Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
STX18-AS1:15
Sequence Length
1029 nt
GC Content
0.5170
CCGGCCUCAGCCGGCGCACCUGGCGGAGGAGGAACCUCGCGACGCGCUCUCGGGCAUCGGUUUCUCCCAGCAAAGCUUGGAGGGUUUAGCUGCGCGGAGAGCUCAGCGAGCUCUUCUGUGUCUGUUUGGGGCGUGUGGGCUCCGGGAGCGUGAGGACCGGGAAGCUAGGAGGCUCCUUCCCUUCUGGCGGCUCCCUCACUGAGACCGGGCGGUUUGGUUGCGGGGGAAGUGGAGACGAGCCACCCUUGACCUUUGACUGCAAGAACUCACCUUGAGCAGGAUAGAGGCACGUGGACGGUGACCCUCGGGAUGCAAUAAAUGCUGAGACAGAUCAGGUGUGCAAGGCACAGAGCUAGAGGCCAGAGGCCUUUCUUCUCCAACCUUCAGUCACCUCUUUUUAAAGUGAAGCCAGCAUCCUCCUCGGGGUUUACUGUGAAAAUUAAGUGAGCUGACGCGUGCUGUGUUUUGAUGUUGCUUGGCUCCUACAAACAUUGAGUGGGCCAGACACUGUUCUGAAAAAUACGCAGUCGACUUUUGAACAGCACAGGCUUGAACUGCAUGCGGCCACUAAUACUCGGACUUCCUUCUGCCUCUGCCAUCCCUAAGACAGCAAGACCCACCCCUCCUGCUCCUCAGCCUACUCGAUGUGAUGAUGAAGUCCUUUUCACCUCCCGCCAUGAUUCUGAGGCCUCCCCAGCCAUGUGGAACUGUAAGUCCAAUUAAACCUCUUUUUCUUCCCAGUCUUGGGUAUGUCUUUAUCAACAGCAUGAAAACAGACUAAUACAGUAAAUUGGGAUCAGUAGAGUGGGGCAUUGCUGAAAAGAUACCCGAAAAUUUGGAAGUGACUUUGGAACUGGGUAACAGGCAGAGAUUGGAACAGUUUGAAGGGCUCAGAAGAAGACAGGAAAAUUUGGGUAAGUUUGGAACUCCCUAGAGAUUUGUUGAAUGGCUUUGCCCAAAAUGCUGAUAGUGAUAUGGACAAUAAAAUCCAGGCUGAGGUGGUCUCAGACAGAGAUGAGAAACUUAUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-342.1 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -363.26
Frequency: 0.0000
Diversity: 285.12
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(.(((((((((.((((.((.(((((((((((((((....((.((.(....).)).)))))))))))((((.((((((...)))))).))))((((((((((((...)))))).)))))))))))).)).))))(((((((..(((((((.((((...(((..(((((((((.......))))))))).((((.(((...)))...))))((..((((.(.((.(((((.((((.((((((((...((.((((((.(((((((.......)))..))))..)))))))).))))(((((((.(((((((((((........((((......)))).(((((...)))))(((..(((((((...)))))))...)))....(((((.(.............).)))))...))))))....))))).)))))))........((((.((...(((((((...((((.......((((((((....((((..((((.((.(.((((......)))).......).)).))))..))))...))).)))))..)))).)))))))))))))....))))..))))))))).)).).))))..)).............)))...)))).))))))).)))))))....((.(((......((((...((((...((....(..(((((((.(((..(((......)))((((((...(((((((...(((........(((((((.....((((((((((.(((......))).)).))))..)))).....)))))))(((((((.((...)).))))))).....((((((....(((.((((...)))).))).))))))..)))....)))))))))))))...))).)))))))..)....))....((((((((((((...(((.............)))....))).))))))))).........))))...))))......)))))))))))))).)(((((........))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(,(({{{{|||,|{{{.{{{(((((((((((({{({{,{{{.((,(,{,{|.||,,|}|}||||||,(((.,,|||.}}}))),},.)}))|{|{((((((({...))))))))))))}}})))}.))})))}(((((((..(((((((.((((...(((..(((((((((.......))))))))).((((.{((...}})...))}}((..((((.(.((.(((((.((((.((((((((...((.((((((.((((,{(.......,))..))))..)))))))).))))(((((((((((,(((((((......,(((,,,,.{({..{(((({{.((((...,(((..(((((((...)))))))...))}...)))),,..))))),,}}},..)))}......)))))),...,)))),)))))))....,,{.((((.((...(((((((.((,{{{.,.{({{(,(((((((((.(({...})))).))))))).,}{((({{.,,{,....,|,,,,|}..}}},)}})))}))),,...,.)).))))))))))))),,,.))))..))))))))).)).).))))..)).............)))...)))).))))))).))))))).,,..{,{{,...,..{{|{.,.||||.||||},},,..{((((((,(({{{,((,,,...|||({{(((..,(((((({...{{(({{{{,,,(((((((.{,,.((({(((({{.(((......))).,}.))))..}))).....))))))){((((({.{{...)}.}}))))}.....{{((((....{((.{{((...}))}.}}},|)))}}.||}},,,.}}))))}})))))}.,))).)))))))..},.{{|,|...((((((((((((..,({({,....}},.,,,}}}....)))}})))))))).,.}}}...})}}..,))))......,)))))))))}))}})|||||,,....,,||||}..,,,,...
Back