Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-BMP6-106:120
Sequence Length
1667 nt
GC Content
0.3509
UGGGGGUGGAACUCAUGAUGGAAUUGGAGCCUUUACAAGGGAAUGAAGAGACAAGAGCUCUCUUUAUGCCACGUGAGGAUACAGCAAGGCCCCAAUCUGCAAGCCAGGAAGAGUCGUCACGAGAACCAGACCAUGCAGGAACUCUGAUCGUGGACAUUUCAACCUCCAGAACUGUGAUCCAAAAUGCAUAUGUAUCUUUGGAAGAAACUCUGAAGUAAAGGCCGGAAUAUUCUUUGUUUAAAACAUUAAAAACAAAACAGACCAAAGCAUCAAGCAAGAAGUUUCCUGGCAAUAAACUAAGCACAGCAUUAUUUUUUAAGGAACACAAAUUAAGUGUUCAACCUGUGGCAAAUUUGUACUUUCUCCCUGAAUUAUGUUGUUAUCAAAGAAAAAAAUUGGGAAGCAUGGCAAAAUAUCAUCAAAACUGAAACUAGAAUUAAACAAAACUAAAUUAAAAUGAAAUAAAAUGAUGUCCAUUCUUAAUUCAUCCUCACAACUGGGCCACUAGUUUUAUGCAUCUUGGCAGCCAAUAUUUUUGUCUCUAGGGCAUAAAUUAUGCAUCAGGUACCUCUGAAACUCAGAGACCAAGGAAAAAGGAGGUAAUUUGGAAGGUGAAAUAAAUGUAAACAUUCUGAAGAAAGAAUCAAAUCUGUACUUCAGGGUCAAAGAUGAAAUUCAAAAGGGGUUGACAAUGCAUAGAAAAAAGUGCUGAAUUUAAAGUUGGUUUUAUUAUUAUCAUUGUUAUUUGAACCAAUAAUUAAAUCCAGUAAGUCUAGAGCAAUGAUCAUAAUUCUGUACUGUUGUUUUUCUAUUUUAGAAUCCAGUGUACUGUUUCCAAGAGCUUGGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAGGAGCUUGACUCUAAAUCUCUAAAUCUUGGAGUCUGGAUGCACUAUUCAUGUGAUAGGCUAAAAUAACUACUAAUACCUUAUGUUCAAACAGCACUUUAUGAAGUGAUUACACAUAAAAGAUCUUUUUUGAUAUAACUGUUAUACGGCAUAUCUUCCAUUUUAUAGACAGGGUGAGUUGUUUGAUGCGUAAGAUGAGCUGAAAUAGGAAAAGUGACAGAAAAUUUACAGACCUAUGGAAUAAUAUUCCACAAUGGGGUAUUCUUUAUAAUUAUCUGGGCUGAAUAGCACCAUCCAAAGUUCUUAAAUCAUCAACAAUGCCAUUUUUACUGUAGAGGAGAAGAGUUAUGAUCCUUUGACUCUUUAAAUUUUCUUCCUUGACAAAAGUGAUCUACCUUUCUAGCCAACCUGUCUCAAUGAUCCAUAAUGUUGCUACCCUGGUGCCAGAUGGAUAUGAUAGAAGGCUCCUAAAAGGCUCUUGGUUUGAGGAAAGUGUUGCUUACAUACAACAGGAAUCUUGUGGGAUUUAAGAAGUGGGGAGAUGUGGAAGUGUAGCCACUCUCUUUUUCAUUCUACCAGUUGCUAUUUCAAUCUUUUUCAAGAGAAGGCUAAAAUUUUAAGAGAAGGCUAAAAUUUUAUGUAACUAUCAAGGAGAGGAACAAAAUUAUGGCUUUUAAUGCUCCCUUUGGGAAGGUCAAGAAUUUGGAGCUUUUAUAUUUCUCUUUCUUCUUAAUUUAGGUCUUGAUCAAUAUAACUGGAGCCUGUGGGGUAUGUGUGUAUAAAAUAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-385.3 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -414
Frequency: 0.0000
Diversity: 425.14
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...........((((((.(((........((((....)))).((((((((((....).))))))))).))))))))).((((((((..((((((....((...((((((((.(((..(((((....((((((.....))...)))).)))))))).))))...((.((((....(..((((((((((....)))).))))))..)...)))).))..((((((.((((....(((((((..........)))))))............(((..((((((...((((((.........((((((..(((((.((((((((.((((((.......)))))).(((((..(((..(((((......((((.........(((....)))...........))))......)))))......(((....)))............................(((((.(((((((.....)))).))).)))))......((((((....))))))((((((..(((((.((.(((.....))).)))))))))))))....)))..)))))..((((((...))))))(((((((......((((...((((((.((((.....((((....))))((((((..(((......)))...))))))((((..(((((((((((.....)))))..