Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
XIST:52
Sequence Length
499 nt
GC Content
0.5010
GUGCUGAUCACCAAGGCCCUUUUUCCUGGCCUGGUAUGCGUGUGAUUAUGUUUGUCCCGGUUCCUGUGUAUUAGACAUGGAAGCCUCCCCUGCCACACUCCACCCCCAAUCUUCCUUUCCCUUCCGGCAGGGAGUGCCCUCUCCAUAAGACGCUUACGUUUGGACAAUCAAGGUGCACAGUUGUAAGUGACCACAGGCAUACACCUUGGACAUUAAUGUGCAUAACCACUUUGCCCAUUCCAUCUGAAUAAGGUCCUACUCUCAGACCCCUUUUGCAGUACAGUAGGUGUGCUGAUAACCAAGGCCCCUCUUCCUGGCCUGUUAACGUAUGUGAUUAUAUUUGUCUGGGUUCCAGUGUAUAAGACAUGGAAGCCUCCCCUGCCCCACCCCACCCUCAAUCUUCCUUUCCCUUCUGGCAGGGAGUGCCAGCUCCAUAAGAACCUUACAUUUGGACAGUCAAGGUGCACAAUUGUAAGUGACCACAACCAUGCAUCUUGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-136.24 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -145.16
Frequency: 0.0000
Diversity: 130.87
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((.......(((.((((.(((.(((..(((...(((.(((.((((((.(((((.(((.((((((........(((((.(((((((.((((...............................))))))))).))....)))))....((((((((.(((..((.......))..))).))))))))..)))))).....)))..))))).......)))))).)))..))))))..)))...))).)))).)))...(((((((........(((((((.....))))))).((((..(((((.........)))))))))..(((((....)))))..)))))))(((((.(((.....))))))))(((((((.((((...............................))))))))).))))))((((...............))))...((((((((((...((((........))))...)))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{(((,,,(((,{((((.........)))))}}}.,{{,,{||.|||||}{(((((.(((({({((({.....)))|))|}|||{,(((((((...............................)))))))}|.}}....},},..{({((,...})}}})))}},.{{{{{{{{{,.{{{{{..||,{{,|||{,....{{{{{{{|{{...,(((.(((.........))).)))|{{{..((..{{(({{.{{...{((((((........(((((((.....))))))).{{{{..(((((.........)))))}}}}..{{(({....})))}..)))))))((((({(((.....))}))))}(((({(((((((...............................))))))))).))..,,,,,,..}}.}}))))}}..))))..}}|||||||,,...||||..}}.}}.))))}..))))))))),.
Back