Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
XIST:61
Sequence Length
1863 nt
GC Content
0.4053
GUCUCCCUCUUCCCUUCCCUCUGCCCUGCCCCUUUUGCCUCUUUGCUGGGUAAUGUUGACCAGACAAGGCCCUUUCUCUUGGACUUAAACAAUUCUCAGUUGCACUUUCCUUGGUCCCACCCAUUAUACAUGAACCCCUCUACUUCCUUUCGCAUUGCUUCUGAGUAUGCUGACUACCCAAAGCCCCUUCUGUGUUAUUAAUAAACACAGUACUGAUUGUCCCAUUUUUCAGCCCAUCAGUCCAAGAUCUCCCUACCACUUUGGUGUGUUGGUGCAGUGUUGACUAUGAAAAGCAGGCCUGAACUAGGUGGAUAAGCCUUCACUCAUUUUCUUUCAUUUAUUAAUGAUCCUAGUUUCAAUUAUUGUCAGAUUCUGGGGACAAGAACCAUUCUUGCCCACCUGUGUUACUGCUUUACUGUGCAAAAUACUGAAGGCAAGUCAGACCCAGGGAGCUGGAUUGCCAUCCUUUAUUUUGUGUUUCCAGUGUACACUAUAAAAUUGUCUCCCCAGGAAGGAAGGUUGGCACUUUCUCUGCAUUCUUCUUUCCAGAGCAGAUUGCCUGGUUAAGAAUCUCUUGUUGUCCCCUUUGUAUAUUGUUAUUGUAAAGUGCCAAAUGCCAGGAUACAGCCAGAAAAAUUGCUUAUUAUUAUUAAAAAAAUUUUUUUAAGAAAGACAUCUGGAUUGUAGGGUGGACUCGAUAACCUGGUCAUUAUUUUUUUGAAGCCAAAAUAUCCAUUUAUACUAUGUACCUGGUGACCAGUGUCUCUCAUUUUAACUGAGGGUGGUGGGUCUGUGGAUAGAACACUGACUCUUGCUAUUUUAAUAUCAAAGAUAUUCUAGAGUGGAACUCUUAAGACCAGUAUCUUUGUGUGGGCUUUACCAGCAUUCACUUUUAGAAAAACUACCUAAAUUUUAUAAUCCUUUAAUUUCUUCAUCUGGAGCACCUGCCCCUACUUAUUUCAAGAAGAUUGCAGUAAAACGAUUAAAUGAGGGAACAUAUGCAGAGGUGCUUUUAAAAAGCAUAUGCCACCUUUUUUAUUAAUUAUUAUAUAAAAUGAAGCAUUUAAUUAUAGUAAUAAUUUGAAGUAGUUUGAAGUACCACACUGAGGUGAGGACUUAAAAAUGAUAAGACGAGUUCCCUAUUUUAUAAGAAAAAUAAGCCAAAAUUAAAUAUUCUUUUGGAUAUAAAUUUCAACAGUGAGAUAGCUGCCUAGUGGAAAUGAAUAAUAUCCCAGCCACUAGUGUACAGGGUGUUUUGUGGCACAGGAUUAUGUAAUAUGGAACUGCUCAAGCAAAUAACUAGUCAUCACAACAGCAGUUCUUUGUAAUAACUGAAAAAGAAUAUUGUUUCUCGGAGAAGGAUGUCAAAAGAUCGGCCCAGCUCAGGGAGCAGUUUGCCCUACUAGCUCCUCGGACAGCUGUAAAGAAGAGUCUCUGGCUCUUUAGAAUACUGAUCCCAUUGAAGAUACCACGCUGCAUGUGUCCUUAGUAGUCAUGUCUCCUUAGGCUCCUCUUGGACAUUCUGAGCAUGUGAGACCUGAGGACUGCAAACAGCUAUAAGAGGCUCCAAAUUAAUCAUAUCUUUCCCUUUGAGAAUCUGGCCAAGCUCCAGCUAAUCUACUUGGAUGGGUUGCCAGCUAUCUGGAGAAAAAGAUCUUCCUCAGAAGAAUAGGCUUGUUGUUUUACAGUGUUAGUGAUCCAUUCCCUUUGACGAUCCCUAGGUGGAGAUGGGGCAUGAGGAUCCUCCAGGGGAAAAGCUCACUACCACUGGGCAACAACCCUAGGUCAGGAGGUUCUGUCAAGAUACUUUCCUGGUCCCAGAUAGGAAGAUAAAGUCUCAAAAACAACCACCACACGUCAAGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-483.5 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -519.36
Frequency: 0.0000
Diversity: 342.21
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.............(((((.((((.............(((((((.(((((((..((((.....)))).(((.((((((((.(((....(((((((((((((((.........(((......)))...(((((((.((...............((((.(((....)))))))......((((((((((((.(((((((.......)))))))......(((((.(((((((.((.(((((.......)))........((((((((((((.((((.(((.(((..((......))..)))))).))))((((((......)))))).........(((((....)))))...((.(((.(((((((.((((((((((((((((((((...)))))).......(((((((((....((...((((((((..((.(((((.((((.((...))..)))).))))).))...))))))))))...))))).))))............))))))).(((((((((.((((....((((((((..(((((.((((.(((...)))))))..)))))........(((.(((((.....(((((((((((((.(((((........)).)))....(((((((((..(((.......)))...)))))))))((((((.......((((((((((((((....((((..((((((((((...(((((....)))))....(((.......)))....))))))))))))))...........((((((((((.(((((.