Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
XIST:16
Sequence Length
827 nt
GC Content
0.4329
AGAUAGCCAAUUAUUAAAAACAGUCAAGACAAUUGCACCUCUAAGCAGUAGUAGCAGUUGCCACACCACCUUGAAUCUUGAAGUAUUUUCAGCAACAGGAUGACCAUUAGCCACAAAUUUAGUGUCAGCCCUUAAGGUCGGUAUUGGUUUGACCCAUAUUUUCAUGUAGUUCUUUUUCUUCACUUGUCUAAUCUUCCCGUGUACUGCCAGGGCUUGUCAUUAGAGGACUUUAGGGAGACCAAGCAGGCUAGAAAGUAGAGACAGGAGAUACCUAUGUCUAAUGCUUCAGUUUAUACUUCCUAGGUUUUUUUCAUUGGGGUUUUUGUAACUCUUUUGGUAUCCUACCGGUGCUUUGGUAGCCUACUGAACCCUGUCUUUCUUCUUAAGGACAUUCUGAGCAUGUGAGACCUGAGGACUGCAAACAGCUAUAAGAGGCUCCAAAUUAAUCAUAUCUUUCCCUUUGAGAAUCUGGCCAAGCUCCAGCUAAUCUACUUGGAUGGGUUGCCAGCUAUCUGGAGAAAAAGAUCUUCCUCAGAAGAAUAGGCUUGUUGUUUUACAGUGUUAGUGAUCCAUUCCCUUUGACGAUCCCUAGGUGGAGAUGGGGCAUGAGGAUCCUCCAGGGGAAAAGCUCACUACCACUGGGCAACAACCCUAGGUCAGGAGGUUCUGUCAAGAUACUUUCCUGGUCCCAGAUAGGAAGAUAAAGUCUCAAAAACAACCACCACACGUCAAGCUCUUCAUUGUUCCUAUCUGCCAAAUCAUUAUACUUCCUACAAGCAGUGCAGAGAGCUGAGUCUUCAGCAGGUCCAAGAAAUUUGAACACACUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-218.6 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -235.45
Frequency: 0.0000
Diversity: 146.98
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......................((((((.(((((((((..((....))..)).)))))))(((.((((((((((...(((((.....))))).....((.((((.(((((........))))))))).)).))))))).)))..)))))))))...........(((.((((..((((((.((((......((((....((((((((.(((((.(((..((((((..(((((((((((..(((((((((((.(((((.((((.((((................)))).)))).))))).))))............((((((.....))))))(((((((..(((((((....)))))))..))))))).)))).))))))))))))))...))))))))).)).....(((((((........((((......)))).............((((((..((((.(((..(((((..(((.(((.((((.....)))).)))))))))))...)))))))..))))))..))))))).....((((.((((((((...(((((.((((((.(..(((((((.((.(((((....(((.........)))..))))).)).)))))))..).)))))).))))))))))))).))))((((((((((((((....))).)).))))))).))(((((((((((((.(((.............................))).))).))))))))))................)))....))))))))))))(((((....)))))))))..))))))...)))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,,......,,,........((((({.(((((((((..((....))..)).)))))))(((.((((((((((...{(((({....))))}.....((.((({{(((((........))))))))).}).))))))).)))..)))})))))...........(((.((((..((((((.(((({,....,{,{,,..(((((((({((({{{({,,.(((((({.(((((((((((..{{(((((((((.(((((.((((,((((,,,....,}},}..},)))).))),.))))).))))............((((((.....)))))){((((((..(((((((....)))))))..))))))}.)))),}}}))))))))))).,.)))))),,},}}}}}.|||}{(({,,{.....||{{......)))).............,(((((..((({.(((..(((((..{((.(((.((((.....)))).)))))})))))...)))})))..)))))|((((....)))),.((((.((((((((...(((((.((((((.(..(((((((.((.(((((.,..((,.........),},.))))).)).)))))))..).)))))).))))))))))))).))))((((((((((((((....))).))}})))))).))(((((((((({({.{((.,........................,..))}.,}).))))))))))...............,}}}....))))))))},),|{{{|....)))))))))..))))))...)))))))...
Back