Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
THUMPD3-AS1:74
Sequence Length
2487 nt
GC Content
0.3860
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Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-646.7 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -692.86
Frequency: 0.0000
Diversity: 689.32
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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