Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
THUMPD3-AS1:21
Sequence Length
3253 nt
GC Content
0.4371
GCGGGCUGCCGGCCGAGACUUCUGGAUGGCGGCGGCCGCGGCUCCGCCCCGGGUUCCCACCGCCUGAAGGGCGAGACAAGCCCGACCUGCUACAGGCACUCGUGGGGGUGGGGGAGGAGCGGGGGUCGGUCCGGCUGGUUUGUGGGUGGGAGGCGCUUGUUCUCCAAAAACCGGCGCGAGCUGCAAUCCUGAGGGAGCUGCGGUGGAGGAGGUGGAGAGAAGGCCGCACCCUUCUGGGCAGGGGGAGGGGAGUGCCGCAAUACCUUUAUGGGAGUUCUCUGCUGCCUCCCGUCUUGUAAGGACCGCCCUGGGCCUGGAAGAAGCCCUCCCUCCUUUCCUCCUCGCGUGAUCUCGUCAUCGCCUCCAUGUCGAGUCGCUUCUCGAUUAUGGGCGGGAUUCUUUUGCCUAGGCUUAAGGGGCUAACUUGGUCCCUGGGCGUUGCCCUGCAGGGGAGUGAGCAGCUGUAAGAUUUGAGGGGCGACUCCGAUUAGUUUAUCUUCCCACGGACUAGAGUUGGUGUCGAGGUUAUUGUAAUAAGGGUGGGGUAGGGAAAUGGAGCUUAGUCAUUCACCUGGGGCUGAUUUUAUGCAACGAGACUGCGGAUUAUCACUACUUAUCAUUUUUGGAGCAUUUUUCUAGAGACAGACAUAAAGCAUGAUCACCUGAGUUUUAUACCAUUUGAGACCCUUGCUGCACCACCAAAGUGUAGCAUCAGGUUAAAUCUUAAUAGAAAAAUUUUAGCUUUUGCUUGAGAAACCAGUGCUUCCCUCCCUCACCCUCUCUCCCCAGGCUCUCUACCCCUUUGCAUCCCUACCAGGCAUCUUAGCAACUCUCACUCAUACUUGAUCCCAUUUUCCAUUUGUUGUACUUGCUCCUCUAGUAUUCAGACAUAGCACUAGCUUUCUCCCUCUCUUGAUCUUGGGUAGCCUGGUGUCUCGCGAAACCAGACAGAUUGGUUCCACCACAAAUUAAGGCUUGAGCUGGGGCUUGACUCUUACCCAGCAGUGCUUUUAUUCCUCCCUAGUUCACGUUCUUAAAUGUUUAUCUUGAUUUUCAUUUUAUCCUUUUUCCUUAGCUGGGAUUCUGUCCCUGACCGUCUUCACAGUCCAGGUGAUCUUGACUACUGCUUUACAGAGAAUUGGAUCUGAGGUUAGGCAACAUCUCCCUUUUUCUUCCUCUAAAUACCUCUCAUUUCUGUUCUUACCAGUUAGUAACUGAUCUCAGAUGCCUGUGUGAUAGCUUCCAAAUUGCUGUCUCUGUCUUUAGUGUUAUCUUUUGAUCCAUCUUACAUCUUGUUAGGAUGAUUGUCCUAAAGGAAGAUAGAGCAUGAAAAUGACAGGUGAAACUCCAUUACUGGCUUGUACUGUUUACAGCAAGUUGUCUAACCCGCGGGCCGCAUGGGACCCAGGACAGCUUUGAAUGCGACCCAACACAAAUUCGUAAACUUUCUUAAAGUUUUAGGAGUUUUUUUUGCGGGGUGUUUUUUUUGUUGUUGUUGUCUGUUUUUUUUUUUUGCUCAUCAGCUGUCCUUUAUAUGUGGCCCAAGACAGUUCUUGCAGUGUGGCCCAGGGAAGCCGAAAGAUUGGACACCCCUGGUUUACAGGAUGAAUUCUGUUCUCGUGAAUGUGAUGCAUAAGGUCCCUGGAUAGACUUUCCUCAAUUUAACAGCUUUUUCAUUUUUCACUAUUUUCCACAUACUACACACACAAAUAUGACCUCUCUCCUGAAGUCACAUGGAAUGAAUUGCAGUUACCCAAAUCAUAGAGACGUCAUAUAUCUUUGUGGGGUGGUUCUUUUUGGAAUGCUACCCUUGCUGCUUUUAAUCCUGCAGAUUCAAAUGUCAUCUCCCCUUUGGUCAUGCCUUCCAUGGUCUGUUGUUCUAUGACCCAAACUGCCCUUUUAAAAAAGCAGUUUUCUUCUGACUCCUGAGCAGUUUGUACUGCGUGGGUCAUAGUAAUUCUGGGGUUGUUGUCAUUGCUGAUUUAAAUUACCUUAACUAUUCUGAGCUUUUUGAAGGAAUAGUGUCUUGUACUCCUGAGCUCCUAGUAUACUCUGAUGUCUAGCCAACUUUAAGUAAAUGGAGUGAGCGACAUGUAAAUGUCUUUAUGGUUUGACAUUUUAUUAAUCUUGAGCAUUGGAAAAGUGGCUGGUAUGACUAAAGAACUGAAUUUUUAUUUUUUAUCUAAUUUGAAUUGCAACUGUGGACAGUAUAGCUGUAGCCCCGGACUUGUUCUGUGGAUUACAGAAUACGUGGACAUUGAUGGUUUUCUCUUUUUACUGAGCAGUAAGGAAAUAAAAGCUGAAGCUCUCUGGCCCAUUACAUUUCAUUUAACUGCUUGUUUUGUUUUAUUUAUUAUAUAUUUAGCUGAAAGCUAAGUCCAACAAACCAUUUUUAAAGAUGUGCCUGCCUUGGACAACAGUGAAAGCAAGCGUUAAUGAGUUUGGAUUUCAAAAAAAAAUGCAUAAUGAAUUUUAGGGAGGUGAGAUUCCAUUAAACUGUUACAGGAGCUACAUAGUUAAAUAUAUCAGAACUUGAAUGAAGAAUAGGUCUGUGUGAUACAAAUGAACCCAGCCUAAAUUUCUGUCCUACAAGUUUUCACUUCCUGGAAACACUUGAUUGGAGGAGCUCUAAGCAUCAUAUCUUGAGUUAUAGAAAACAAUCACAAAGUUGCUCCUUGAGGGCAGGACAGUUCUUAUGGCUUUAUCCGUUGCGUAAGCACAGAGAGGUCUGCGAGGUCAAAACUAUUGUCAUGAUAGCAAGAUGCCUGUCUUUUUCAUUUAUUCUCACGGUGUGCAGAGGCUACAUGAUGUGUGAUGACAUCCUCAUUGAUGUUAAUGAAUGGUGCUAUACUUGAAUUUUCUAAGGUGUCAUUAGAUCACUCCUUUAUUGUACAGAUCAGGAAAAAGGAUUUAGUACUGCUAUGCUCAAAUGAACACUGGGCCCAUGUGUCAGGGCCAAGCAACUAGAACAUGAUUCAGAAAUCAGUCAGAGAGAGACACACUUGGACAAGACCAAGAGGCAUUUCAUUGUCACGAAACAAGGUGGGGGAGGGAUUCCAAAACACACAGCAGGAAGUACUUCUAACCCUCAGAGGUCAAGGAGCUUAUUCCAUGUUGGUAUGAGGAAUGGCUUAUUUUCUGAUGACCACAUGUGGGACUAUUUCAACUGCCACGAGAAAUCCCAGAAGGAUUAUUGUUUUGUAUUAUUUAUAUAUACUAUACCUUUUUAAAAAAAUAAAAUAAAUGUAACACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-962.5 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1028.59
Frequency: 0.0000
Diversity: 929.69
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((..((((((((.(((..(((.....)))(((((.(.(((((.((((.(..((((((.(((((..((((.......)))).........)))))....)))))).).)))).))))).).)))))))))))))))).(((((((((((((((((.(((.......))).)))))..((((..(((((((((((((.(.((((((((.((.(((((((.((.....(((....)))..(((((((((((((((..............(((((...........)))))(((((...))))).((((((((....((..(((((((((((((((.(((....(((((((((((.(((((.(((...(((((((((((((((((((((((((...((((((((((.........((((((((...))))))))((((...)))).))))))))))..))..))))))...)))))))))))))).(((......)))........)))..))).))))).)))))))).))).....))).)))).)))))...)).))))..)).....))))))))((((....((((.......))))....))))..........(((((.(((((((((((((((((..(((((.....))).))((((((((((((.......))))))...((((((((.......))))))))))))))....))))..))))))))..........))))).)))))...))))))))))))))).)).)))))))))...).))))))).)...)).)))))..)))).))..))))..))))))))))))......)))......(((((((((((((.........)))))..(((...(((....))).)))..(((.((((((((((((((((((..(((...(.(.((((((.....)))))).).).))).....)))))...((((((............))))))(((((((((((((((((((.....(((((....))))).(((((((..((((......(((((((((((.....(((((...))))).....((((..(((((..(((((((((((((....(((((..((((((((.((..((.(((((((((((.......................(((((.(((((((((((((.(((((...(((.(((....))).)))))).))((((((.........))))))(((.(((((((....(((....))).(((((((........)))))))......))))))).))).)))))).).)))))).)))))..............(((.(((.....))))))..))))))))))))).((((((((((......(((((((((.(((..(((((.(((((((((((((((((..(((((((....))))))).....))))))))........)))).)))))