Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
XIST:32
Sequence Length
2865 nt
GC Content
0.4325
AGCAGAAGAUGGAAUUAGACUGAUGACACACUGUCCAGCUACUCAGCGAAGACCUGGGUGAAUUAGCAUGGCACUUCGCAGCUGUCUUUAGCCAGUCAGGAGAAAGAAGUGGAGGGGCCACGUGUAUGUCUCCCAGUGGGCGGUACACCAGGUGUUUUCAAGGACAUUCUGAGCAUGUGAGACCUGAGGACUGCAAACAGCUAUAAGAGGCUCCAAAUUAAUCAUAUCUUUCCCUUUGAGAAUCUGGCCAAGCUCCAGCUAAUCUACUUGGAUGGGUUGCCAGCUAUCUGGAGAAAAAGAUCUUCCUCAGAAGAAUAGGCUUGUUGUUUUACAGUGUUAGUGAUCCAUUCCCUUUGACGAUCCCUAGGUGGAGAUGGGGCAUGAGGAUCCUCCAGGGGAAAAGCUCACUACCACUGGGCAACAACCCUAGGUCAGGAGGUUCUGUCAAGAUACUUUCCUGGUCCCAGAUAGGAAGAUAAAGUCUCAAAAACAACCACCACACGUCAAGCUCUUCAUUGUUCCUAUCUGCCAAAUCAUUAUACUUCCUACAAGCAGUGCAGAGAGCUGAGUCUUCAGCAGGUCCAAGAAAUUUGAACACACUGAAGGAAGUCAGCCUUCCCACCUGAAGAUCAACAUGCCUGGCACUCUAGCACUUGAGGAUAGCUGAAUGAAUGUGUCUUACCCAUUUCCAUGUUUCUCUUGCUAAUUUCUUUCGUGUGUGCCUUUGCCUCAUUUUCUCUUUUUGUUCACAAGAGUGGUCUGUGUCUUGUCUUAGACAUAUCUCUCAUUUUUCAUUUUGUUGCUAUUUCUCUUUGCUCUCCUAGAUGUGGCUCUUCUUUCACGCUUUAUUUCAUGUCUCCUUUUUGGGUCACAUGCUGUGUGCUUUUUGUCCUUUUCUUGUUCUGUCUACCUCUCCUUUCUCUGCCUACCUCUCUUUUCUCUUUGUGAACUGUGAUUAUUUGUUACCCCUUCCCCUUCUCGUUCGUUUUAAAUUUCACCUUUUUUCUGAGUCUGGCCUCCUUUCUGCUGUUUCUACUUUUUAUCUCACAUUUCUCAUUUCUGCAUUUCCUUUCUGCCUCUCUUGGGCUAUUCUCUCUCUCCUCCCCUGCGUGCCUCAGCAUCUCUUGCUGUUUGUGAUUUUCUAUUUCAGUAUUAAUCUCUGUUGGCUUGUAUUUGUUCUCUGCUUCUUCCCUUUCUACUCACCUUUGAGUAUUUCAGCCUCUUCAUGAAUCUAUCUCCCUCUCUUUGAUUUCAUGUAAUCUCUCCUUAAAUAUUUCUUUGCAUAUGUGGGCAAGUGUACGUGUGUGUGUGUCAUGUGUGGCAGAGGGGCUUCCUAACCCCUGCCUGAUAGGUGCAGAACGUCGGCUAUCAGAGCAAGCAUUGUGGAGCGGUUCCUUAUGCCAGGCUGCCAUGUGAGAUGAUCCAAGACCAAAACAAGGCCCUAGACUGCAGUAAAACCCAGAACUCAAGUAGGGCAGAAGGUGGAAGGCUCAUAUGGAUAGAAGGCCCAAAGUAUAAGACAGAUGGUUUGAGACUUGAGACCCGAGGACUAAGAUGGAAAGCCCAUGUUCCAAGAUAGAUAGAAGCCUCAGGCCUGAAACCAACAAAAGCCUCAAGAGCCAAGAAAACAGAGGGUGGCCUGAAUUGGACCGAAGGCCUGAGUUGGAUGGAAGUCUCAAGGCUUGAGUUAGAAGUCUUAAGACCUGGGACAGGACACAUGGAAGGCCUAAGAACUGAGACUUGUGACACAAGGCCAACGACCUAAGAUUAGCCCAGGGUUGUAGCUGGAAGACCUACAACCCAAGGAUGGAAGGCCCCUGUCACAAAGCCUACCUAGAUGGAUAGAGGACCCAAGCGAAAAAGGUAUCUCAAGACUAACGGCCGGAAUCUGGAGGCCCAUGACCCAGAACCCAGGAAGGAUAGAAGCUUGAAGACCUGGGGAAAUCCCAAGAUGAGAACCCUAAACCCUACCUCUUUUCUAUUGUUUACACUUCUUACUCUUAGAUAUUUCCAGUUCUCCUGUUUAUCUUUAAGCCUGAUUCUUUUGAGAUGUACUUUUUGAUGUUGCCGGUUACCUUUAGAUUGACAGUAUUAUGCCUGGGCCAGUCUUGAGCCAGCUUUAAAUCACAGCUUUUACCUAUUUGUUAGGCUAUAGUGUUUUGUAAACUUCUGUUUCUAUUCACAUCUUCUCCACUUGAGAGAGACACCAAAAUCCAGUCAGUAUCUAAUCUGGCUUUUGUUAACUUCCCUCAGGAGCAGACAUUCAUAUAGGUGAUACUGUAUUUCAGUCCUUUCUUUUGACCCCAGAAGCCCUAGACUGAGAAGAUAAAAUGGUCAGGUUGUUGGGGAAAAAAAAGUGCCAGGCUCUCUAGAGAAAAAUGUGAAGAGAUGCUCCAGGCCAAUGAGAAGAAUUAGACAAGAAAUACACAGAUGUGCCAGACUUCUGAGAAGCACCUGCCAGCAACAGCUUCCUUCUUUGAGCUUAGUUUCUGGCAUCACUACCACUACUGAUUAAACAAGAAUAAGAGAACAUUUUAUCAUCAUCUGCUUUAUUCACAUAAAUGAAGUUGUGAUGAAUAAAUCUGCUUUUAUGCAGACACAAGGAAUUAAGUGGCUUCGUCAUUGUCCUUCUACCUCAAAGAUAAUUUAUUCCAAAAGCUAAGAUAAAUGGAAGACUCUUGAACUUGUGAACUGAUGUGAAAUGCAGAAUCUCUUUUGAGUCUUUGCUGUUUGGAAGAUUGAAAAAUAUUGUUCAGCAUGGGUGACCACCAGAAAGUAAUCUUAAGCCAUCUAGAUGUCACAAUUGAAACAAACUGGGGAGUUGGUUGCUAUUGUAAAAUAAAAUAUACUGUUUUGAAAACUUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-775.02 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -832.21
