGACUGCAAGGUAUUUCUGUUUGGAAAAGUAAUGGAGUCCAGUCAACUUCAUUGAUCGCCAAGGACUGUCAAAAUUAUAAAACUUGCUGUGGAGCUCUGACAUGCCAGAAGCCGCUAGAAAAAGAAGUUUGACAUUCAGAAACUUAUCAAGAGGUUCUACUCUUUGGAUAGAGACCAAAAUCAUACUUUGAAAAAGCCUGACAGGUUUCUUCGGAAAAGUGGCCAUCCAUGGAAUGAAUGAAAUGUUCUCUUUCUAUUCCACCUCUAGAGACCAUCAAAAAACAAUGGCUCAUAAUGCUUUUAGAACAGAAACUGAAGUUGUAUACUGUGCAUAUGUAAUCCUACACAAGAGGAAGGCAAUGUUUAAAGCUGCUGUCACCUCUUAGGGAAAAAACUGGAAUUCUGAGUCAAGUAUGUAUGCAUUUUCUGUUUUCCUGUCUUGUGGGUCUUUAUGACUAAAAACAUUUUUAUGAAAUUGCUCUCUGCUUCUUUAAGCUUUGUGUGGUCUUGUUUGUUUGUUCUCAAAUCUCAAACCAUGCCAUAGUUAGGAAACAUCUUGAGUUGUUAAAAGUUAAAGAAAUUGUAUUUUGUUUAUGAGCAAAAGAGCAGGCCAAGCAAUGUCUUCAGAAACAAAGAUCUUAUUUUAUUUAAAGAAGUUCCUUUUUGUUAUAAGCUAGAAUGAAGAAUGAUUUCAGGACAAUGAGACAGAAACUACCUCUUGAAAGCUGUAAUGUUGAAGCUGGCUACAUAGCUAAAAUAGAGUAGACUGAUUUUCUUUUCUAGGCCUGUUUGGUCAAUUUAAACCAUAUUAAUGGGUGAUCAAACCCUGAAGAGUUCUCUGAGGAUUUAAGUUACCAGCCCACAAUAUACUGACAAUCCACUGAACAACAACAAAACAACAUUUAAUUUCACUUUAUGCAGCACAAACGCAGACUGAGACACUCUAUCAAAUGGUUAAGAGCAUGGGUUUCAAGUCAGAUCCACCUGGAUGUGAGCUCUGGGUCUAGCACUUGCUAACCAUGUAAUCUUGGGCAAUUUAACUUCAUGAAUUCUAUUUCUUCAUCUGUAUUAUAGGAAUGAGGCCAUAUUUCAUGAGAGUAAGAUGCAUUUUUUUUCACAUUUUAACAUCUCUGAUGUUAGAAUGCAUGUUACAAUUGAUGGUGUGUCUUCAUUCAAUUGCCAACACUUUUUCUUUUCUUACUAGUACAUAACUGUGUAAUUACAACCUAUGACAUUUGAGAUUCAAUUAAAUAAUUAACAUAUACCUCAUAGAGUUGUUCUGAGAUAUAAAUAAAAUAAUGAUGUAGAACCUUAUGUCCUAUAAAACCUGCCCCACGGAAGACUUCUAGUAAAUCAUACCAGUUAAUGUUGUACAGUGUGAUGUUUGUAAAGUCUGGCAUUUUCCUGUCUUGUUAGUCAUAAUUUCUGUUUGCCAACUCUAAAAGUUAAUUUCUUUGCAAAAAUCUUUUUGUUGGAACAGUCUGCCUACUGAGUAGCUCGUCAAAUUUCCUCUAAUUGUUCUGGCAGCAUGACAUUGACCCUACGGGUUUACAUAUGAAAUAUGGUCAAAAUAAAGGUUUUAUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-437.2 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -476.98
Frequency: 0.0000
Diversity: 536.37
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((...((((...(.((..((((((((...(((((......((((.((.(((((........(((......)))(((((....)))))..........)))))..)).)))).(((((((....))).))))((((((....(((.((((((....)))))).)))...(((((..((((((((((((((((((....(((((((.(((((...((((((.((.........(((((((..(((((......)))))((((.......))))....(((((((......(((......)))......)))))))..(((((((((((....((((((.((((.((((..(((((.((....).).))))).............((((((....((((......))))(((((((............(((((((((((...(((.(((((((((.(((((.(((.((.(((((((....(((..((((...))))..)))..))))))))).))).))))).......(((((((((.((.......)).))).))))))......(((.((((.........)))))))...((((((((((........))))))..))))...(((((((((((.((((....((((((..((((...........))))....)))))).))))....(((.(.....).)))....)))))))))))((((((((((..(((((((..((((.....)))).....(((....)))..((((((.((((((.((((..(((..(((((((.(((...(((((....)))))..))))))))))(((((.(((((.(((((((((.((.....)).)).))))...))).))))).)))))))).))))))))))...)))))).((((((..((((((((....(((((.......)))))...))))))))...........)))))).......)))))))..))))))))))