Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-BASP1-11:1
Sequence Length
1301 nt
GC Content
0.4028
CCUGUAGUCCCAGCUACUCAGGAGGAUGAAGCAGGAGAAUCGCUUGAACCUGGGAGGCAUAGGCUGCAGUGAGCCAAGAUUGCGCCACUGUACUUCAGCCUCAGCAACAGAGCGAGACUCUUCCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAUUCAUAAGAAAUAUUUAUCUAUAUUUUCUUUGUUGUUAAUGUCCUUAAUUGUUCAUGAAUACAUGGAUCUUUUCCCGAUUUCUAGGACCCAGUGAAUGCUAAAGCUAUGCUGUCAAGAAUGAACUCUGUUGACACAAUGGAUUCAUGUUAUAUGCCCAUUUAAGACAUGCAAAUUCUACUAUAGCUUGACAAGAAAUAAGAAUUUACAUAUAGAAAAUGACUAUGCCUUUCAUGUCACCCAGUGAGCGUGUGCUCUGCUAUGAGAAUGAGAUGGGUGAUGUAAAGCUGUAAUCUCAGCCUCAGUUUCUGGAGUAUUAUUUAACCAGCCAGCUAAUGGACUGGCCAACCAACUGACCUUUAAAUACUGACCCUUGGUUGGGCGAGGUGGUUCACUCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCUGAGGUGGGUGGAUCACCUGAUGUCGGGAGUUUGAGACCAGCCUGACCAAUAUGGAGAAACCCCGUAUCUACUAAAAAUACAAAAUUAGCCAAGUGUGGUGGCAUAUGCCUGUAAUCCCAGCUACUUGGGAGACAGAGGCAGGAGAAUCACUUGAACCUGGGAGGCAGAGGUUGCGGUGAGCUGAGAUCACGCCAUUGCACCCCAGCCUGAGCAACAAGAGAGAACUCCAUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAUCAUUAGUUUUCACCAGUUUGGCCAAAAAAUUCCUGGAUGGGUUUAUCUUUGUGUUUGCCCUGCUUGCAGUUUGCAAAUUUUUUGGAUCUGUUGAUGUAUUUUUAUCAGUUUUAGAAUAGGUUUUAGCUAUUAUCUCUUCAAGUAUUUCCUCUGUUUCAUUCUAAUCUCUUUCUGGGACCUGAAUUACACAUAUGUUAGAUGAUAGAGAUCAGUAUGUUAUUUCAGUCAUAAACAAAGGUUACCUUGGGACCAGUUCUUUGGAGGUGAAGGUGUGGAAAUGAAUGCAGAAGUUAGACAGGGUUUCUUUGGUCUGCGUUUCUCUGUCUAGAUUUCCAUAUGGCUCCUAGAGUGUGUUACCAUUCUAACAUCCUCAAAGAUUGCUCUCUGACAUGAAGCAAUUUGGGCCAGAACGUGAAAAAAAUCAUUGUAGAGGAAAAUCUGGUAUUUAAUUUAAUUUUUAUUUUUGCAAGUUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-355 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -379.76
Frequency: 0.0000
Diversity: 370.1
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((((((.........(((((((((((((.(((..(((((((.(((((((((..(((.(((((((.((((....)).))))))))))))..)))))((((((((((.(((.......)))...............................(((((((......)))))))))))))))))...(((((.(((((((((((....))))))........)))))...))))))))).....(((((((((..((((.((((.(((((.(((((((...))))))))))))........((((((((((..(((.(((((((..(((..(((...)))..)))))))))).)))............((((.((((.((((((((((..((((....))))................)))))))))))))).)))).((((.(((((.((((((.(((((........(((((((.....))).))))((((((((.....................))))))))...(((((((((((((((....((((((....))))))......)).)))))))))))))((((.((((.((((....(((............)))..))))))))))))...................((((....))))(((....)))............))))).)))))).)))))..))))....))))))..))))((((.(.((.(((((((.((((....)).))))))))).))).))))..(((((((((((((((.((((((....................(((((.....)))))..(((...))).............)))))))))).))))).)).))))....)))))))).........(((((((.(((.(((.......))).))).)))))))..))))))))).........)))))))..))).))))))))))))).........)))))))(((((.((.((((((......((((....)))))))))))).)))))........((((((((..((((((((((((((((...(((((..((((((((((....(((((.(..(..((((.(......).))))..)..))))))....))))))))))(((((...(((.((((((......)))))).)))..((((((((.((......)))))))))))))))...............)))))...))))))...))))).)))))..)))))))).....)))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{{{{(((((((.........(((((((((((((.(((..(((((({.,((((((((,,(((,(((((((.((((....)).))))))))}}}}.,))))}((((((((((.(((....,},)))....................,,........,(((((({......)))))))))))))))))..,(((((,((,(({{((((...,||||||{,,....,|}},,...}))}}}}}|,,,..(({{{{{{{.,|,((((((,(......,,}.}))))}}}||||}}}|}}}}..||}|,,||,||}}|}}||{.(((((((..(((..(({...}))..)))))))))).}}|.,.,.......,}}}}}}|||}{(((((((((.{{{((....||||.,,..,|||..||,,,}))))}}}}}.,,|||{..,||||}||||{|{,,,{{||||||........(((((((.....))).))))((((((((..,.............,....))))))))...(((((((((((((((....((((({....}))))).....,)).})))))))))))){{{(,((((.((({....|{{.,,},,,..,,,|||..}}}})))))))}.........,.........|{({,,,,,||}|||,..{|{((,{..(((((,....}))))).,},,))))}{|||,.,,.||,|,,,{{|||{{((.(.(({{((((((.((((....)).))))))))),),).))}},.(({{({{(((({(((.(((((,,...................,,,,......,}}}}..{{{..,}))............})))))))))}.))))).))}}}}},},|,||{||,..,)))}...,{{||||,|||,|{{,,.....})),))).}}))))},})))))}))).,},.....)))))))..))).))))))))))))).........)))))))(((((.((.((((((......({{{....)))})))))))).))))).....,,.{(((((((..(((({((((({(((((,,,{{{{{..{(((((((((..,.(((((,{..({,((((.{......}.)))),.}..}))))).,..)))))))))}((({(,..(((.((((((......)))))).)))..((((((((.((......))))))))))))))),....,,,,......))))}.|,)))))}...))))).}})))..)))))))).,},.)))}.....
Back