Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
THUMPD3-AS1:62
Sequence Length
4831 nt
GC Content
0.4067
GUAGAGAUGCUGGGUGUGCGGGCGCGGCCGGCCUCCUGCGGCGGGAGGGGAGGGUCAGUGAAAUCGGCUCUGGCGCGGGCGUCCUCCCACCCUCCCCUUCCUUCGGGGGAGUCGGUUUACCCGCCGCCUGCUUGUCUUCGACACCUGAUUGGCUGUCGAAGCUGUGGGACCGGGCCCUUGCUACUGGCUCGAGUCUCACAUGAGCGAAACCACUGCGCGGGGCGCGGGGGUGGCGGGGAGGCGGGCGUUGGUACGGUCCUCCCCGAGGCCGAGCGCCGCAGUGUCUGGCCCCGCGCCCCUGCGCAACGUGGCAGGAAGCGCGCGCUGGAGGCGGGGGCGGGCUGCCGGCCGAGACUUCUGGAUGGCGGCGGCCGCGGCUCCGCCCCGGGUUCCCACCGCCUGAAGGGCGAGACAAGCCCGACCUGCUACAGGUGUGGAAACAGGAAGAGAACUAGAACUGGAAGUAAAGCAUUGAAGAUGUGACUGAAUUGCUGCAAUCUCAUGAUCAAAUUUGAAUGGAUGAGGAGUUGCUUUUUAGGGAUGAGCAAAGAAAGUGGUUUCUCGAGAUGGAAUCUACUGGUGAAGUUGCUGUGAACAUUGUUAAAAUGCCAAUAAAGGAUUUAGGAAUUACAGAAACCUGGUUGAUAAAGCAGUGCCAGGGUGUGAGAGAGUUGACUUCAAUUUUGAAAUAAGUUCCACUGGCUGGGUGUGGUGGCUCACACCUGCAAUCCCAGUACUUUAGGAGGCCGAGACUGGUAGAUCAUUUGAGGUCAGGAGUUCAAGACCAGCCUUGCCAACAUGGUGAAACCCCACCUCUACCAAAUUAGCCAGGUGUGGUGCACACCUGUAGUCCCAGCUACUUGGGAAGCUGAGGCAGGAGAAUCUCUUGAACCAGGGAGGAGGAGGUUGCAGUAAGCCGAGAUGGCGCCCCUGCACUCCAGCCUGGGUGACAGAGUGAGACCUUGCGUUUAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAAGGAAAAAAAAGUUCUACUGUGGGUAAAAUGCUAUCAUGCUAUCAAACAGCAUCACAUGCUACAGAGAAGUCUUGUGAAAGGAUGUCAGUGUGGCAAACUUCAUUGUCUUUUAAGAAAUUGCCACAGCUAUCGUAAUCUUCAACCACCACCACCCUGAUGAGUCAGUAGCCAUCGUUAACGUUGGCGUAAGACCCUCCACCAGCAAAAAGAUUGUUAGCAUUUUUUUAGCAGUGAUGUAUUUAUCAAUUAUACAUAAUGCUAUUGUACACUUCUUAAUAGACUAUGGUAUAGUGUAACCAUAAUUUAUGCACUGGGAAACCAACAAAUUCAUGAGAUUCGCUUUAUUGUAGUGCUCUGGAAUUGAGCCUGCCGUGUUUCUGAGGUAUACCUGUGUAUUUAGUAUGUUCCUUGUAUAUAAAACCCCAUUUUAUAGGGUAGGAAACUAAGGCUUAGAGUUUGAGCAAUUUUCCCAUAGAUAACACCAAUAAAUUGAGGGCUGCAGAGACCACUUAAGUGGUUCUCUUAACAGUAGUCUAGACAUGACGUAAUGAGAUUUGGCUUAGGAGUGACAAUGGUAAGGAAGUUAAAGGAUUCAGGAACCAAAUACCAGUUAUUGAGAAGAAAGAAUGGCCUCAAAACAUCACUUCUCAAGGAAGCCUUGAUACCCUCACCCUUACUACACUGUAUCCUCCAUUUGAAUGUUGUCAAGAGCUCUUCUCACAAUUGUAAAUAAUAAUUGUGUAAUUUUGUUUUUUUUUUCCUACUUUAGGUUGCUCCUUGAGGGCAGGACAGUUCUUAUGGCUUUAUCCGUUGCGUAAGCACAGAGAGGUCUGCGAGGUCAAAACUAUUGUCAUGAUAGCAAGAUGCCUGUCUUUUUCAUUUAUUCUCACGGUGUGCAGAGGCUACAUGAUGUGUGAUGACAUCCUCAUUGAUGUUAAUGAAUGGUGCUAUACUUGAAUUUUCUAAGGUGUCAUUAGGUAGGUUUAGGUAUGCAUACUUGUUUUUAGAAAUUAUUUUUUUCCUUUUUCCCAUUUUUAGAAAUCAACUCAUUUUUUAGGUUAUGCCUUCAGUAAUCUUUGCAACCUCAAUAUUGUGUAAUGGUUACUUUAAAAUACUGUAGUUUUCUUUGUGCCUAAGUAUAAACAUAAGUACAUUUUGUUGUUUUGUUUGCAAUAGUGGUUUAAAUAUUUUCCCAAAAUAUCCAAAUUUAAAAAUUCUACAACUUUAGAAUUUAAUAAAUUUAUUCUAAAAUAUUUAUAUAUUUUUUCAUUUAAGAAUGGAUCGGCUUAAAAAGACUGCUUCUCAUUUACUUACUGGCUAUACCAUCUGUAUACUAAUAAAAAACAAGAUUUGAUUUGGAAGGACUGACUCAAACUAACGAAAAUAUGAAACCUGUCUUUCUGCUUUGGAGAUAUUUACCUAAUCAUGUUCUGCAGUAGAAUAAUUUAGUUCUUUUGUCUUUUUUUGGAGAUGAGGUCUUGCUGUGUUGCCCAGGCUAUUCACAGCUGCCAUCAUAGUGAACUACAGCCUGAAACUCCUGGGUUCAAGAGAUCCUUCUGCCUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGAACUAUAGGCAUGCGCCACCAAGCCUGGGCUUUUAAAAAAAUUUUAAAAAGAAUUUUGAGACAGGAUCUUGCCAUGUUGCUCAGGCUAGUCUUCAACUCCUAGCCCUGAGUGAUCUUGCUUUGGGCCUCUCAAAAUGUUGAGUUAAUAGGCGUGAGCCACCAUACCCAGCCAAAAAUUUUUUUAGAGAUGGGAAUGGAAUGAUCUUGAAUAGUGUUGGUGCCACCUAUGUUGUGGCAUCAUUUUGAAACCAAUCAUUCAGAGUGCUUUUUUUGGUAAGGCAUUAUUUUUUAAUGCAGGUAUGCCACUACUGGGAAAAAAAAAAAAACAGGUUUUAAAGCUAGAAAUGAAAAGCUACUUAAGUAUCUUAAAGGAUAAGUUACUUUAUUAUACACUAGAAACAUACACAAUAGCUGAAAAACUUAAAAAAUCUCACACUGCUGAAUGUCUCUGCUGGCUGAAGUGUAAGUAAAAGAUCAUAGUAGUGCCGCUGUUGAGUGAUAAAGCAACUUGUCAUUAAAGAUGUGUGUGCAGACAUGGAUUCUGAGUUAAUAUCUCAUCUGUAGAAGUAUAUAUUUGUCCCUUGCUUUGGGAUUGGUUUCUGGACAGCACUCCCCCACCCUUGCUGGCCAUUUGCCAAGGACACCAAAACCCAAGGAUGUUGAAUUCCCUUUUAUAAAAUGGCGCUGUAUCUGCAUACAACUUACACACAUCCUCCCAUAUACUUUAAAUCAUUUCCAGAUUUCUUAUACUUCAUACAAUGUGAAUGCUAUAUAAAUAGUUGUUACAUUGUGUACUUAUAUUUGUACUAUUGUAUUAAAUAUUCUCAAAUAUUUUCAAGCACAUUUGGUUGAAUCUGCAGAUGCAGAACCUGAGGAUAUGGAGGGCUGACUGUGCUAAUACGUUAUCAAUGGAUGCGUGCAUAAACAUGGCUGGACUUGUUACUUGGCUUGUAUUUGCCAGGCAUCAGCACCAACUAGUUAAAGAUACUCUUACGUGAAAGCUUGGCAACAAACACAUGUCCUGAAAUAAUGCAAGUGUAGAAUAACUUUUUAAAAUCUCAUGGUUUAUGCUAAACUAUAUGUUGACAUAAGAGUGGUGAUAAGGCAACAGUAGGUAAAAGUAAAAUUUCAGGCACCUUGGCACAAACUGUGGCAGUGGCAUCAAACUCUAAGUUAUUUUUCACUGCCAUGCAUUUGUGGUGUGAACCCCCACAAAAGAAAAAAACCAGUUUCACUCAAGAAUGUCCUUGUGAAAGCAGUGACAUUUUGUUAAAUCUUAAACCCUACAGUACAUAACUUUUUGAAAUGGUUGUCUCAAGAAAAAGCACUCAUGUAAGCUGAAUUAUCUGCUAUUUCCUUGGAGCCUAACAACUGACAGCAAUUGUUUUCAAUGAUAAAAUCCAAACGUUGAGUCAAAAUCAGAAUUUCGGGAAAACUUGUGUCUAAUAUCAGGAACUUGACAGCUUCCCAAUACUUCAUGAGAUAGUGAUAUUGAAAAUAAUUUUUUUUUUUUUUUGGGACAUCUGGCUGACUGCAACCUCUGUCUCCUGGGUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGCAUAACUGGGACUACAGGGAAGCACCAUUUUCCACAAAACUCUCAAGAAGGACUUGUUGCAACUGGAAAAGCAAUUAAAUGUGAAUCGUGAUCCAGGAGAAAGUAACAACUCACAUAACUCCCAAAUUAAAAGUUUUCCAAAGAUAUAUCAUUUUUUUUCUCUUGGCCUUUUAAGAAACUAGCCAACAAAUACUCUUGACAGGUUUGUGUUUGGUUUUGAAAACACACACCUUAGUGUACUGAAAGAAAAACAAUUUCUUUUAAUUUGGUUUGUUGGUCCCACACCCCAUCUAUCAAUGUAUGUGCUAUUUACAAAUAAGUUCUAUACAGUAUUUUUGCAGUACCUUUGAUAAUUCCUAGACCUCUAUUUUCAUUCUGUGUAUUAAUGUGAAUAACAGAUGGAUAUUUUAAUAUUUAAGGCAGAUGGUAAACUUUCCUAUAGGUCUUGUGAGACUUCGUCUUAUAGGCUGAACACCAUUCACAAAAUGUAAUAAUGCUUCAUUCCUUCAGGUUGAGGUAAAGAACUUGAGCAACUGGAUUAGCAAAGCUGCAAAGAAUGAAAUGUGGCCUAAGAUGUAAUUAUGUUCUCUGCCCUUCCUUUGGGCCAGGGUAGUUUUGCACUUGACACAAUGGAAAAUAGGCCAUAAAGCCUGAAAAUAAAAUGUUCUAAACCCCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1487.3 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1580.22
