Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
THUMPD3-AS1:14
Sequence Length
793 nt
GC Content
0.4262
GCUAGGUGUGGAAACAGGAAGAGAACUAGAACUGGAAGUAAAGCAUUGAAGAUGUGACUGAAUUGCUGCAAUCUCAUGAUCAAAUUUGAAUGGAUGAGGAGUUGCUUUUUAGGGAUGAGCAAAGAAAGUGGUUUCUCGAGAUGGAAUCUACUGGUGAAGUUGCUGUGAACAUUGUUAAAAUGCCAAUAAAGGAUUUAGGAAUUACAGAAACCUGGUUGAUAAAGCAGUGCCAGGGUGUGAGAGAGUUGACUUCAAUUUUGAAAUAAGUUCCACUGGCUGGGUGUGGUGGCUCACACCUGCAAUCCCAGUACUUUAGGAGGCCGAGACUGGUAGAUCAUUUGAGGUCAGGAGUUCAAGACCAGCCUUGCCAACAUGGUGAAACCCCACCUCUACCAAAUUAGCCAGGUUGCUCCUUGAGGGCAGGACAGUUCUUAUGGCUUUAUCCGUUGCGUAAGCACAGAGAGGUCUGCGAGGUCAAAACUAUUGUCAUGAUAGCAAGAUGCCUGUCUUUUUCAUUUAUUCUCACGGUGUGCAGAGGCUACAUGAUGUGUGAUGACAUCCUCAUUGAUGUUAAUGAAUGGUGCUAUACUUGAAUUUUCUAAGGUGUCAUUAGGUAGGUUUAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGCAUAACUGGGACUACAGGGAAGCACCAUUUUCCACAAAACUCUCAAGAAGGACUUGUUGCAACUGGAAAAGCAAUUAAAUGUGAAUCGUGAUCCAGGAGAAAGUAACAACUCACAUAACUCCCAAAUUAAAAGUUUUCCAAAGAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-205.6 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -223.65
Frequency: 0.0000
Diversity: 237.61
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((....)))((((((..........(((.(((..((((.(..((......))..).))))...(((.(((..(((....)))))))))(((..((((((((((........((((...((((..(((((.(((((((((.....(((((......((((((...((.(((((...((......)).))))).))))))))...((((((............)))))).(((...(((((((....)))))))...)))..((((.(((((.((((((((....))))))))))..(((((((....((((((((..................(((((.((((((.((((((.((((((.((.((..(((((............)))))..)).)).)))))).).)))))(((((((.((..(((...((((((.((.((.((....)))).))))))))(((...((((..((....))..)))).)))))))))))))))...((((((((((.((((((((((....)).))))..)))).))(((((((......)))))))))))))))(((((.(((((.....(((((.......)))))))))).)))))...)))))))))))))))))))....)))))))...))))))).)))))..)))))......)))).))))).)))).))))..(((((...((.(((.......))).))..))))).))))))))))..))).....))).))).........)))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
......,,{....}},{{{{((,,,{{.,...(((.(((..{(((,{..{{,,,,..}|,.|.}}}},{,,{((({{..(({....}}}.,,,}||||,,{(((((((((.{{,,,.,((({...,(((,,{((((.{{{{{||||.,,,,|{{{{..,||.(((((,..{((.(({{{,,.((......)).})))).)})}})}}...{((((({,......}},.||}}||{(((,,,(((((((....)))))))...|||,,{{||.|||||,((({(((({,.,|}}}}||||...(((((((....((((((((......,,.....,}...(((((.((((((.((((({.((((((.((.{{..(((((,.........},,))))..}}.)).)))))).},}))))(((((((.((,,({({,,((({{{.,{.{,{((....))}|,||,}}}))||{...{{{{..{{....)),.)))},))},},)))))))))...,(((((((((.((((((((((....)).))))..}))).)){((((((......))))))))))))))}(((((.(((((.....(((((.......)))))))))).)))))...)))))))))))))))))))....))))))).,.))))},,,))))),.}))))......)))).))}}),)))),))})..||{{|..,||}|||...,,,.},}.}).,)))}}.,}},,)))))..})))}}}.))).)))..,,...,,)))))).......
Back