Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
STX18-AS1:10
Sequence Length
655 nt
GC Content
0.5679
CCGGCCUCAGCCGGCGCACCUGGCGGAGGAGGAACCUCGCGACGCGCUCUCGGGCAUCGGUUUCUCCCAGCAAAGCUUGGAGGGUUUAGCUGCGCGGAGAGCUCAGCGAGCUCUUCUGUGUCUGUUUGGGGCGUGUGGGCUCCGGGAGCGUGAGGACCGGGAAGCUAGGAGGCUCCUUCCCUUCUGGCGGCUCCCUCACUGAGACCGGGCGGUUUGGUUGCGGGGGAAGUGGAGACGAGCCACCCUUGACCUUUGACUGCAAGAACUCACCUUGAGCAGGAUAGAGGCACGUGGACGGUGACCCUCGGGAUGCAAUAAAUGCUGAGACAGAUCAGGUGUGCAAGGCACAGAGCUAGAGGCCAGAGGCCUUUCUUCUCCAACCUUCAGUCACCUCUUUUUAAAGUGAAGCCAGCAUCCUCCUCGGGGUUUACUGUGAAAAUUAAGUGAGCUGACGCGUGCUGUGUUUUGAUGUUGCUUGGCUCCUACAAACAUUGAGUGGGCCAGACACUGUUCUGAAAAAUACGCAGUCGACUUUUGAACAGCACAGGCUUGAACUGCAUGCGGCCACUAAUACUCGGACUUCCUUCUGCCUCUGCCAUCCCUAAGACAGCAAGACCCACCCCUCCUGCUCCUCAGCCUACUCGAUGUGAUGAUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-239.3 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -251.6
Frequency: 0.0000
Diversity: 140.86
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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