Frequency: 0.0000
Diversity: 1143.71
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((((((((.(((((...(((((((.((((.(((.(((((((((((((.((.((..((.((......)).))..))))...))))))))))))).))).)))))))))))..))))))))).((((((((((((((((.....)).))))))...((((((((((((((.........)))))).))))))))...(((......(((((((..(((((((((((.((((((((((.(((.((.(.(((.((((...)))))))).)).)))..)))))..))))))))))))))))..))).))))......))).((((.(((((((.((((((((((.((.((....)).)..).)))))))).)).)))))))))))........(((((...)))))))))))))((((((((...))))).)))...............(((((((....((((((((((((..(((.((.((........)).)).)))..)))...((((.((((((.((((((.(((...(((...(((.((((((((((((...((....(((((...(((((.((.((((.(((((...((((((.............((((((((((...(((((.....(((((....(((.((((((((((((..((((....((((.............(((.(((.(((((((((((((((((((((.((((....(.(((((.(((.(((((((.((...(((((((((((((.(((.(((((((.(((((.(((((.((.((((((((((...((...(((.........((((((((((((((((..((((((((.((((((((((((((.(((((((((((((.((((((((((((.(((((....((((((.(((..((.(.(((((((...(((......(((((((((((((.((((((((((..(((((........((((((((((((((((..(((..(((((((((((((((((..(((((..(((...((((((((((((((.(((.......)))..))))).(((((((((.((((((((..(((.(((.....)))))).))))))))((((((((....................((((....))))..((((.((....)).))))(((.(.((((((((..((.((((((.((....)).)))))).)).)))((((((.........)))))).((((((..((((((......(((((.((((((........)))))).)))))....(((....))).......((.(((((.((.......((((.((((.......)))))))))).)))))))(((....))))))))).))))))...(((((((...............)))))))..(((((.....(((((.....)))))...))))).....................)))))))))(((((((((....)))).)))))..((((((((...(((...((((((((.(((..((((.(((((((((...((((.((((...((((((..(((((................(((((((...((.((.........)))).)))))))(((((((((((((((..(((....(((......))).........)))..).))))))).))).))))(((((((((.....)))))))))...)))))..))))))))))))))....)))))))))(((((((......))))))).))))..)))))))))))...(.((((....)))).)..)))...)))))))).))))))))(((((....)))))..........((.((((((((((....)).))))..)))).)))))))))))((((.((....)).))))((((.(((((((((((((((((.......))))).))))))))))))))))..((((((((((((((...................))))))))))).)))..........((((...))))..(((((((.(((((............))))).))))))).........((((.((...(((((((....)))))))...)).))))...))))).))))...))))))))(((((..((((((((...........(((((((.((((((((......))))))))..))))))).....