..)))..............)))))..)))))))))...))))))))))(((((((.((((((..(((((.((((((..(((((....)))).)..)))))).)))))(((((((((((((.((((.((.((((((((.((((.((((((((((((........((((((...(((..(((((((.((((....(((((...(((((...((((((((((((.(((((((((......)).)))((((.(((........))).)))).)))).)))))))....)))))..)))))......)))))......(((((((((((.......(((((.(((((((..........(((((((((((((..((((..((((.((((((((((((((((((((............))))))....((........))(((((....))))).))))))))).......((((((.(((((((....))))...))).))))))..((((..((((((.....((((.((........)).))))))))))..))))......((((((.(((((((((((......))))))....(((((....)))))....))))).))))))...........))))).))))...))))..)))))))))))))....((((....))))........))))))))))))...(((..((((((..((((((.((((((.....)))).)).)))))).)))).))..))).((......))..........))))))))))).......(((....)))....((((.(((...((((((((((......((((((...........(((((((((((((..((((..((((((((..((((((....))))).)..))..))))))((((((((((.(((((........)))))..)))).............((((((((((((......))))))).))))).)))))).....))))...)))))))))))))))))))))))))))))))).))))...))))...)))))))...))).)))))))))))))..(((((((((........)))).)))))...)).))).)).)).)))))))))).))))..))))))..((((......))))..((.(((((((......))))))).)).)))))))..(((....)))((((....))))....((((..((....))..)))).))))))...)))))))..((((((((((.((((((((((....)).))))..)))).))(((((((......)))))))))))))))........)).)))))))))))))))))..))))))..)))..)))))..)))).)))))))))))((((((..((((..((((...(((.(((((....)).))))))))))..))))))))))...(((((....)))))(((.......)))...(((((......))))).((((......))))..)))))))))))))))))))))................)))))))))....))))...)))))))))))).......(((((.(((((.(((((........))))).)).))))))))(((((...((((.........))))..)))))(((((..(((.((..(((((.....))))).)).))))))))............)))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((((((((({,(({,,.,.,||||.|}}}}}}||||,|.(((((.((((.(.{((((((.(((((..((((,......))))..,,,....)))))....)))))),}.)))).))))).|,||||{({((.{{{{{{.(((((((((((((((((.(((.......))).)))))..((((..(((((((((((((.{.((((((((.((.(((((((.((.....(((....)))..(((((((((((((((((((..........(((((,........}.)))))((((((({{({,{.((((((((....((..(((((((((((((({,(((....(((((((((((.(((((.(((...(((((((((((((((((,{.((((((({(...|}))))))}.((({.{(((((({...})))))))}))){{{|{{{{,|,,})}}},,.))})),.,.....)))))))))))))).|||,{{{,,.,,.......})))},))).))))).))))))))},))....}))).)))).)))))...)).))))..)).....)))))))).}.}))}.,.,.}}))))))))){{{{{{.........,,.(((((((((.....|})))))}}..|,.,,...,.)))}))((((((((((((.......))))))...((((((((.......))))))))))))))....{{{,...