Frequency: 0.0000
Diversity: 730.63
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((..((((((.......(((..((((...)))))))(((..(((((((((((((((.((((..((.((((.((((.((.((.(((((..((.....))..))))))))))))).)))).))..)).)).))))).(((((((((((((((.(((..(((((((((...(((...((((((((((((((........((((......)))).............((((((..((((.(((..(((((..(((.(((.((((.....)))).)))))))))))...)))))))..))))))..))))))).....((((.((((((((...(((((.((((((.(..(((((((.((.(((((....(((.........)))..))))).)).)))))))..).)))))).))))))))))))).))))((((((((((((((....))).)).))))))).))(((((((((((((.(((.............................))).))).)))))))))).....(((((...((((((.((...(((((((((.(((((.(((((((...((.(((.....))).))...)))))))...)))))((((......)))).......(((...))))))).))))))))))).))...)))))....)))))))....))).)))))...))))..))).)))...).)))))))...))))....(((((((((((((....((((((((.(((((((......))))))).....................(((((.(((............))).)))))...........(((((...(((.((((........((.(((((.(((((((.((((((((........((((...........................................)))).(((((.....)))))........(((((((((.((((.....(((((.(((((((((((((((((((..(((((...................(((((..(((((.((((((.(((((....(((((....((((((.((((.(((.(((((....(((.(((.(((.......(((((.....((...)).....))))).......)))..))).)))(((((((...(((((....(((((.((((((....))))))...((((((...((((((((...............)).))))))........................(((((((((........))))))))).............((((((((((((((((((..(.((((((((((.(((.....).)).))))))).))).)..))).)))..)))))))).))))))))))(((((((((....(((...(((........((((((...((.(((..........)))))..))))))....))))))...)))))))))...)))))....)))))...)))))))(((((........))))).)))))...))).))))))))))...(((((.............(((((((((....((((.....(((......(((............)))))).....)))).....)))))))))))))).....((((((.((((((((........)))))).))))))))))).))...)))))))...)))).)))))..))))).......((((((((((..(((((.....(((((((((.(.....).)))))))))..(((((((((.........(((((((((((((.(((((((((.(.....((((((.((((.(..(((((((((...((((..((((((((((....(((((...(((.(((((((...(((((((((((((.(((((((.(((..((((((((((...(((((.................)))))...)))))).)))).))).)))))))............)))))))))....))))...........)))))))..)))...)))))))))))))))..(((........))))))))))))))))..).))))...))...))))...)))))))))))))...))).))))))).........)))))))))...(((.((((...((((.(((....(((((.((((............)))).))))).....))).)))))))).))).....((((((......))))))(((((((....((((((....)))))).....))))))).........))))))))))))))))))))....)).)))))))))...))))))))..)))))(((...))).)))).))))))))).....)))))))).))))))))))))))))))...))))))))...((((((.((((((((........)))))..))).)))))).....)))))).)).....)))))))...))))))...(((((((((((..((((((((......)))))))).)))))).)))))(((((((((((((((.((((((...(((((.(.(((((((.(((...........))).))).(((((((...........))))))).)))).).))))).))))))..))).))))))).)))))...((....))))))))))))..)))(((((((........((.(((.(...).))).))........)))))))...))))))