Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

lnc-AGO2-2:6

Sequence Length

1298 nt

GC Content

0.4815

CUGUAAUCCCAGCUUCUGGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUCGCUCGAACCCAGGAGGUAGAGGUUACAGCGAGCUGAGAUCGCACCAUUGCACUUCAGCCUGGGUGACAAGAGCAAAACUCCAUCUCAAAAACAAAAAAAGAAUGACGCCUUAGUUUGGGGUUAGAGCAAAUGGUGCUGCCUAUUUCUGGGAUGGGGAAGACAAGAAGGAAUAGAGUUGGGGACAGAGGUAUCAAGAGUUAUUUGAGGGCACAGAAGUCCAAGAUGGCUAUAAGACAGUCAGGUGGGAAGGUCAGUGGAGGCUCAGGGGGGACAUGCAGGCUGGGAUAGAAAUGUGAGCAUCCCCAGAUAGGUGGCCUGUAGGGCCAUGAGCCUGGUAGGGUGACUGAGCGAGGAGAAUAGCCGGAGAAGGGGAGGUCCAAGGACCCAGACCCACCUGGUUAUUUCACAUUUGGGGCCAGACUGGCUUUGUUUACCAUUGAUCUGAGCAUGAAAAUCAAGUGAAAAUCAAAAGGAAGCCAGGAGCCACGCCUCCUCCGUGACUGCGGAUCCUGGGCCAAUGUUUCGCUGCUGCAGUGAGACCCCUGACUUUGUGUGGGCAGUGGGACCAACUGGGCAUGUGCAGUGAUCAGUUGCUAAAUAUUGGCACUCUCAUUAGCCUUGGGAUCUGGAAACCUCCAUCCACCAGACACAGCCCAUUUCCAGCUCACCCGCUCUCCACACUAGGACUCUGAACACCCUUUCUUCAUGCCUCUUCUCCUUCCUAACUGCCUGCCUGCUCCAGCAGGCCUCAGGCCACUUCUUUUUUGUGUGCCACCACACCCAGUGGUGUAUUUAAAAUAACAAAAGCUGGAGGAACAUGGUGGCACCUACCUAUAAUCCCAACACUUUGGGAGUCUGAGGCAGGAGGAUCACUUAAGCCCAGAAGUUCAAGACCAGCCUGGGAAACAUGUUGAGACCUCAACUCUAAAAAGUUUUUAAAAUUAGCCAGAUGUGGCCAGCAUCAUCCUGAUACCAAAGCCGGGCAGAGACACAACCAAACAAGAGAACUUUAGACCAAUAUCCUUGAUGAACAUUGAUGCAAAAAUCCUCAAUAAAAUACUGGCAAACAGAAUCCAGCAGCACAUCAAAAGCUUAUCCACUAUGAUCAAGUGGGCUUCAUCCCUGGGAUGCAAGGCUGGUUCAAUAUAUGCAAAUCAAUAAAUGUAAUCCAGAAUAUAAACAGAACCAAAGACAAAAACCACAUGAUUAUCUCAAUAGAUGCAGAAAAGGCCUUUGACAAAAUUCAACAACCCUUCAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-410.6 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -433.42

Frequency: 0.0000

Diversity: 214.78

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((..(((((...))))).((((((((((.((((....((((..(((((((((((((.(((....((((.......))))))).)))).))....))))))).....))))....)))).(((.............))).....)))))))))).((((..((((.....(((((((((((((((....((.......))...)))))))).((((((((.....(((((((.((((((((..((((......)))).))))))))........((((((.((...(((((((.(((((((((.(.(....(.((((((((..(.(((((.((........)).))((((((((((..(((((..((((..((((((.......((.((((((((..((.((((((((((.((((((.(((.((((......)))).............(((((....((((((((.(((.....((((.(..((.(((...))).))..).))))))).)))))))).......))))).(((((....))))))))))))))...(((((((((...))))))))).((((.....(((((((.((((((.....(((((.(((.((.(((......((((((...)))))).(((((.......)))))(((((.............)))))))).)).))).)))))....)))))).)))))))))))..........))))))))))..))...)))))))).)).....)))))).)))).....))))))))))))))).........((((((((((..(((((..(((..........)))...)))))..)....)))))))))..........((((((....)))))).((((.(((..(((.....)))..)))))))..))).)..)))))))).)...).).))))).)))).)))....(((((((((.......((((....))))..(..((..((((..........))))..))..)............))))))))).))))....)))))))).....))))))).....))))))))......(((.....)))......))))))).......))))))))...(((((((.(((((((((((((...)))))..))))((((((..(((((........................)))))....))))))..........)))).))))))).........)))))..((((...((((......))))....))))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((.,(((((...))))),((((((((((.((((....((((..(((((((((((((.(((....((((.......))))))).)))).))....))))))).....))))....)))).,,{,.............},.,,,.)))))))))),((((..((((...,,(((((((((((((((....((.......)}...)))))))).((((((((.....(((((((.,(((,,(({{((({......}|||.,,,|||||.......}||||,,.||},.(((((({.(((((((((.(.,....{.((((((((..{.,,,...(({{{.,,..,{{|.{(((((((((..(((((.,((((..((((((.......((.((((((((.{((.((((((((((.(((((,,((({((((.,,,,.|||||....,{,,...,|||||,,,.((((((((.(({....{((((.{..((.(((...))).))..}.))))))).)))))))),,|....},)}),,,{||}.}}),)).)))))))))...(((((((((...))))))))).{{{{.,,..(((((((.((((((.....(((((.(((.((.(((.,,{(,{(((({...})))))}|,|||.......|||||..((((....}))},,,.},})}))).)).))).)))))....)))))).))))))),)))..........))))))))))..)},).)))))))).)).....)))))).)))).....))))))))))))))).,.....{.((((((((((..(((((..((({{,...,}},}))...)))))..)....))))))))),.........((((({....}))))).((((.(((..(((.....)))..))))))).}))),}..)))))))).}...}.).))))).)))).})}....(((((((((.......((((....))))..|..{{..((((...,,.....}))}..),...............))))))))).))))....})))))),.},}.))))))).....))))))))......(((.....)))......)))))))..,,...)))))))).,.(((((((.(((((((((((((...)))))..))))((((((..(((((..............,.........)))))....))))))..........)))).))))))}.,.....},)))))..((((...((((......))))....))))...