Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-AGO2-2:5
Sequence Length
2231 nt
GC Content
0.4841
GAGAGAGAAUAGGGAUGAGAAGCUCAGCUUGUAGAAUUGGCAGGUGAUGUUUGCAGUCAUUAAUCAUUUGAGAAGUAGAGAGAGAAGCCAAGCAGGAAAUCUUCAUACUGGAAAAGAAGUGCUCACCAUUAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAUCCAGUGUGGUUCACAGCUGUAAUCCCAUCACUUGGAGGCUGAGGCAGGAGAAAUACGUGAAGCCAGGAGUUUGAGACCAGCCUGGGCAAUAUAACAAGACCCACAUCUCUACAAAGAGAAAAAAAAUGUAAAAAAAAGAAGCUUUAAACCUAAGACGGCAGAAUUCAAGACUGUUGUCCUUGAGAACUUCCUGGCUCUGGAAAAAGCUCAGUGAGUUAGUCUCAUCCUGUCGUUAGCUCUGUUUUUUAGGGGCUCACUUUGUCUUCACGACAGUACCUUGCACCAUUCUCAUGGGUAUCCCAGGGUGGUGCAAGGCAGUUUUCUGCACUUCCCAGAAUGCCCUGUCAGCUGGCUUCUGGGUAGGUUCUGCAAAUUGGAGGCCCCUGUGAAAGAUCGCUGUGGGGUGGGAGGAAGAAGCUUUAUCUGCCUGCUGGCUGCAGGGUAGAGGACUGCAGUGGGGUUAUAGGGAUCACCACCUGCACAUGUGGAGCUUUGAGCGGCUUCACUCUAAGUUUCUGCUCAACAGUGGCAGCCCUGGAGUCCUUCGGGGGCGAGUGUGGGCUCCUGGGCUCCAGGCCAGGGGCAGUCCCAGCUUCCUGAUCUCGAGGUAGCGUCUCCUCCCUUUUGCUCCAUAGCACCUCGCCCUUCUCAGUGACGUGCCUCCUUCUCAGUCAUGCGCCUCCAGCUCUAACAAUGUCCUUGAAAACAAUUCUUGACCAUGCGCCGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAACACUUUGGGAGUCUGAGGCAGGCGGAUCACUUGAGGUCAGGAGUUUGAGACCAGCCUGGCCAACAUGUAAUCCCAGCUACUCCCUCCACUUGAUUUGUGUUCCUUGAAGAAAUUUGCAUAAUCCCUGUAUCUGGUUGGCAGAUAGCAGAGAUGUAGCCUCAGUCUUUCCUUUAAAAAUUUUGCUUUAGGCAGGGCGCGGUGGCUCACACCUAUAAUCCCAGCACGUUGGGAGGCCAAGGUGGGCAGAUCAUGAGAGCAGGAAUUUGAGAUCGGCCUAGCCAAUAUGGUGAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUAUAAAAAUUAGCUGGGCGUGGUGGCACAAGCCUGUAAUCCCAGCUAUUUGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUCGCUUGAAUCCAGGAGGCAGAGGUUGAGAUGAGCCGAGAUCACGCUAUUGCACUCCAGCCUGGGCAACAGAGGGAUACUCCAUCUCAAAAAAAAUUUUUUGCUUUAGGGCCAAUCGUGGUGACACACGCUUGUAAUUCUGGCACUUUGAGAGGCCGAGGCAGGUGGAUAAUUUGAGGUCAGGGGUUCGAGAGCAGACUGGCCAUGAUGGUGAAAUCCCAUCUCUACUAAAAAUACAAAAAAAGCCAGGUAUGGUGGCAUACGCCUGUAAUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAAGCAGGAGAAUCACUUGAACCCGGGAGGUUUAGGUGGCAUUGAGCCGAGAUUGCACCACUGCACUCCAGCCUGGGUGACAGAGCGAGACUCCAUCUCAAAAAAAAAAAAAAGGGCCGGACGCGGUGGCUCACGCCUUUAAUCCCAGCACUUUGGAAGGCCGAGGCGGGUGGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUCAAGACCAGCCUGGUCAACAUGGUGAAACCCCGUCUCUACUAAAAACAUUAAAAAAUUAGCCGGGCAUGGUAGUGGGCGCCUGUAAUACCAGCUACUGAGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUUGCUUGAACCCAGGAGACAGAGGUUGCAGUGACCUGAGAUUGUGCCACUACACUCCAGCCUGGGCAACAAAGCAAGACUCUGUCUUAAACAAACAAAAAGCCCAGUGUGGUGGUGUAUAUUUGUGGUCCUAGCUACUUUGAAGGCUGAGGUGGGAGGAUUGCUUGAGUACAACAUGUAGAGGCUGCAGUGAGCUGUGAUUGUGCCACUGCACCCCAGUGUGGGUGACAGAGCAAGACCCUGUCUCAAAAUAAUAAAAUUAACAUUCAUUAACAAUAAUGUUAAUAUAUAUGUUAAUGUAUAUGUUAAUCGUAAUGUUUAUAUUUUACCAUGAUAAAAACAUUUUAAAAUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-758.25 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -800.16
Frequency: 0.0000
Diversity: 664.26
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.((....(((((((((((((((.(((((........(((((((((.(((((((..((((....))))........((((....((.....))...))))(((((((((......................................))))))))).......)))))))...)))))))))...(((.((((.((..((((.(.((....)).).))))....)).)))).)))......))))).......(((((....)))))..................................((((((((.........)))))))).(((((...((((.......))))....)))))))))))..)))))))))(((....((((((((((.((((((((....(((((.....)))))..((((((((((((((...(((...)))))))))))))))))((((((.(.(.(((((((((((.(((.........)))))))))).)))).).).))))))..)))))))).))))....((((((((((((((((..((((((....((((((.((((((...((((((((.((((((((((((((.....)))).))).))))....((((((((......))))))))....))))))))))).....(((.(((((.(((((((((((....))))...))))))).))))))))))))))))))))....))))))........((((........))))))))))))))))))))...((((((..(((((.(.((..(((((((((((((((((((((((...((((.....((.(((((((...