Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
TRAF3IP2-AS1:41
Sequence Length
2165 nt
GC Content
0.4189
AGUGUUCGGGGCCGUUUUGGCGGCUAUGCAGGAUUGGCAGGAGCUGCGAUGCUCACACUUGCCUCGCCGACCGCCAUUUCACAUCCAGCAGAGGAGGCGGGGGCAGCCGCUGAGACGGUUUUUCACAAGAAAUUAUUUUAAUAGAGAUGAGGUCUCACUAUAUUGCCCAAGCUGGUCUCGAACUCCUGGGCUCAAGCGAUCUUCCUGCCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGAGAUAACAGGUAUGAGCCACCAUGCCCUGCGAAAUUAUUCUUUUUGAGACAGAGUGAGACUCUGUCACCCAGGCUGGGGUGCAGUGACCCAAUCUCAACUCACUGCAGUCUUGACUUCCCAGGCUCAAGCAAUCCUCCCACCUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGACUACAGGCGUGCACCUCUACACCCAGCUAUUUUUCAUAUUUUUUUGGAGACAGGGUUUCACUAUAUUGCCCAGGCUGGUCUCGAACUCCUGAGCUCAAGUGAUCUGCCUGCCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUGAGCCAUGGCGCCCAGCCUCAAGCUAAAUUAUUCUUUGUGUCAUCCCUUUUCUUUCCUUCACUUUCAGAUAACUCAGUUUUCUUAACUACUGUAGGGCAAAUGUCUGAGUCAUUUAGUUCAGUGUUCCUCAACCAGGGGUGAUUUUUGCCGCCCUAGGGGACAUUUGGCAAAAUAUCUGGAGGCAUUUUUGAUUAUCACAUCUUACAAUGCAUAGGGCAGCCCCUGCAGCGCAAAGAAUUAUCAGGUCCAAAGUGUCAAUAGUGCAGGUGUUGAAAAACCCUGGCCUAGUUUAAAGUAAAUUUGUACCCAGCCCUUCAUCCAGUCUCUUGCCUUUAUGAAACCAUGAUGGAAAAGAAACUCAUUCCCUUUCAGAGGCAUUUGGAAGGCCUAAGUAAGUACGGCAAACUUUGGAGUCAAUUGCAUCAACCAUACAAAGUCCCAAAAGGCUUUAUAUGCAGGUUUCUGCAAUUUCUCCAUAGAACCUUCCUGGGUACAAGGUAGGCACAUAAAUAUUUGUUGCCUAAAUGAAUAAUAAUAAAAUAAUUCUUGGCUAAAAGACAUAUUUUAUUUCUUUCUCUUUAAACCAAAGUCAGAUUUAUCAUGUGGUGAGAGAUGAAUUUCCUGAACAGAGAUCUCUCUAUUCAUUUUAACCAAUUAAUUUACUCAGUUACUCAGAGAAGCAAAACUUUUCUGAAACAACUUCCACUUCCAUAAGUUAGCAGUAAUAGUCUUAAGGAAGGAAUUGAUAGCCUAUAAAUUAAAGAUGAUGUUUGAGGAACAAGAAAUAAAAGAAACUUUCAGAAUAGAGUAAUAUUAGAACUGAUGCCUGAGCUUUCCAGGACCCUCAUUUAAAUUACAUAUCCAGAAUUGAUAUUGGAGCAUUUCCAAUGGAUUAUAUUAUAGAUAGGCAGGAGGAGACCAAACACACAUAGAGUAAGGAUAGAUAAAAUUCCCAAUUUAAAUAAUUAAGAUGCAAAAUCUCAGAAGCUAGGUAUCUAUUUGGAUCAACAUAUCUCAGGGUAGUUUCCCCUGGCCCCAAAGUUUAUUGCAUUUUAAUAUUCACAGUGUAAAUCACAUUCCAGAAAAACUCCCACUAAAAAGCUUUUUACUGAGACUGGGCAGGGUGGCUCAUGCCUGUAAUCCCAGUACUUUGGAAGACCAAGGUGAGAUUAUUGCUUGAGCCCAGAAGUUUGAGACCAGCUUGGGCAACAUAGUGAGACCUUGUCGCUACAAAAAAUUAACAAUUAGCCAGGCGUGGUGAUGUAUGCCUGUAGUCCCACUUACUCAGGAGGCUGAGGCAGGAGGAUCACUGGAGCCUAGGAAGUUGAAGCUGCAGUGAGCCAUGAUCACCACUGCACUCCAGCCUGGGUCACAGAGCAAGACCCUGUCUCAAAAAACACACACACAGAAAACUUUGUUAUUGACACUGGAUUCUCCUAGAUUUUGCUUUAUUUUACAUCCUCAUUCCAGAGGCCAGAAAAGACUACUUAUUCUCAGAUGUGUAAAUAUAGAUAAGUCCUUCUGUUUCUUCAUUUUCUCAAUAAAAUGUAUUUUUCCAAUUUUAAAAGUUUUUAAAUGCAUAGCAUGGAAAACAUGGAGGACAAUAAAGAAAAAUAUAGAACAUUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-796.4 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -828.93
Frequency: 0.0000
Diversity: 381.05
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((((((((((((((((..........(((((((((......))))....)))))..(((..(((((.((((..........)))).))))).))))))))))))))))))))).....(((..(((((((....)))))))..))).........(((((.(..(........)..))))))....(((.......)))((((((((.....)).))))))......((((((......))))))..((((((((....((((((((((((.((....((((((.((((((((((((((((((((.....(((....(((((((((((.(((((((((.((((((.((..(((((((..((((((((((((((((((.((((((((((((((((((.(.((((.((..((((........((((((((((.((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((.(((.(((((((((((...(.((((((((.((.(((((((((((((((((((((((((((((((...((((((.((((((((...(((((((.(((((.....((((((((.(((((...((((((((.((((((..........)))).))(.((((((((((((.((((......))))...)))..((.((((((........)))))).))))))))))).)....))))))))((((((((.((((......((((....((((..(((....))))))).....)))).......)))).))))))))..(((..((((.(((....)))))))..)))............(((((((((((..........(((.((((.((.(((((....))))).))..)))).)))......