}}},,..,,,,{{{...,)))}}))).....))))))))))))))).}),)))))))))...},))))))).,...)).)))))..)))).))..))))..))))))))))))...||{|||.{{{{{((({((((,{{,{{{{{,.,,{{{{.{{{{{{{{{((({...|||...||{,{,{(((((((({{{((((((((({((({{{,{,{{(({|.....,})))},},,....,,,.{((((....((((((............)))))).,.)))}}.|||{(((((({{,,{{{{({....,}|||,{,{,{(({..{{{,....,{{{{{{{((({...{.(((((...))))).|,..((((..{{,(({{(((,(((((((,{...{(({(({,{(((((({{({,.,(.(((((((((((.......................{((((.(((((((((((((.,,(((,..{{|,|||....|||.}}}))).},((((((.........)))))){((.{((({{(.,..,{{....|||.{(((((({,...|},|))))))...}}}))))))),))),)))))).)})))))).))))}.....,{,....,}|{,,(({.,,..}})))}..)))))))))))},.((((((((((.,,...(((((((((.(((..(((((,({{(({(((((({((((,,(({{{||,,..)))}))),,...,}))}})),,......}}}),,)}}}..}}}.,............}})))..))))))))),,.)))))))))),{{{|||,|||||{..{((((.((((((..(((((....)))).)..)))))).))))}{{{{|.,||||||,|||{.||,|||||{||,||||}|||}||||}|||,..,,..........((((((({..,,,..........{((((...{{{{(.{.((((((((((((.((((((({{......}}.))}((((.(((........))).))))})))).))))))}...,)))))|{|||||,,,...})))}.,,,,,||(((((((({.......(((({{(((((((..........(((((((((((((..((((..{{{,.{(((((((((((((((((((..,,.....,..)))))),...,,.,......},(((((....))))).}))))))))}......((((((.{((((((....))))...))}.)))))){((((({{,,,(,,.....,|||}||}}......,,.|||,}}||||..||,.......((((((.(((((((((((......))))))..,.(((((....)))))....))))).))))))........,,.))))}.,)))...))))..)))))))))))))....{{{,....,,,,........)))))))))))).,{({(,,(((({{.,|||{{{,{{{{{(..,,,||||,}}.}))))),)))},)),,}}}.||.||,..,,.....,,,..))))))))))),,,.}))))))).,{({,.,,|}}.,,......{((({{{(((.(((((((((.,................((((((...))))))((((((((..((((({....})))).)..))..))))))...,...))))))))))))))))))..|}}|..|}},....,,,,.,,,,|})}}|,|}})))))})))))),}}|,,,,,{{{{,.,,|,||||..,}}))}...,,{,,{{(({,,(({{{(((((((((({((({((..{,,.{{{{.,,.,||||}}...,,||{||{{.{{{((((((,.....}))))),}}))}.,{,|{|||{||{||,||,|||,,,,.))))},,)))),..,..,,.....,||||}|}}}.})}}}))||||},..||..||||,,...}}}|,,,,,.)))||||...{||||{.,,|{{{..{{...,))..}}}}.)))))),,})))),})}}}|||||||||}{{{||||||{..,}))})),}{,|||}.||{{|((|{.,{{{{|||,,}}))}))})|{{,..,,.,,,|,,,,}}||}))))))}}})))}}},,},,..}},)).,))))})))),}}}))),.,|||..||||}}|,||...}))},}||}{((((..,...,,))))}.))))),)),}}}.(((((....)))))||{,,.|,,,)})...(((((......))))).((((......))))....,,,,}})))))))))))))|.,.....,,.{{{{{|||{..{{{{({.||{|...,,))),,))))).,..}|||,|||||||{{.(({{{........))))).))))))).,,))})))},...,,..))})}}}|}},{{|||.,,,,)|}}}.{{{{,,((({{..,.,|,},}.,,.,,,,,,,,,,,.....,}},}}}},..,.......
Back