Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
SOX2-OT:97
Sequence Length
2276 nt
GC Content
0.3638
AGUGCAUUUGAAAACUCCCCUUGCACCAGGGCUGACUGUAGCUGGGGGAAGACAUUUUACUCAUUUGCUCUUUCCUUUCAUACAGUCAGCUGGUCCCUCUUCUCAGGUGUAGAUCACCUAUUAUAAUUUUACCUAAUUUUGAUACUCUGAUAAGGAAAGUCCCAGGACUUAUCAGCUGGGAUAGGCCUCACUUACAAGACAGCUCUGUUCAGUAUUUGGAAGAAAGCCUGACAGGUUUCUUCGGAAAAGUGGCCAUCCAUGGAAUGAAUGAAAUGUUCUCUUUCUAUUCCAGUAAUUUCUUGAUCCCCUUCCUAAGUAUUGUUCUGAGUUCCUGGGAGAAGUUCAGCUAUCCUAAUUCACAAAUCGUUCUUCAAAUGUAGAAAAUGAGAAGAGAUGGAAGCCAAGGAAGGGUGUGUGGAAUCAAGUAGCAGUUCUCAAAACAGCAUAUAUCAAGACCUCAGCACAUAUCAAGACCUCAGCACAUAUCAAGACAGUGGCACAAAAGCAUCGUAGUGUUGUCAUUCACCACUAUGCAGGAGGGAAAGCCAAUUUCAUUUCAGAAUGUCCUCAAUUAAUCUGUAGAAAUUAUUAAUUUUAUUAAAUCCCAACCCUUGAGACCAAGUCUUUGUAAUAUUCUGUUUUAUAAUAUAUGAAGUAUGCAUAAAGCACUUCUGUGUAUUGAACAAAGAACCACAAGUAAUCUCAUCACACUUUCAGUAGCAAUUGAGUUGCAUACCAAACCACUGGCACCUUUUCUUGUGAAAUACCAUUUUUAUUUGAAAGAAUAAUUGGCAAACAAACUAUGGUUAUUCAGACUUGCAUUUUUUUUAAUUUAAUUAAAAACAAAAUGAAUGUGUAAUCUUGAGAAAAAAAUGACAGCAUUAUUGACAGUAAUAAAUUUUAAGCUUUCAAAUAGAAAUUAGGAUUUUGGAAAACUUAUAUCCACCACUGUGAGUUUCAUAUCUUCCCAAUACUUAAGCACUUUUCUGAUGAGAUCGGUGUUAUUAUUAACAAACAUGAUUUUUAAAUAUUGUAUGCGAUAUGCAUUACUCAGCGAACCAAUAUUUUCUAAAUGACAAAUGCAUAAAAUUAUAAAAUUAUAAAUGGGUAAAAGAUUCAUCCAAGUACAAGACAUGCCAAUUAAUUUUAAUAUAAUAAACUUCAAAAAGUUCACUGACAAUAGUUUCAGAUUCUAUAUUGCAAAUAACCUUUAAGAAACUACCACUUGUCAAUCUUUGGUGCAGUAUCAAAGAAAAAUAUCCACAGGUAUCUGCAAAGGCUGUUAAAAUACUCCUCACUUUUCCAACUAUAUGUCUGUGUGAAGCCGGAUUUUCUAGAUAUACUUCAAUCAAAACAACAUUUCACACGAGAUUGAAUGCUGAAGCAAAUAUGAGAAUCCAGCUGUCUUCUAUUAAGCCAGACAUUAAAGAGAUUUGUACAUGUGUAAAAUGAUGACGCUCUUCUCACUCAAUGUUUAUGUUGUAAAAGCAUUAUUUUUCAUUUAAAAAUGUUAAUAUUUUAUGGCUUUAUGAUUAUUUUUAAUUAUUAAAUAUUACAGUUUUCUGUUUUAAUUUCUAAUAUGGUAAAUAACAAAAGCUUUUGAGAUCCUCAAUAAUUUUUUUUUUUUGAGACAAGCUCUCACGCUGUUACCCAGGCUGGAGUGCAGCAGUGCAAUCUUGGCUCACUGCAGCCUCAACCUCAUGUGCUCAAGUGAUCCUCCCACCUCAGCCUCCUCAGGAGCCAGGACCACAGGUGUGUGCCACCACACCCAGCUAAUUUUUGAAUUUUUUUUGUAGAGAUAGGGUUUUGCUCUGUUGUCCAGGCUGGUCUUGAACUCCUGGGCUCAAGAGGUCCACCUGCCUCAGUCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGACGUGAGCCACUUGGCCUGGCUCCAAGAUCCUCAAUAAUUUUAAGAGUAUAAAAGGGUCCUGAAAAAAAAUGUUUGAGAGCUGCUGAAAUAGAGUUUAUUUCUCAGAUAACUGAAACUUCAGAAUAAUCAUACAGGCCAUGAAAACACCCUCUAUAUUUGCCAGGCAUAUAACUAUAAUUUGACCUUUGGCUAAAAUACCUUGAUUCUCUCUUAGGAAAAAAUAAGAGUACAGGAGACACCCCCAAAAAUGCAUAGUACAAGAAAAAUGUUUUAUUUUUUUUAAUUACAAAAUGGGUCCAGGCAUGAUGGCUCACGCCUGUAAUCCAUGCACUUUGGGAGGCCGAGGCGAGCGGAUCACUUGGGGUCAGGAGUUUGAGACCAGCCUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-586.8 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -634.5
Frequency: 0.0000
Diversity: 574.0
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((((..((.((((((.(((((..((((((((((...(((((((((((...........)).)))))))))...))))))))))))))..(((((((((((((.....))))(((((.((((......)))).))))).(((..((((((..(((((((..........))))))).....)).))))..))).(((((.(..(((((((((((((.((((((...))))))....(((.(((..........(((((((((.((.......)).))).)))))).......)))..))).))))).))))))))..).)))))..(((((..(((...))).)))))............((((........))))..))))))))).(((...))).).))))).).))....)))))).))).........((((((.....((((((((.(((((((.((((((.....((((((.......((((((.......((((.((.(((........))).)).))))(((.((((.....((((((....((((.((........)).))))..)))))).(((((...))))).))))...))).(((((...)))))(((....((((......(((((((((((((..((.....))))))).)))))))).....))))..))).((((.((((.....((......))....))))))))........))))))......((((..((((((......))))))..))))((((((((((........)))..))))))).......(((((((((((((...)))))))..)))))).))))))..))))))........(((((((....((((.(((............))).))))..(((((((((((((((((((((((((((........)))))))))..........(((((..((((((......