(((((((((((...((..((((.((.(((((((..((((((....)))))).......))))))))))))).)).))))))))))).(((...(((.(((.............)))))).)))..((((((((..(((.(((.(((((((.....(((...(((.(((((((((.....))))).)))).)))...(((((((((((((...............(((((..((((.((((.((....(((((((..(((((......)))))(((.....(((((.((((.(.(((.......))).))))).)))))))).))).))))...)))))))))).)))))...........((((((((......(((....)))......))))))))...))))))))))))).((((.(((.(((...((((((((((((.((((((..(......)..))).))).)))).))))....)))).....))).))).))))....((((((....))))))...(((((.(((.((((......)))).)))...))))))))))))))).))))))..))))))))...))))))).)).(((((((((......(((((...(((((.(....)))))).....................)))))(((((....))))).((((....(((((((.(((((..(((((..(((((......(((((((((.....)))))))))(((.....))).....(((.((((((....(((((((((.(((..((((((((.....))))................((((....)))).))))..(((((.....((((....))))))))).((((((((.(..(((((((..((((((.(((...)))...))))).)..)).)))))..)))))))))...................))).)))))).))))))))))))))))).....))))).)))))..))))).)))))).......))))))))).))))...)))).)))).))).))))))....((((((((((((((..((((((........(((((...))))).............))))))..))).)))))).....)))))(((((((........)))).))).))))))..))))))))....((((...(.((.(((((((.((.........))))))))))))..))))))))))))))))..))).)).))))...........((((((((.((((((((...((((....)))).))))))))...))))))))...(((((((.((((.......)))).)))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{((,((..,,((({(((((,{((({{(((,{,,..,,..(((((((((.(((((((,.,,..,{..,|}}..,|,.,.((((....((.....))...)))}(((((((((.......,..............................))))))))),......)))))))...))))))))),|,{|||||||,{({{.....{..{.{(((((((((((,,(.......{((({..........}.)))}..(((((....))))).................,,...}}},........((((((((.........)))))))),)),.))))}})))))))},|,.....,||}..,))))}..)))))))))|||.||,|||{((((((.((((((((,...{((((.....))))}..((((((((((((({..{(((...)))))))))))))))))(((((,.|,{,(((((((((((.(((.........)))))))))).)))).,.},))))))}})))))))).)))}....((((((((((((((((,.(({(((....((((((,(((((({..((((((({{{(((((((((((((.....)))).)))}}))),...((((((((......))))))))....}))))))))))..},,|{|,||{((,(((((((,{{(,,,,|}},...}}))))),))))))))))}}}||})}}}....}))}}),,,.....||||.}}}.}})))))))....)))))))))).,{((({{(,{({{(({,.,.{(((((((.,,,,,(((.(((,((((.(({,,......{,.,{{{,....{((((((((((.,.{{..((((.((.(((((((..((((({....}))))).......))))))))))))).,}.)))))))))))}},}||(((((({((({.((((....((((((({.(((((((,..((((((((.(.(((((........,((,..{((.(((((((((.....))))),}))).)))}},((({{.(((((.((,..........,..|,,})).}))}},.((((.....)))).....(((((,....,))))),,,))))).).)))))))}|}.)))..))}....((((||((....((({...}))).....})})))))..................}))))))))))).}))).|,.},,.,,..,((((|....}))))))))))}))).))))...))).})).,,.})))))}},.{|||||}},,,},}|}|{|||{{||.,|{{{{|{{{.,{||||{...,{||{||,.}})}.|||{{{{,.....,|||{((({{{{(((({.,(({(,,..,.}}}}.|||....,,}|||,||{}},,,))))}||||}||{{{{{{{{{{.{(((({.{((((({,,,{{,..(((((...(((((.{....}))))).....................)))))(((((....))))).(((({...{{(((((.{{{{{..{{|||..|||||.....{(((((((((.....)))))))))||{..,..))}.....{((.(((((({.,,{,,{(((((,({,..{{{{(({{,,,,.}}}}..............{{((((....}}})}))))..(((((.....(((,....,)))))))).((((((((.(..(((((((..((((((.(({...}))...))))).)..)).)))))..)))))))))...................}}},)))))).})))}}))))),)}))}.....))))).)))})..))))),))}})),,..})))))},)))),}|,|{|,|,|}|||},,}))))).)))}}}},}}}}|{{{|||{,,,||||||..,..,}.|{{{|..,))))).............))))))..))).))))))....,|})))|||.}||}}|..,..))})))))}))}))},}}||||,,,{{{.,{,|}},{.||,{((((((.((.........)))))))))|||,.,,}})))))}))))))},}}),)),))))...........((((((((.((((((((...((((....)))).))))))))...))))))))...{((((((.((((.......)))).))))))}........
Back