Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

TRAF3IP2-AS1:21

Sequence Length

612 nt

GC Content

0.4869

UUUGCAUUUGGUUGUGAUGCAGUAUGGAGAAUGUGAGACCGUUUUUUCCAAACAAGAUUGCUCAUUCCUACAGGAAAUGACCUCAUUCUUGAUGGCUGCUGCUAACUUAUGGUGAGAUGCUGGGUCCCUGCCCAAUACCACAUGGACAUCCAAUCAAUUUACCCAGGGACAAGUCCACUCAAGAGCAUCAUUUAGAAGAGGGAAAAGGCACUGGGGUUAUUUGUUUUUGGAGUAUGUGCUUAAGGAAAUCUAGAGUAUUCCCACGAGCAUUCUGCUGAGAUGAACAAUCAGAUGACCUCGUGUGAGAUUUGGAGGAGAGAAGGAAAUGGAGAGCAUGCGUCUGCCGCUUCUGUGGUUUCUGUCGGUAAGCACAGUGAUGAGGUGCUGAGUUUUCCCCAGAAGGCCUCCCAGUGUCCUAUUACCAGCUUCACAAGCGUCGAGGGCAGGGCAUGGGCAUCUAUUGUUCACCAGUGGAGAUCUAUCUGGCACAGAACCGAUCCAACCAUUGCAGUGGUCACAGCGGUGUUGGCUUUCUGAUUCUCAACCUUCCUGACCGCCAGAGGAGACAGCCUCUUUGGUGGCCCUGUUCUGUGGUAUUGUGCUAACCGGUGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-185.4 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -199.66

Frequency: 0.0000

Diversity: 229.38

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

....((((.(((((.(((.((((((((((((..((....))..))))))...(((((.((.(((((((....)).)))))...)).))))).((((....)))).((((...)))))))))).)))...((.(((((((((.(((((.(((...............)))...)))))................((((.((((.....((((.((((((((((((((....((((.((((((..((((..........))))...))))))..)))).....)))))....))))))))))))).......(((((.((((((((((.....(((((.((((.(((((....)))))..(((((.....).)))).))))..)))))....))))).(((((((((.(((..((((((.......((((...))))....)))))))))..((((((.....))))))(((((((....))).))))......((((.....(((((....))))).....))))...))))))))).)))))...)))))...((((((((((........)))))))))))))).))))))))))))).))))))))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

...,(({{{(((((.({{{((((((((((((.,{(....)),.)))))),..(((((.((.(((((((....))))))))...)).))))).{{{|,,,.)))),||,,.,})})}}}}|||.|||...((.(((((((((,{((((.{((|.........,,|||}}}|..}||||{{,...,,.....,.,,{{{.{{||,....,{{||{||{{{{{|||{{{||,,{{{{.((((((..(({{..|,.,,},,)}|},,,|||}}}.,}}}|,....,},,,..}})))))}))))))}}......(((((.(((({,{{,..(((((((,{(({.({((((((.{.((({({.,,({{((,,((({({|,,.....}))))|.||||||}.|||||||{{{(((..((((((....,..((((...})))....))))))))),,|}|||,{{{{{{{,,,.,||||||,,,,|,,{|||,..}}}}}}}))),.,|}}}}.}.}))))}..,,)})))))..))))))),.)))))..,)))))...((((((((((,{....,)))))))))))))}),))))))))))))).))},})))))).