Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

lnc-APC-1:5

Sequence Length

669 nt

GC Content

0.4305

CUGGAAGGCGGAGGUUGCAGUGAGUCGACAUCAUGCCACUUCACUCCAGCCUGGGUGACAGAGCGAGACUGUGUCUCAAAAAAUAGAAUUUUUGGACUAGUGGAACUACACAGCCUGCUUUCCAUAUCAGACCAUUCAAUCCAAUGGGAUUCACUGCCAUAAUCUCCAUGUUAUGAUUUUAAGCCAGGCCUCUCUUCACCUUUCCUAUUCCUUACAUUUAAAGACUCCAAAGCUUGUUUACUGAGCACAGAUCUUGGAAAACAGGAUCUUCAGACUUGGGAAAGCAUGACAGUAGAUGAUGGAAAGGUAAAGACUCAGACUAGCAUCUAGUAGUCUCGCUACACAUGGAUAGUAAUGCUACGUGCAUGAAUGUGCAAUCAUGCAAAAACUCAAAUCAGCCUUCUGCACACACACAAUGGUAGACUAAGACCUUCUGUUAAAGGUCCAAGCACUCCAAGGAAGCCAGCGCCUUGAGGUACCCUCAGUAUGUGCAAGUAGUUCGAUGUUACUCUUAGUUUUCCCAGCAACUCUGCUCUAGCAUGCCCUAAGUUUAGCCAGCAGCAGAUCUUACUGAAUUAUAAGAUGUUGCCAGAGGUUCAGAACCUUGGUUUUUUUGAGAUACGCAUUUGCAUUGACCCAAAAUGGAGAAUUAAAUGACUGUAUUUUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-174.1 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -188.97

Frequency: 0.0000

Diversity: 201.5

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..((..((.((((((.(((.(((.......)))))).))))).).))..))(((((..(((.(((((..((((((((((((((..((..(((((((((..(((((((((...((((((((.....((((...(((........((((.(.....).)))).......)))...))))...))).)))))...((((.((((((((.....(((.......)))..........((((((((((.....((((((((.....))))))))(((..(((....)))..))))))))))))).)))))))).))))...((((((........)))))).(((.(.(.((((......((((...(((((((........))))))).................(((((.((.......)))))))....((((((......))))))..)))).)))).)).)))..((((.((((((...))))))...))))..)))))))...((((..(((((.......((((....))))..........)))))..))))..((((((..(((((........)))))))))))))..)))))))))..))...))))))))))))))..))))).))))))))...((((((((...........))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.,(({,({,{(((((.(({,(((,......))}))).))))).|||||,..{((((..(((.(((({..((((((((((((((..,,..{(((((({{.(((,.....}}}.((((((((.....{{((..,{{{........{{{||||,...,.,||||||....}})}}.)))}...)))}}))))...,,,,.,{{{{{,,......,,.......,,}..,,,...(((({....,|}))}..((((((((.....)))))))).,{{{((({{{...|{{||..{||||{.|.{|},,,||,.||{(((.(((.(((((((..(((((.,.{{{||...,,,.}}||...}}))}.(((((((........))))))).............,,..,{(((,{{.......|||}||,{{..((((((......))))))..})..,|}}}.||,.||..((((.{(((((...))))))...))))..},,,},,))))))).))).)))))},},.,||.,}}))))...,}}}}}}))))))}}.}}..{((((|.,(((((........))))))))))),,,,|||}}}})),,)),},)))))))))))))}..})))).))))))))...|||||{{{........,,,}}))))),