Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

lnc-BMP6-106:106

Sequence Length

896 nt

GC Content

0.4319

UCUUCCUUCUGCGUGCUACUUGAUCUAAAUGAGAUACGGCAAAGUCACAGAACCUGUUUUUAUGUUUUUGCCUGAUUCAUACGGGCUUCUCCGGUGAAGAUGGGCCUGAAGUAACGCUUGGGUUGCUUCUGACGUUAUAACUCAUCCUGUAGCUGCAGCAACCGUGGUCCUUGCAACCUCAUAAAAAUGUUGCCAGCAUUGUUUCGAUAGUGCUGCUUAAUUCUUGGAAGGUUCUUCGGACUUCACACAUUCCAGCAGUAGCUCUCUCAGCUCCUGUCCUGCACAGCUUUGAAGUGCUGGUGAUGUCAUUGAACUCUUAAGUGCAAGAUGAAACAAGUCUUUCUGGGGUUCUAAGUAGCGUCUUCAAAGUGUCUUCUGUAAAGACUUCUUCAGACUGUCAAUAGGAAGACUGAUAAACUCAGUUCAGAUGCGAGAGGAAAUCGAGUCAUCAUCAAUGGCACCUCAUGUUAGCCUGCCAUGGCAACAAGCUCAUUGAUUGAGUAAAAGAACUUUCAGAUGCACUAGCUGGUCUUUAACGGGUUGCUGAAAGCACAGAUAAGACGACUGAGGGAGCCGACUGAAUUUCCAUGGAUAUAUACAAAGGGAAUGGAAAAUCACAAGAAAUUUGAGUUAAGCAUUUUAUGAGACCAUGUGGGUACAGUUUGAAUCUACUAAAGAAGGAAAUUGAGCAUUAAGCAUAGCACCUUGCUCUUGCUCCACCGUACCUUCUAAGGGCUCGCAUGCAGAGAAUACCUGUGAUCCAGUGCCAGCUUUCAUCACCGCUUUGCAUAGCCAGCUUACAUUAACUUGAAAGAGAGUUCCAGGUGCAUUCAAGUUCUGCUGAAGAAAUGGAAAUUUGGAAGCUCUAUUAUUAGCUUAGGCCAUUUUCAAAUCAC

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-245.9 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -262.77

Frequency: 0.0000

Diversity: 252.9

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

........(((((.(((((..((......((((.((.(((...((((.....(((((((((((......(((((.......))))).......)))))))))))...((((((((......))))))))))))))).)).))))))..)))))))))).....((((.(((.((...(((((((((.((((..(((((((((....)))))))))(((((((((((((((((((...))))))......((((..((((.(((((((((((((.((((.(((.((((.(((((((((((.(.........(((((((..((...(((((.......))))).)))))))))..).))))).))))))(((((..((((.((((..(((((.....(((((....((.(((((((...(((.((......))..)))...))).)))).)).....))))).....((((.(((......))))))).(((((.....)))))..))))))))))))).)))))((((.((.....)).))))))))...)))..)))).)).).))))))))))..)))).((((((.((........))..))))))))))..)).))))))..)))))...))))))))))))).....((((((.((...)).))))))...((((((.....(((((...((((........))))..))))).......))))))..(((((.((((((((((.....(.(((((..(((....)))...))))).))))))))).)).)))))...............((((((((((((...(((...((((.....))))...))))))))).)))))).......))..)))))))...........

Thermodynamic Ensemble Prediction

........(((((.(((((..((,.....{(((.{{.((({{{(,((.{{,,,{{{{||||,|}..}},|||{{.||||,.||||}....}},)))))||||}},|,((((((((......)))))))),}}}}}}.},.))))))..)))))))))).,...(((({(,{.((...{(((({{({{((({,,(((((((((....})))))))|((((((((((((((({(((...}))))}......,|||..((((.(((((((((((((.((((.(({.{{((,{((({((((((,({,,,.,.{,(({{(((..,,.,,({{{(,,....,|||||,|||}}|}|}.,|,}}}}|,|||}}}|||{{{,{||...|}|||,{|}}.,}},,}}}..,,)))))})|{{....,||,||},,..|}),.|}),...))}}},)}})}}|,,||))},.}},((((.(((......))))))).(((((.....))))).......|||{|{{..,,,.|{(((.((.....)).))))))))}}})}},.)))).)).).))))))))))..)))).,(((((.({........}}..}))})))))}..,,.)))))}..}))))}..))))))))))))),,.,,|{{|{|.{{...}).}}}}))...((((((.....(((((...((((........))))..))))).....,.))))))..(((((.((((((((((.....,.(((((..(((....)))...))))).})))))))).)).))))).,.......||..,.((((((((((((...(((,..((((.....)))).,,))}))))))}}})))).......))..}))))))...........