Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

THUMPD3-AS1:31

Sequence Length

459 nt

GC Content

0.4052

UCAAGGAAGCCUUGAUACCCUCACCCUUACUACACUGUAUCCUCCAUUUGAAUGUUGUCAAGAGCUCUUCUCACAAUUGUAAAUAAUAAUUGUGUAAUUUUGUUUUUUUUUUCCUACUUUAGGUUGCUCCUUGAGGGCAGGACAGUUCUUAUGGCUUUAUCCGUUGCGUAAGCACAGAGAGGUCUGCGAGGUCAAAACUAUUGUCAUGAUAGCAAGAUGCCUGUCUUUUUCAUUUAUUCUCACGGUGUGCAGAGGCUACAUGAUGUGUGAUGACAUCCUCAUUGAUGUUAAUGAAUGGUGCUAUACUUGAAUUUUCUAAGGUGUCAUUAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGCAUAACUGGGACUACAGGGAAGCACCAUUUUCCACAAAACUCUCAAGAAGGACUUGUUGCAACUGGAAAAGCAAUUAAAUGUGAAUCGUGAUCCAGGAGAAAGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-106.6 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -117.73

Frequency: 0.0000

Diversity: 142.4

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((...))))))..........(((.((.(.(((.(((((((((((((.((((...((((((......(((((((((.....))))))))).......))))))..............(((.((((((((((((((((.((..(((...((((((.((.((.((....)))).))))))))(((...((((..((....))..)))).))))))))))))))))..........(((((.(..(((((((((((....(((((......))))).(((((.((....)).)))))((((((((((..........))))))....)))).............))))).))))))..))))))...))))).))))))..((((((.........((((.....)))).......)))))))))).))))))).))...).))).)))))).)))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((...))))))..........{{{.({.{.(((.{(({(((((((((.((({...{(((((......(((((((((.....))))))))).......)))))}..,,,{{.....,,(({{(((((((((((({{(({(({{{,{{.{(((({{.,{.{,(((....))}|{||.|||))||{,..|{||..{{.,..)),.)))},}}},},})))))))),..........(((((.(.{(((((((((((.{{.((,{({{{{((((({(.{((((,{{..,,))})}}||{{..,|||{,,,.....,..}))))))))))}))..}}...}}....)))))}}))))),.))))))...}}}|||||}},,..|||||{.....,|}}||||..,},})))..,....}))))))))).))))))).))...).))}.))))}).,))..