((((((((....))))))))(((...........)))...((.(((((..(((((((..(((((((.((((((......)))))).)))...))))..))))))).))))).)).......))))))))))).((((((((........)).))))))...........((((.(((((((((((((.((((.....(((((((((((..(((((((((....(((.(((((((....((((..(((((((((.........((((....))))))))))))).))))((((((((....((((..(((((((((.....)))))))))...))))....(((((.(((((((.......))).)))).))))))))))))).....)))))))...)))...)))))))))..)))))))))))....)))).))......(((((.(((((..(((..((((.......))))....)))))))))))))...(((((........)))))......)))).))))))).)))).)).))).)))))))).......))))).)))))))(((..........)))...........((((((((((((((.((..(..((((((...((((((((((......))))..)))))).....))))))..)..)).)).)))))))))))).......(((.....)))........................))))......)))).))))))...))))))))))))))))))))))))))))))).)).)))))))).)...))))))))))).))).)))))))))))))))))))))).)))))))))))))))).))).))))))).......))))..)).)))).).)))))))))))))))))).))))))))))))))))))..)))))))..)).)))))).))))))))).)))))))))))....)))...)))))))))))))))))))).))))))....)).))))))))))))..........((((..(..((((...))))..)..))))....))))))))((((((((((((((((......))))..(((((((....))).)))).....))))))).)))))...((((((((((((.(((((...((.......((((((((....(((((...)))))...)))))))))).)))))))))).)))))))................))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
,((((((,{((((((((((((((((.....,{,..(((((((((......)))}....})))),,{|{..(((((.{{((..........)})),))))).}))}))))))))))))))}||{{...,||,.,{{{{{{....|||||}}.})))}........(((({.(..(,.......)..})))))...,|||......,})}((((((({.....}).))))))....{{((((((......))))))})}.(({....,,}((((((((((((.((....((((((.((((((((((((((((((((.....(((....(((((((((((.(((((((((.((((((.((..(((((((..((((((((((((((((((.((((((((((((((((((.(.((((.((..((((.,,.....((((((((((.((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((.(((.(((((((((((...{.{(((((((.((.(((((((((((((((((((((((((((((((...((((((.((((((((...(((((((.(((((.....,{((((((,(((,{...((((((((,((((((,,,,,,.,,.,,}),})|,{|||{{{|||||,,{{{..,,,.||||{{{||}..{{.((((((........)))))).)))))))))})})....))))))))((((((((.((({......((((....((({.,(((...,))}))))..,..)))).......)))).))))))))..,{{..((((.(((....))))))){{|||,{{{{.,,{{..{((((((((((..........(((.((((.((.(((((....))))).))..)))).))).....,((((((((....))))))))|{(...........)))...((.(((((..(((((((..(((((((.((((((......)))))).)))...))))..))))))).))))).)).......)))))))))),.((((((((........))}}))))).................,,{{(((,,,((.((((.....(((((((((((..(((((((((....((({,,((((,..,,((((..(((((((((.........((((....))))}))))}}}}.}}}},,{{{{{{....,(({..(((((((((.....)))))))))..,||,|,,,.(((((.(((((((.......))).)))).))))))))})),,...,.})),,,)}}},,)}}))))))))))..)))))))))))....)))).})...}},(((((.(((((..{((.,((((.......))))....))}))))))))))..,||||}},,,..{((((((,...,))))))),}},.},}}.},))})))}})))))))}......))))).)))))))(((..........))).........,.(((((((((((({{.((..(..((((((...((((((((((......))),,,}))))).....))))))..}..)).,}.)))))))))))).,,...,(((,....})),,,...,,................))))......)))).))))))...))))))))))))))))))))))))))))))).)).)))))))},)...})))))))))).))).)))))))))))))))))))))).)))))))))))))))).))).))))))}....,,.))))..)).)))).).)))))))))))))))))).))))))))))))))))))..)))))))..)).)))))).))))))))).)))))))))))....)))...)))))))))))))))))))).))))))....)).))))))))))))........{{(((...,}}}||....},,,{{((,,..,.}||}|{{{|.{({((((,,,,,,((((......)))).,((((,,(,,,.|||,||},,,..,})).,)))),))...,|||{|||||{((,(((((,{{{,.......((((((((....{((({...})))}...)))))))),,.}))))))))),))))))}}}}}})).,}}}}...))))))}...
Back