Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

TRAF3IP2-AS1:53

Sequence Length

640 nt

GC Content

0.4406

GCGGACGCAGCCGGCCCUUCUCAGGUGCAUUUUAGUGGUUACCAGGUUGCCACGUAUUUGAAGUGGUGUGAGAGCUACUCGUUUGGAACCGUUGUGGAUUUUCAAAUAGGAAAAUCAAAAGGCCCAAAGAGACAGCUCACUGGAAAUGACCUCAUUCUUGAUGGCUGCUGCUAACUUAUGGUGAGAUGCUGGGUCCCUGCCCAAUACCACAUGGACAUCCAAUCAAUUUACCCAGGGACAAGUCCACUCAAGAGCAUCAUUUAGAAGAGGGAAAAGGCACUGGGGUUAUUUGUUUUUGGAGUAUGUGCUUAAGGAAAUCUAGAGUAUUCCCACGAGCAUUCUGCUGAGAUGAACAAUCAGAUGACCUCGUGUGAGAUUUGGAGGAGAGAAGGAAAUGGAGAGCAUGCGUCUGCCGCUUCUGUGGUUUCUGUCGGACAGAUUCCUAUAAGUGAAACUGCUGGGCCAAAGAGGAAGCACAUAUAAAACUGUGAUAGUGAAAUUGCCUUCUGGGAGAUUGCACCAAUUUACACUCCUAUCAAGAGUGAUUGGGAAUAUUCAUUUCUCUCUAACUCCACUAACACUGGAUGUUGUCCAAAGUUUUUAUUUUUGCACAACUAAUCAAGGAAAAGGUAUCUUUAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-174.4 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -187.09

Frequency: 0.0000

Diversity: 185.83

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((((((..((((((((...(.((..((..(.(((.((((...(((((.........)))))....(((((.(((.(((((..((......(((((((......)))))))....)).))))))))..))))).)))).))).)((((.((((.(((((.((((.((......(((((.(((.....(((((((............(((....)))...........)))))))..)))))).))))))))))))).))))))))......((((.((((((((((((((....((((.((((((..((((..........))))...))))))..)))).....)))))....)))))))))))))..))..)).)...)))))))....)..).)).)))))))))..(((((.((((.....((((.(((.(((((...)).))).))))))))))).)))))...((((........))))....((((..((((((..((((((.....(((((...(((((.......))))))))))...........))))))....((((.......)))).(((((.(((((.......))))).)))))...........))))))..))))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

,{((,,{{,{((|,(((((,(,,(((((.{((,{(((({{.((((..,(((((.........))))),...(((((.(((.(((((..((.,,...(((((((......)))))))..,.)).))))))))..))))).)}}}...,..{((({(({,.({((({,,,,}}},.,,,..||||}|,,,{{..(((((((............(((....)))...........))))))).,))))))).)))}))))),},.)))})))),.....||{{,(((((((((((((({{..((((.((((((..((((..,....}..))))...))))))..))))..,,.}))}}..,,)))))))))}|||.,,...(((((.(((({.{((((((((..,{.{{{{{{{,{{{(((((.((((,,...((((.(((.((({{...}}.))).))))))))))}.}})))..,|{{{........}}}}...|{{,,.,|,|{|},,)).}))}}})}(((((...(((((.......)))))))))),....)))))))))))))..))))),,.,},)}}|,,(((((.(((((.......))))).)))))..,}},,},,,,,}}},,})},...