Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
THUMPD3-AS1:42
Sequence Length
2058 nt
GC Content
0.4028
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Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-583.9 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -624.74
Frequency: 0.0000
Diversity: 451.15
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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