((.(((.((((......(((((.((((((.((((((((...((.((....)).))...))))))))..)))))).)))))..))))..))).))..((((..(((((((((((.((((((((((((((.((((((........((((((((..((((...........................(((....((((.....))))...))))))).)))))))).))))))((.(((((.....)))))))..................(((((((((((((((((((((((((((((...........((((....))))(((((..((((...)))).)))))...))))))))))....)))..))))))))).))))))).....))))))))))))))..)))))......))))))..))))(((.(((((((((...))))))))).)))....)))))).))))......)))).))))))..))))................((((((...(((.((((((((((((((........))))))))).........))))).))))))))).....(((((..((((...(((((......((((((..((.(((((...))))).)).))))))..)))))..))))....))))).)))))))))))))))))))))))))).......))))))))))))..))).(((((((.(((((((((((((((((((((.(((.................))).))))).....((((((((..((....((((((((((((.(......))))))))))).)).....))..)))))))).((((.((.((((((.......((((...)))))))))).)).))))..))))))))))))))))..))))))))))).))))))...........)))).))...)))))).))).))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(((({{{{{,{{({(({(((..,,,{.{(((({{{..|({.((((((((({....}.))))))))).)).|)))}},{{,{..{,,|||,|||,,{{{,..,,|||{,,{.{{|.,|||||....{,{,((.,,,,)}...)))).)))))),}.})))..,|||||{.....,..{{{{,,((((,,,,||||,||||||.,,...}}}|,,|,.,{{((({({{..,{|(((((((..........}})))),..,{{{{.....{((..((((((...((((((.........((((({..(((((.((((((({.((((((.......)))))).(((((..(((..{((((.....,((((....,,...((,....},},.,......,,)))).,....)))}}......,,,....}}}...,,{......................{((((.{({{(((.....)))).))).))))).,....,(((((....)))))|((((((..(((((.((.(((.....))).))))))))))))),.,.)))..)))))..((((((...)))))){((((((....,{((((,..((((((.((((..,..,{{(....}}}|((((((..(((......)))...)))))){(((..((((({.,,({.....|,,}}||((.(((.((((......(((((.((((((.((((((((...{(.{{....}}.})...))))))))..)))))).)))))..))))..))).)).,|{{{..(((((((((((,((((((((((((((.{(((((.,,{,,..,(((((((,,(({|...........................{{{....((((.....}}}}...}}}}},,.)))))))),))))))||,{{{{{.....}}}||}}..................(((((((((((((((((((((((((((((..........,(({{....)))}(((((..((((...)))).)))))...)))))))))}...,))),.})))))))).))))))).....)))))))))))))).,)))))......))))))..)}}}(({.{((((((({...))))))))).}}}....)))))).))))...,..)))).))))))..}}}}................((((((,..(((.((((((((((((((........))))))))}........,))))).)))))))))...,.|||||..((((...(((((......((((((..((.{((({...})))).)).))))))..)))))..)))),,,.,}))).}))))))))))))))))))))))))).......))))))))))))..))){(((((((.((((((((((((((({.{((({,|({{{{{............|||,||,,}.....,{{{,,,.,,}}}}.}||||,,{{,,,..,.{{{{{|||,|||||},,||..{{.|{..,)),)),.}}}|}}}|.}}}}}|}}....,((((...)))),}}}}|,}},,})},.))))))))))))))))..)))))))}.,,.)))))},,,,,......))))}))}}.})))))}))))))))).........
Back