(((((((....))))))).........(((((((.((((((...))).)))..)).)))))..(((.(((.(((((.....)))))))).)))......((.(((((.((((.....)))).)))))))...)))))))).)))))(((((((.......))))))))))))))...........))))))))))..)))..))))))).)))))))))..))))))))))))))).))))))))))))).....))).))))))).).))..))).))))))....))))).)))))))))))).))))))))))))).)))))))))))))).))))))))..))))))))...)))).))))......((((((((....)))))))))))...))...))))))))))))..))))).))))).))))))).))).))))))))).)))))).))))))).))).))))).)....)))).))))))))))))))))))))).......(((((.(((.((((((..((((.(((((....((.((((((((.((((.((.((((((((((((((((........)))))))))(((........)))((((((.....))))))....))))))).)))))).......................((((..........))))........(((((.((.((((((((.(((((((((................((((((((((...............)))((((((((...((((.((((.((......)).))))..))))..))))))))..))))))).))))))))).)))))))).)).)))))((((((((....(((((...((((.......)))))))))....))))))))..(((((.......)))))((((...(((.(((((............))))).)))...)))).)).)))))).)).))))).))))..)))))).))).)))))))).))).(((((((......(((((((.((((((((.((((.(((((((((.......))))...........(((((((((((..(((((....)))))..)))))))))))....(((((((...((((......))))....))))))).(((((.((....)).)))))(((((....)))))...))))))))))))))).))..(((((....((((.(((....))))))))))))(((.(((.(((..(((...((((((........))))))...)))..))).)))))).....((((((((.((.((((.((((((..((((.((((........(((...((((........)))).)))......)))))))).)))))).)).....)).)).))))))))))).))))......))))))).))))....))))..)))))))))))).....((((((((((.....((((...)))).....))))))))))...(((((((.(......)))))))).......(((((.(((((....((((((((.((((....)))).))))))))...................(((.....)))...))))))))))(((((((((((((((((....))..)))....((((.((((((((..(((((...(((((.((....)).)))))(((((((............)))))))................(((((......((((...............))))..)))))....))))).))))))))))))..(((((......))))))))))))))))).....))).....)))))))))).))))))))))......((((((((..(((......(((.(..(((......)))..).)))...(((((((.........((((.....)))).......)))))))(((......)))......)))..))))))))..)))))).)))))))))))))........))).)))))..))...)))))))))))))))....)))...))).)))).((((((((((.........((((.(((((((........))))))).))))........(((((((((.....))))))))).....)))))))))).......)))))))))))).....)))))..)))).....)))))))..)))))))))))).....((..((....))..))..............(((((.((((......))))))))).((((((((((...(((.((((..(((((....(((((.....(((.(((((((((.(((((..((((((..(((.(((((......((((....((((....(((.....(((.((((.....)))).)))....)))..))))....))))..)))))...))))))))))))))