...))).(((((...(((.((((....)))).)))...)))))((((((........))))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((,.((((((....((,(((..((({...}))))))(({..(((((((((((((((.((,,..((.((((.((((.({,((.(((((..((.....))..)))))}))))))).)))).)).,},.)).))))).(((((((((((((((,(((..{{{{||||{.,,|((,,.({((((((((((((..,.....((((......)))).............{(((((..((((.(((..(((((..{((.(((.((((.....)))).)))))})))))...)))})))..))))))..})))))).....((((.((((((((...(((((.((((((.(..(((((((.((.(((((.,..((,.........),},.))))).)).)))))))..).)))))).))))))))))))).))))((((((((((((((....))).))}})))))).))((((((((((,({.(((..........................,..))).,}).)))))))))).....(((((...{{((((.((,..{((((((((.(((((.(((((((...((.(((,...,))).))...))))))|.,.)))))((((......)))).......,{{...)),)))).))))))))))).})...))))).,,.)))))}}...,}},.}}))}},.)})),,}}}.,}}...}.)))))))...))),,,..(((((((((((((....(((((((((((((((((((({.||,.,,.,,{{{{{{{..,,..,,{{..((....(((((((((((({,(((({.((((.(({.{{{{.,{(({{...{(({(((((.((((((((((.,,{.(((((({,{((((((((,.,{{{.,,(((((((,.,((((...((((.{{(...{(.((((....(({((.(..({,,,{({,,,{||,,,.{{{{{{((((((.((((...,.....(((.,..((((,(((((((((((((..,,,....{{({(,,.{,,.(((((((((({..,.,,...,,{,....,,....,((({.....||||,...........,,.,...((((.(((.(((.......(((((...,.(,...,}.,...))))).......)))..))).)))}..,{{....,||,...........((((((....))))))...{(({{{...((((((((...............))}))))))..............,,,,.....,(((((((((.,......))))))))),.,.|.,|,||.{(((({((((((((((,{{..{,((((((((((.(({.....}.)).))))))).))).)..}}}.))),.}))))))}.)))))))))),|}))))))))))...,}},,,.,}},,}))}},,})))}.))).,}}}....}}).,.,,,.,)))))))))),)))))).,}},))))}}}},)),.}}}))).,.}))).)),,))|,.}))}...})))...,,|||...|.|(((,....)))}.}}}}.}},}))),}))},.(((((((((....((({.....{((,{....,,,.........,,}).}}}},,...}))).....))))))))).,}}}}}}},(((({{{((((((((........)))))).))))))))))}})))),)),.))))))))))..))))).|)))).,.}})}|(((((((((..{{{{,.,,..(((((((((.{.....,.)))))))))..||{{(({{(,,....|||{{{,((((((,{{((((((.((((((.....,{,{,.((((.(..(((((((((...((((..((((((((((....(((((.,{({,.((((((((((({,,((..(,{((.(((((((.(((..((((((((((...(((((.................)))))...)))))).)))).))).))))))).)))}..})))))))))...)))).,||}.,,||||....,.}}}},,.}}}...)))))))))))))))..(((........))))))))))))))))..}.))))...,,...})))}}},))))))).))))}}.,,|||,,|,|,,,{|....)))))}},,},,.(((.((({...((((.(((....(((({.{{((,,{{........)))),)))))....,})}.)))))))).})}.....{({{((......))))}|(((((((....((((((....)))))).....)))))))}.,,,....}))))))))))))))}))))...))).)))).),,,)))))))).....))))))))).}}..))))..)))))))))}...))))))))...})))))}.(((((((....)))....)))).((((((.((((((((........)))))..))).)))))).....}))))).)).....)))))))...))))))...{((((((((((..((((((((......)))))))).))))))},)))}(((((((((((((((.((((((...(((((.(,((((..{,(((({.,,..........{{.....,..},....,,..,.))))),},)))).).))))).))))))..))).))))))).)))))..,,,....)}))))))))))..})),,{,((({{......,.}||}},.,{{.,..,)},,,,....,,,))),...))))))...}}}.(((((.{.(((.{(((....)))}.))).}.))))).,,,{{........))))}}..........
Back