Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

SOX2-OT:95

Sequence Length

1967 nt

GC Content

0.3467

AAAAAAAAGAAAAGAAAAAAAAGAGAACCACAGCUUUGGACAAAAGUCUAUAGCCAGUGCAUUUGAAAACUCCCCUUGCACCAGGGCUGACUGUAGCUGGGGGAAGACAUUUUACUCAUUUGCUCUUUCCUUUCAUACAGUCAGCUGGUCCCUCUUCUCAGGUGUAGAUCACCUAUUAUAAUUUUACCUAAUUUUGAUACUCUGAUAAGGAAAGUCCCAGGACUUAUCAGCUGGGAUAGGCCUCACUUACAAGACAGCUCUGUUCAGUAUUUGGAAGAAAGAAAGCCUGACAGGUUUCUUCGGAAAAGUGGCCAUCCAUGGAAUGAAUGAAAUGUUCUCUUUCUAUUCCAGACAAGUUUAAUGUCUGACACCCUGCACAAAAUUGCAAAAGCAGCAGUGCCCAAAAGAAAAACAAUCAAAAGAAAGCACAGGGUUUUCAUCUCCAAGAAUGCUAUCUUUAGGACAAUCUGCAUCAUGAAUUUAGUUGUGAUGUGUGUUGUGAAUCUUCUAAAGGAUCCUUUAUUUAUCUACACCUUAAUGUAGCUUUAAAUAUCUGCUUUAUUUCUAUGUAUAAUCUUAACAAAAGUAGUUACAUUACCAUGCCUGGUACUGAUUUUUACAUCUGACUUUUUGCUGUUACAUUUCAAGAAGGUUAAUAUUGCUUUUGUAACCCUGUCAUGAGUAAUGCAUUUUCCCAGUAAACAUGUCAUAAUGUUAAAGGCUGUUCAAGAAGCAGUGUUUCUGUUGAAACAGUUUUGUAUUUAUUUCUCUAUUGUUUAUUAUCCAUAAUAUAGUGUAAGGCUUUGAAAAGAACACGCAUAUUUAUGUAAUUAACACUUUUUGUUAUUAGGAAAGCCUUCCCAUUAAAAACUAAGAGAGUCUAAGAAAACUAUAUAAAUGGGCAACUUUUCAGGAAAAAUAUUUGCAUUCGAUUUUAAUUUGCCAUCAAGCUUAUAUGUUAAAAUGUAUACAUAAAGUGACUGAGGGAAGGGUACUUUCUGGUGUUUUUUUUCUUAUUUUUUAAUCUAAAAUAUAUGUUGAAAUUCAAAAGGUGUUCACCACAUGCAGUGUGGCAGCGUUCAAUAUUCUUUAACAGCUGUAUACUGUGUGGGUCUGUAUGAAGUUACAGGGGCUCACAAGCUUUAUAACGGACACAAACAUUCUUUUCUAUUUCAGUCUUAACUCCUAGAAGCAGGAGUAAGACUUGGAAAGAACCAAGCAGCCUCCUGCCCCACUGAGACCAGAGUACCUCUGCUAUUAUCUGCUGUGUAUAUUAGAGUUCCAUUAAGAUUUACUCAUGAAAAUCCCAUGCUAGAAAGAAAAAGUGAAACAUUACUGACUGAGGCUAUCUUAUAGAAAAGGAAAGCAGGGUUUACUCAAGGUUGUACACUGAGUGAGUGACAGUGUCAAUUUUAUCACCCAGUUUCUUGUCUCCUGGUCCCAGGCUUACUCUCCUAACCAGACACAGUCAUGGCUCUGUAUGUCCAGGCCUCCUAAACUAUAUUGCUAAAAGCUCACACCAAGAGAUUCACAGCCAUAUGUUUAAAAUCAGGAUGCUUCCUGAAGAUAUAGUAUCUAGGUGGUAAAUGGAAUUUUUUAACAUUAUAGACCAAAAUCAAGCCCUUUAUUUGGCAAUAUUAUUCAUUCUGGCUGCAUUGUUGUAGCUGUUAGGUAAAAGAUUGAUUCCUCUUACUUCUUAGUAAAGUAAUAUUUUGGAGGUUUCUUAAUGGUAUUUCUAAUUGUGGUAAAAAAAUAAAAUUUACUACCCUCACCAUUUUUAACGGUAUAGUUCAGUAAUGUUAACUUAAGUGGUAUUUUUUACAGUAGAAAAAUAAUUAGUACUUAAAUCCAAAAGAAAGAAAUUUUUUUUAAAAAACUGAAUUAAGAUGCUAAUUUUUCAAAACAUGUUUUAUGGAAUACCAUCCCUAUAAGCUAUGCCAGCUAAAAAAAAAAUAACACGGUCAAAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-468.9 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -507.72

Frequency: 0.0000

Diversity: 545.86

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

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Thermodynamic Ensemble Prediction

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