..........((((((((.......))).))))).)))))))))...))).....)))))....)))))...)))).))).))))))))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((((((((((.(((((...((((((,{((((.(((.(((((((((((((.{(.((..,(.((,,....,}})},.}}}),..))))))))))))).))).))))))))))}..))))))))).{(((((((((((((((.....)).)))))),,,((((((((((((((.........)))))).)))))))).,.(((......(((((((..((((((((((,{(((((((((((((({({,{.(((.{{{{.,,)}})))))}))}),,..)))))..))))))))))))))))..)))}})))....},)}},{{((.(((((((.(((((((((({(({,..{....,..,)))))))))).)).)))))))))}),||,|...(((((...})))).}}}}}))|||||{{|,,.)))))}))).,,}}|}...,,,,,(((({((,..,((({{((((((({{(((.(,.((,,..{,.{|}.||{|||..|||...,|||.{{{|||}||{||,,|{{,,,|(({..(((.((((((((((((.,.((....(((((.,,{|(((.(,{((((.(((((...((((((....{{{,....(((.(((((((.{{({,((((,,(((((.........((((((((((((..((((.,,.(((({{,,{,|||,..,,{{{,,..(((((((((((((((((((((.((((....(.(((((.(((.(((((((.((,..{((((((((((({.(((.(((((((.(((((.(((((.(.(((((((((((...((...(((......,..((((((((((((((((..((((((((.((((((((((((((.(((((((((((((.((((((((((((.(((((....((((((.(((..((.{.(((((((...(((......(((((((((((((.((((((((((({..((({,,,.....,{{((((({(((((({.,{{..((((((((((((({{{,.,({....,{||{.......|||||,,,|,|||.,,,,..,|}|,}}}|,.{{{(({..((((((((((..(((.{{{.....}))))).)))))))),))..}}}..}}}},.............,||,,,.{||,,..((((.((....)).)))).,,,}}}.(((((..((((.(((((({({{{{{{,....,|||||.,{((((((.||,.....||||}}.,}||||,{(({,,,......,,{(((((((((((,,.((((((((.....{(((((,((...{{{.......(({.(((({.((.......((((.((((.......))))))))}).))))))}}||}.,.}},})))}}{{{((.,.(((((....{{{{{{{.....,}})))),},.))})}}}}}}.(((((,...,)))))...||,,,...,,,,.{{{,{(({,..{{({(({{((((((((((((....))))},))))...{,|||||}|.,,,...((((((((.(((..((((.(((((((((...(((,{(((({..((((((..(((({...............,(((((((...(,,((.........)))).)))))))|((((((((((((({..(((....{((......))).........)))..),})))))).))),)}},(((((((((.....)))))))))...}))))..))))))))))))))....)))))))))(((((((......))))))).))))..)))))))))))..{{,((((,{,,||||{|,.|||{..||},,})},,|||{{{{{.,,|}}})})),....{{{{{{{{{.{{{{{{|{({....)),)))),,}}}).}}{{||{{{..,,,,}}}}})}))}))))((((.(((((((((((((((((.......))))).))))))))))))))))..,{((((((((((((...................))))))))))),}},..........{{|{,,|))}}.,}}|}|}}}}}))}.}))))}}}}))))),)))))))).,,...,))))))))))}..||{{|{{....)))))}}.,,},))))},,||||||{...},.,))))))}|(((((..((((((((........,..((((({{.((((((((......))))))))..}}}}}}|,,,..(((((((....)))))))........,|||||{{.{((({,...,}).})),,}}.}}}}}..|{{.{((.(((((.....)))))))).}},......||.