..))))))))))))))).))))))))))).)))).)))))).......)))).)))))))))))))))))))))..(((((((((.......((((....)))).)))))))))..)))))))..)).)))))).....))))).))))...........)))..))))).))))...........................))))))))).)))))((((((((((((((.(((((((.((.((((((((((((....(((((((((((((.((.......))...))))))).).)))))....))))))..)))))).)).......((((((((...(((..((((((((........)).))))))..))).)))))))).((((.((((((((............(((((((...))))))))))))))).))))..))))))).)))))).........(((((..(((((......((.((((.(((((((((((.(((...(((((((((((.((((((.......))))))..............)))))).)))))......................(((((((....))))))).........((.((....)).))...............)))))))))....))))))))).)).......))))).)))))......((.((....)).)).............(((((...(((((...................))))).)))))..))))))))....)))))).)))))....))))))))..)).)))))...)).((((...(((((...)))))..(((((...)))))))))...................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,...,({{..,((((,{((((((((,,.({(((,,....((((.,..(((,,....|||.{((,,.,,,|}|(((((....)))))}..,}}},.,)))}}..,,.)))).{(({(((....))).)}}}{{{{{,....{{{.((((({....}))))).}},...(((((..(((((((((((({(((((....(((((((.((((({..((((((,(,.,{{,(,,{{({({{{.,{...,}}....})}}|||{{||,..|.,,||{{{,{((((((......(((......)))......)))))))..,{(((({,,,,{{{{(((((..,,,,.||||}}|||,,.,|}}}||,.,|||||..........,{,,{({{({.{{((((......)))},})}}}|||.....,.|,|||||||{||{(...{((.(((((((((.(((((.(((.((.(((((((....(((..((({...})))..)))..))))))))).))}.))))).......(((((((((.((.......)).))).))))))......(((.((((.........))))))).,,,,(({(((((........)))))},.}}}}...(((((((((({.{(((,...{(((((..((((..{{....,},))))....))))))}))},....(((.(.....}.}})...,))))))))))){(((((((((..(((((((.,((((,,,,,|||},....,.{,,|,}}||,((((((.((((({{((((..(((,.(((((((.(((...(((((....))))}..))))))))))(((({.(((((.{{{{{||||.{{.....)).))}}}))...}}}.})))},)))})))),))))))))))...)))))).{{{{,{,.{{{{{{{{,{,,{{(({,,..,||||||....)))))}}}.,,,,.,,,.,)))))}..,,}},)))))))..)))))))))}..}))))))))}}}||}.}}}}}},}||}||||,..,})))}....,|}})),)}}}}}}}}}}}|})))}||}..{{{(((({,.......{{{,....},||||}}}}}}))))))))))).,}},))))))..}..})))).))))...........)))..))))).}}}}...........................))))))))).))))){(((({((((((((.(((((((.((.((((((((((((....(((((((((((((.{{,,.....}}...))))))).).)))))....))))))..)))))).)).......((((((((...(((..((((((((........)),,)))))..))).)))))))).((((.(((((({,..........,{(((((((...))))))))))))))).))))..))))))).)))))).,,.,,...|{||{.,{,|||,,,,,,||,{{{{.(((((({{{{|,|||...(((((((((((.,,,((,...,...,,.....,,,..,.......)))))).))))).,,,.,,{,{............,,|{|||..,,})}}}))}|||,,,,,({.{{....)).||{{{,..,,...{{{{|||}}|}}}....))}))}))),))}......})))),)||||......|{,|.,{,,,|.||..,,...,{,,,,||{((...,,{||,....,,|,..{{|||,..},}))}))}))}})))}}}}},...})})))})}}}}....}}}}}}}}..}},))})},},,)}||||...(((((...)))))..{{(({...}))))}}},......,,}})))}},...
Back