(((.......))).))))).((((......(((.(((((((((((((((((...)))))..)))...))))))))))))((......)))))).)))))))))).....))))))......)))))))).....)))))).....((.((....))))((.(((.....))).)).))))))))..))))).....))))).))).))))))))(((((((...))))))).)))))))))))))....(((((((((..(((((...)))))...))))))))))))))))))))))).))).)).)))))))))))).)).)).)))))))....))))).....(((((((((..((((......((((((..........)))))).......))))....))))))))).((((((((((....((......))....))))))).))).)))).)))))).))....)).)))))))(((.(((((((((.........................))))))))).)))..)))))))....))..))))))))).))))))))..))).........)))))))...(((((((((.......))).)))))).((((((.(((...((((((((...))))))))...)))))).)))...............((((..(((((((((((...((((((...((((((.(((....)))...)))))).))))))...)))))))).)))..))))...)))))))...............(((((..((((.(((..(((((..(((.(((.((((.....)))).)))))))))))...)))))))..)))))(((((....))))).((((.((((((((...(((((.((((((.(..(((((((.((.(((((....(((.........)))..))))).)).)))))))..).)))))).))))))))))))).))))((((((((((((((....))).)).))))))).))))))..)))))..................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,.,,...{((({{.,((,.,,,{.............(((((((.(((((((..,,((.....{{{{....{((((((((.(((....(((((((((((((((.........,((......)}}...(((((((.{{.............,,(((,,(((....))))))).},...((((((((((((.(((((((.......))))))).,{{{{({({,.,,,,,,{,{|,{,||}|||,..,,{...,,{,..(((((((((({|.{{({,({{,,{{|,||..,...}}..))}))),}}}}|({|{{......}}}}}|,........(((((....))))}..,,..{((((((((((.((((((((((((((((((({...}))))).......(((((((((....((...((((((((..((.(((((.{(((.{(...,)..)))}.))))).))...))))))))))...))))).))))............))))))),((((((((,,((((....((((((((..(((((.((((.(({...}))))))..)))))........(((.(((((.....(((((((((((({.{{{{{....,,.,}}.|||{{{{(((..,,{{.{{{{..,..,,{,,...}}),,)},)}||,||....}}}||{|||||((((((....(({,.,((((((((({...{((((....))))}....{{,.,,,...,}),,..)))))))))),))},((({.......|}}||(((({(((((.(((.......))).)))))..}}},,......,.(((((((((((((((((...)))))..)))...)))))))))|||((,.....))}}),.}}}},|||||.....)))}))......}}}}}}}}.....,,||||,....{{.({....)),)|,.{{,.....,,},}}.}))))))}..))))).....))))).))).))))))))(((((({...})))))).)))))))))))))....(((((((((..(((((...)))))...))))))))),)))))))))))})})))}},,)))))))))))),))||||},,,,}},.,,},.))}},,.{(((((({{..{{||.,|,..((((({.......,..}))))).,.,..,||||....}))))))}}.((((((((((....((......))....))))))).))).)))).)))))).))...,)).))))))){{{.(((((((((.........................))))))))).)))..})))))}...,))}.,}))))))).)))))))).})))....,}}..)))))))...(((((((((.......))).)))))).((((((.(((...((((((((...))))))))...)))))).)))...............((((..(((((((((((...((((((...((((((.(((....)))...)))))).))))))...)))))))).)))..))))...)))))))...............(((((..((({.(((..(((((..{((.(((.((((.....)))).)))))})))))...)))})))..)))))|((((....))))}.((((.((((((((...(((((.((((((.(..(((((((.((.(((((.,..((,.........),},.))))).)).)))))))..).)))))).))))))))))))).))))((((((((((((((....))).))}})))))).))},))..)))))}...,}.,..........................
Back