|||||,||||,.,..}}}},))}},,,...)))))))).})))).}))))).)))).)))))...}))))}}.........,,))))))))))..})}..))))))).)))))))))}}),.)))))))))))).))))))))))))).....))).))))))).}.))..))).))))))....))))).)))))))))))).))))))))))))).)))))))))))))).))))))))..))))))))...))))))}))..|...((((((({....}))))))))))...))...)))))))))))}..))))).))))).))))))).))).}))))))))},))))).))))))).))).))))).)....)))).)))))))))))))))))))))...,,,,||||,||{{||{|{{||{{{|,{{,{{,,...(((((((((((,({{{.{{.|||||||{((((((((........))))))))}{({.....||,|,}((((((.....))))))....})))))}.))))))...........,{{{(((({,..(((({.........,|||..,,.,}|(((((.{,.((((((((.(((((({{,.,..,...........(((((((,({...............,,.((((((({..,((((.((((.((......)).))))..)))},,))))))))..))))))).))))))))).)))))))).,}.}))))|((((((((((.((((...,((((.......))))..((((((((.....,,.{{{{(((((.(((((..(((((...(((.(((((............))))).)))...))))).....)))))...)))))}},..,.,,...))))))))....,,..)))).)))))))))}....,|||||||{{{||||{{|.|||||||||,...,,,}}})},,,,,.....(((((((((((..(((((....)))))..)))))))))))....{(((((({((....}}},.})))}|,..|,,,,,,.(((((.((....)).)))))(((((....)))))...}))))))))))})}|,|}..||||{,..,((({,(((....)))))))}|||,,,{,||||||}}}|||}}.,,((((........)))|))|,}}}}}||,..,,,{{,...,.,|||{{{{.||,,,,|,||||||..|{{{.||||,,,,,,......}}||||.},,....}}}},,,.....,,}}}}}))}|}))}}}.||.,.,{}}.,),))}}}))},}.,,,.}}),.,})}.}}}..})))....))))..))))))))))))....,((((((((((.....((((...)))).....)))))))))),,.(((((((.(......}))))))).,.....)))))))))).....{(((((((.((((....)))).))))))))},,}}.))))))).)))..,,,.,,...,....,,...,|{.((((((((((((((({{{....}}..}}}.,..{(((.((((((((..(((((...,,{{,.((,...|}.}}))},{({{((.,........,.))))))},,,...,,,.....,.(((((.....,((((...............)))),.)))))....))))).)))))))))))).,{{(({.....,})}}}))))))))))))).}}}|},,...,},....{{.(((((((((((,..((.{((({((((,.,(((,.{,{{......,||||,...}}}|||{|.....,|||||,......|}}||,|.,}},,}}),,},...,)))},,|{,......,}}}}}}.})))))))))))).}})))))).)))))))))))))}.......}},.)))))..))...))))))))))))))).,..))}...}}}.,}}}.((((((((((,,.......((((.(((((((........))))))).)))).,}.,,..(((((((((.....))))))))).....)))))))))).......},))))),))))}}}..,}}}}.})))}.....))))))}..)))))))))))).....,,..{{....,,..}}....,,,,..,,..(((((.{{({......})}}))))).((((((((((...(({.((((..(((((....(((((.....(((.{((((((((.(((((,.{(((((..,{(.{{(((,.....((((....((((....(((.,,,{(((.{({{.....)))),))}....)))..))))....))))..}}})),,.})))))))))))))..........((((((((.......))),,)))).)))))))))...))).....)))))....)))))...)))).})}.))))))))))..........
Back