((((((((..((((((((((((.....(((((.......(((.(((((.....((((((((..(((..(((........)))....)))..))))))))....))))).))).....(((((.........)))))((((...((((.(((...................(((((....)))))...(((((((((((((...........................)))))))....)))))).(((((((((...)))))))))..........(((....)))....)))))))....))))...((..((((.......(((((((.((..(((.((((((((.........(((((((...................)))))))(((....))).....)))))))).)))............)))))))))....))))..))..)))))....))))))))))))..))))).))).)))))))))))....((((((.((........)).))))))..........((((((.((.(((((((((((((..((.((..((((....))))..)).))..)))).))).)))))))))))))))))))))))))....)))))))......(((((.....))))).)))))))...((((((.((((.(((((......))..))))))).)))))).......)))))))...(((.((((..(.(((.((....)).))).)..)))).))).((((((......))))))..............((((((.....)))))).))))))))...)))))).((((((((((((((((((((((.((((((.(((((.(.((((((.((((((((((((((..(((((((((.(((((((((....((((((.((((...................(((((((..(((((((((........((((((((((..(((.......)))....)))))))))).((((....))))..........))))..........))))).)))))))((((((((.............)).))..))))........((((.....((((((........))))))..)))).....................(((.((((((((((...))))))))))...)))....)))).))))))....))))))))).)))))))))..)))))))))))))).)))))).).))))).)))))).))))))))))))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,(((({{{((..{{.{{{{{|,|||{,.{((((((((((...(((((((((((...........)).)))))))))...)))))))))))|||{{(({{(((((((((.....))))|((((.{(((......)))}.)))),..,{{{{.{(({,(((({{{{{{|||{.,{({{{((((.((((.{{{{{{(..(({{....)))}..}},(((.(((((((((((...)))))))))).))}.,},))))}))).(((((((((.((.......)).))).)))))).......,.,{|......}}..,}},..,|{,{||}||||||||||,...,...|}},||||,,,|,........{(((,{......})},.,))))))))).{||...|||,|,|||||,|,||,,..}}}}||.||},|.,..,,,(((({(,{,,.((((((((,(({{{{{.{{{{{,.....((((({.....,.,,|||(|......||,,,(({(((.{{.....)),}))})))},{{.((((.....((((((....((((.((........)).))))..)))))).,,,{{...,,,},.})))...}}}}|||,....)))}|{||.,,,|,||||||,.{(((((({(((({.,((.....))))))).))))))))}},..}}}}..,,,,{{,..||{{....,{,...,||,|,.,,}}}))))).,,}....))))}}}}},,,||||}}|{{{{,..||||}|||||{{||||({{{{{{((,.....,..,,,,|}}|}}}},.,,,,,(((((((((((({...}))))))}.,}}})).})))))..}}}))},......,|{{{{{{,|{{{{{..,,|}},,....,,|,|||||}}}}|||||||||||||.,|{{{(((((((((........))))))))),......,,,.,,{{{,({((((,.....((((((((..((((((((((((.....(((((.......,{{.{(({{.....((((((((..(((..(((........)))....)))..))))))))...,||||,.,,},}},.(((((......,,.))))},(((...((((.(((.,,,,....,,........(((((....)))))...(((((((((((((........,,,,....}}}........)))))))....)))))).(((((((((...}))))))))...,,,,,..,,|}}},}}}....)))))))....}}},...,,..,,{,.......(((((((.((,,(((.((((((((....,...(((((.,({...,,..,((((....))))))),.}}.)))))....,,.)))))))).))).,,.........)))))))))...,)})}..}},.)))))....))))))))))))..))))).))),}}}}}}|||||,.,{{||||{,{{{,......}},)))),,...,|||||,|||{{{,((,((({{,.}}|||||,{|,{{..((((....))))..))})},,))}},,,,.}}}}}})}}))))).,|||||..||{{{.{{.......,,.}}))|{...|,}}}},.)))))},...((((((.((((.(((,{......},..))))))).)))))).......}}))))).,,||{.{{{{..,.{{{.{{.,,,)},)))}),,)))),})}.((((((......))))))},,},.,,,,|||,{...,,,,,.,}))))}})))}}}}).,,)))}}}.((((((((((((((((((((((.((((((.(((((.(.((((((.((((((((((((((..(((((((((.(((((((((....((((((.((((.{{,.,{,....,,,{,..||{{{{,..{((((((((........((((((((((..(((.......)))....)))))))))).((((....))))..........}}}}..........)}))).}}}}}|}((((((((.,,.......,,.)).)),.,))).,,,,,..,|||,....((((((........))))))..,,||.,.....,,,...........(({.((((((((({...})))))))))...))}....)))).))))))..,.))))))))).)))))))))..)))))))))))))).)))))).).))))).)))))).))))))))))))))))))))))
Back